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万見
- PDB-5tge: Thermus Phage P74-26 Large Terminase Nuclease Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tge
タイトルThermus Phage P74-26 Large Terminase Nuclease Domain
要素Phage terminase large subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #240 / Terminase, large subunit, gp17-like / Terminase, large subunit gp17-like, C-terminal / Terminase RNaseH-like domain / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus phage P7426 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Kelch, B.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The large terminase DNA packaging motor grips DNA with its ATPase domain for cleavage by the flexible nuclease domain.
著者: Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Xu, R.G. / Kelch, B.A.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage terminase large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8491
ポリマ－27,8491
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.370, 71.370, 127.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phage terminase large subunit


分子量: 27849.109 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 257-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic construct / 由来: (組換発現) Thermus phage P7426 (ファージ) / 遺伝子: P74p84 / プラスミド: pET28
詳細 (発現宿主): Thrombin site replaced by prescission protease site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR-DE3 / 参照: UniProt: A7XXR1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20 mg/mL protein mixed 2:1 with buffer containing 0.23M sodium phosphate monobasic/potassium phosphate dibasic pH 6.2 and 2.5M sodium chloride, and 4 mM dTMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 10480 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 28 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 23.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(1.10_2155)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→47.507 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 23.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 524 5 %
Rwork0.2198 --
obs0.2211 10478 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 0 99 1601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5042071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.145912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.86180.31471220.26172321X-RAY DIFFRACTION93
2.8618-3.27580.27041310.23762474X-RAY DIFFRACTION100
3.2758-4.12680.24261300.20792480X-RAY DIFFRACTION99
4.1268-47.51520.21471410.20592679X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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