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- PDB-6xzv: Structure of zVDR LBD-Calcitriol in complex with chimera 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xzv
タイトルStructure of zVDR LBD-Calcitriol in complex with chimera 18
要素
  • URA-UIA-URL-URY-URV-UZN-LYS
  • Vitamin D3 receptor A
キーワードGENE REGULATION / Nuclear Receptor / Foldamer / Helix mimicry / Protein-protein Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / vitamin D response element binding / lithocholic acid binding / hematopoietic stem cell proliferation / heart looping / calcium ion homeostasis ...heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / vitamin D response element binding / lithocholic acid binding / hematopoietic stem cell proliferation / heart looping / calcium ion homeostasis / ossification / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VDX / Vitamin D3 receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Buratto, J. / Belorusova, A.Y. / Rochel, N. / Guichard, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for alpha-Helix Mimicry and Inhibition of Protein-Protein Interactions with Oligourea Foldamers.
著者: Cussol, L. / Mauran-Ambrosino, L. / Buratto, J. / Belorusova, A.Y. / Neuville, M. / Osz, J. / Fribourg, S. / Fremaux, J. / Dolain, C. / Goudreau, S.R. / Rochel, N. / Guichard, G.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor A
B: URA-UIA-URL-URY-URV-UZN-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4303
ポリマ－35,0132
非ポリマー4171
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.244, 66.244, 252.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor A / VDR-A / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor A / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1-A


分子量: 34060.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: vdra, nr1i1a, vdr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTN2
#2: タンパク質・ペプチド URA-UIA-URL-URY-URV-UZN-LYS


分子量: 952.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-VDX / 5-{2-[1-(5-HYDROXY-1,5-DIMETHYL-HEXYL)-7A-METHYL-OCTAHYDRO-INDEN-4-YLIDENE]-ETHYLIDENE}-4-METHYLENE-CYCLOHEXANE-1,3-DIOL / 1,25 DIHYDROXY VITAMIN D3 / カルシトリオ-ル


分子量: 416.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lithium sulfate 1.5 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→19.92 Å / Num. obs: 15432 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 37.1 % / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 25.56
反射 シェル解像度: 2.03→2.38 Å / 冗長度: 40 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 1492 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HC4

2hc4


解像度: 2.3→19.92 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1404 9.1 %
Rwork0.1993 14028 -
obs0.2021 15432 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.88 Å2 / Biso mean: 74.0103 Å2 / Biso min: 43.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 30 38 1969
Biso mean--57.9 76.6 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7372670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5431200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.38230.33981360.288213571493100
2.3823-2.47760.25431350.25413601495100
2.4776-2.59030.31461370.249413671504100
2.5903-2.72680.31791370.234213741511100
2.7268-2.89760.25461390.236313821521100
2.8976-3.12110.26971350.23191349148497
3.1211-3.43490.28621400.214514021542100
3.4349-3.93130.20441420.173814181560100
3.9313-4.95030.17311450.157414491594100
4.9503-19.920.23251580.2071570172899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.6688 Å / Origin y: 25.9107 Å / Origin z: -1.6668 Å
111213212223313233
T0.4185 Å2-0.0455 Å20.0131 Å2-0.6372 Å2-0.1136 Å2--0.4845 Å2
L2.0727 °2-0.5958 °2-1.0662 °2-1.4004 °20.6417 °2--2.4717 °2
S-0.0032 Å °-0.4375 Å °-0.0326 Å °0.1943 Å °0.0816 Å °-0.1666 Å °0.0983 Å °0.1449 Å °0.0022 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA154 - 525
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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