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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tge | ||||||
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タイトル | Thermus Phage P74-26 Large Terminase Nuclease Domain | ||||||
要素 | Phage terminase large subunit | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / nuclease (ヌクレアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus phage P7426 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Kelch, B.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: The large terminase DNA packaging motor grips DNA with its ATPase domain for cleavage by the flexible nuclease domain. 著者: Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Xu, R.G. / Kelch, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tge.cif.gz | 54.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tge.ent.gz | 37.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tge.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tge | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27849.109 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 257-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic construct / 由来: (組換発現) Thermus phage P7426 (ファージ) / 遺伝子: P74p84 / プラスミド: pET28 詳細 (発現宿主): Thrombin site replaced by prescission protease site 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR-DE3 / 参照: UniProt: A7XXR1 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20 mg/mL protein mixed 2:1 with buffer containing 0.23M sodium phosphate monobasic/potassium phosphate dibasic pH 6.2 and 2.5M sodium chloride, and 4 mM dTMP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 10480 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 28 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 23.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→47.507 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 23.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.507 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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