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- PDB-6xyr: Structure of the T4Lnano fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xyr
タイトルStructure of the T4Lnano fusion protein
要素T4Lnano,Endolysin,Calmodulin,Endolysin,Calmodulin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Fusion protein / crystal engineering / rigid helix / molecular biomimetics
機能・相同性
機能・相同性情報


CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB ...CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcineurin-mediated signaling / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Long-term potentiation / protein phosphatase activator activity / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / catalytic complex / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / viral release from host cell by cytolysis / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / calcium channel inhibitor activity / presynaptic cytosol / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / titin binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / peptidoglycan catabolic process / calcium channel complex / substantia nigra development / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / calyx of Held / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / VEGFR2 mediated cell proliferation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of cytokinesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / spindle microtubule / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Stimuli-sensing channels / RAF activation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to calcium ion / RAS processing / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / long-term synaptic potentiation / spindle pole / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cell wall macromolecule catabolic process / calcium-dependent protein binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / lysozyme / lysozyme activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Platelet degranulation / myelin sheath / RAF/MAP kinase cascade / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Lysozyme / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Calmodulin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.079 Å
データ登録者Benoit, R.M. / Bierig, T. / Collu, C. / Engilberge, S. / Olieric, V.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Novartis FreeNovation スイス
Promedica Siftung スイス
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Chimeric single α-helical domains as rigid fusion protein connections for protein nanotechnology and structural biology.
著者: Gabriella Collu / Tobias Bierig / Anna-Sophia Krebs / Sylvain Engilberge / Niveditha Varma / Ramon Guixà-González / Timothy Sharpe / Xavier Deupi / Vincent Olieric / Emiliya Poghosyan / Roger M Benoit /
要旨: Chimeric fusion proteins are essential tools for protein nanotechnology. Non-optimized protein-protein connections are usually flexible and therefore unsuitable as structural building blocks. Here we ...Chimeric fusion proteins are essential tools for protein nanotechnology. Non-optimized protein-protein connections are usually flexible and therefore unsuitable as structural building blocks. Here we show that the ER/K motif, a single α-helical domain (SAH), can be seamlessly fused to terminal helices of proteins, forming an extended, partially free-standing rigid helix. This enables the connection of two domains at a defined distance and orientation. We designed three constructs termed YFPnano, T4Lnano, and MoStoNano. Analysis of experimentally determined structures and molecular dynamics simulations reveals a certain degree of plasticity in the connections that allows the adaptation to crystal contact opportunities. Our data show that SAHs can be stably integrated into designed structural elements, enabling new possibilities for protein nanotechnology, for example, to improve the exposure of epitopes on nanoparticles (structural vaccinology), to engineer crystal contacts with minimal impact on construct flexibility (for the study of protein dynamics), and to design novel biomaterials.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Chimeric single alpha-helical domains as rigid fusion protein connections for protein nanotechnology and structural biology
著者: Collu, G. / Bierig, T. / Krebs, A.-S. / Engilberge, S. / Varma, N. / Guixa-Gonzalez, R. / Deupi, X. / Olieric, V. / Poghosyan, E. / Benoit, R.M.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T4Lnano,Endolysin,Calmodulin,Endolysin,Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,58813
ポリマ－40,8561
非ポリマー73212
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area18400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)86.380, 104.260, 63.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 T4Lnano,Endolysin,Calmodulin,Endolysin,Calmodulin-1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 40855.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM) ...詳細: aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM),aa 6 - 25 = Calmodulin-binding peptide aa 26 - 36 = single alpha-helical domain (from pdb entry 5HMO) aa 37 - 199 = T4 Lysozyme aa 200 - 213 = linker aa 214 - 361 = Calmodulin (pdb entry 2BBM)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CALM1, CALM, CAM, CAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: P0DP23, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% PEG 8000, 200 mM LiCl2, 100 mM Tris pH 8.0, 15% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.079→46.1 Å / Num. obs: 35404 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 41.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1276 / Rpim(I) all: 0.03666 / Net I/σ(I): 14.53
反射 シェル解像度: 2.079→2.154 Å / Rmerge(I) obs: 2.043 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 3434 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.5821

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELXDE位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.079→46.1 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 1798 5.08 %
Rwork0.1905 --
obs0.1928 35391 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.74 Å2 / Biso mean: 55.491 Å2 / Biso min: 30.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.079→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 76 139 2998
Biso mean--73.38 50.18 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0383812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4841739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0792-2.13550.35621500.3367247099
2.1355-2.19830.31081260.30252571100
2.1983-2.26920.30811230.2622570100
2.2692-2.35030.28291440.23492534100
2.3503-2.44440.27711230.21862566100
2.4444-2.55570.26031500.19952569100
2.5557-2.69040.26741340.19172548100
2.6904-2.85890.23771330.21252568100
2.8589-3.07960.30341440.20542593100
3.0796-3.38950.25581360.20392589100
3.3895-3.87970.25281330.17532611100
3.8797-4.88720.17751510.14422652100
4.8872-46.10.19081510.17572752100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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