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- PDB-6xzu: Complex of C-terminal domain of murine complement C3b with the hC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xzu
タイトルComplex of C-terminal domain of murine complement C3b with the hC3Nb3 nanobody
要素
  • Complement C3
  • nanobody hC3Nb1
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / complement / nanobody / innate immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


Alternative complement activation / : / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process ...Alternative complement activation / : / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of lipid storage / positive regulation of developmental growth / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation, alternative pathway / complement activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of phagocytosis / Neutrophil degranulation / fatty acid metabolic process / complement activation, classical pathway / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / lipid binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Complement C3-like / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin ...Complement C3-like / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Andersen, G.R. / Pedersen, H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: A Complement C3-Specific Nanobody for Modulation of the Alternative Cascade Identifies the C-Terminal Domain of C3b as Functional in C5 Convertase Activity.
著者: Pedersen, H. / Jensen, R.K. / Jensen, J.M.B. / Fox, R. / Pedersen, D.V. / Olesen, H.G. / Hansen, A.G. / Christiansen, D. / Mazarakis, S.M.M. / Lojek, N. / Hansen, P. / Gadeberg, T.A.F. / ...著者: Pedersen, H. / Jensen, R.K. / Jensen, J.M.B. / Fox, R. / Pedersen, D.V. / Olesen, H.G. / Hansen, A.G. / Christiansen, D. / Mazarakis, S.M.M. / Lojek, N. / Hansen, P. / Gadeberg, T.A.F. / Zarantonello, A. / Laursen, N.S. / Mollnes, T.E. / Johnson, M.B. / Stevens, B. / Thiel, S. / Andersen, G.R.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nanobody hC3Nb1
B: Complement C3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1372
ポリマ－31,1372
非ポリマー00
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.430, 78.250, 121.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

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要素

#1: 抗体 nanobody hC3Nb1


分子量: 13959.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Single domain nanobody selected from lama immunization library
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Complement C3 / HSE-MSF


分子量: 17177.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: From murine complement C3b / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01027
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17.5% PEG 4K, 33 mM NaOAc (pH 4.3), 66 mM NaOAc (pH 5.3), 0.2 M AmSO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.2 Å / Num. obs: 55338 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 24.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07987 / Rpim(I) all: 0.02283 / Rrim(I) all: 0.08319 / Net I/σ(I): 14.45
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 13.3 % / Num. unique obs: 5404 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 97.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIXdev_3689精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I07

2i07


解像度: 1.5→40.19 Å / SU ML: 0.2238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3293
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1677 3.03 %
Rwork0.1656 --
obs0.1666 55338 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2121 0 0 311 2432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01632158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.09242915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1244318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0144376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7634797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.40931280.3974353X-RAY DIFFRACTION96.93
1.54-1.590.33181440.3044394X-RAY DIFFRACTION97.13
1.59-1.650.20561320.23594385X-RAY DIFFRACTION97.33
1.65-1.720.24471460.20244374X-RAY DIFFRACTION97.56
1.72-1.80.22651370.18344424X-RAY DIFFRACTION97.83
1.8-1.890.23721430.17714448X-RAY DIFFRACTION98.14
1.89-2.010.19081410.17494419X-RAY DIFFRACTION98.09
2.01-2.160.23291350.16264489X-RAY DIFFRACTION98.66
2.16-2.380.19241340.15624515X-RAY DIFFRACTION98.73
2.38-2.730.2011440.16144518X-RAY DIFFRACTION99.13
2.73-3.430.22061430.16154574X-RAY DIFFRACTION99.22
3.43-40.190.15951500.14484768X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.9114774278 Å / Origin y: 2.02166971999 Å / Origin z: -10.9014499839 Å
111213212223313233
T0.167849008724 Å2-0.0253022616979 Å20.0322404102276 Å2-0.169399282929 Å2-0.0149544329042 Å2--0.174159679147 Å2
L0.759373205031 °2-0.308854170148 °20.910552751292 °2-1.03651109816 °2-0.512812992578 °2--2.0352838089 °2
S-0.0284939468627 Å °0.0109045427398 Å °0.0703269725017 Å °0.00128188073579 Å °0.00824296772444 Å °-0.0488010516004 Å °-0.164495259053 Å °0.149210606282 Å °0.0317154336783 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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