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万見
- PDB-6xyd: Crystal structure of Q4D6Q6, a conserved kinetoplastid-specific p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xyd
タイトルCrystal structure of Q4D6Q6, a conserved kinetoplastid-specific protein from Trypanosoma cruzi
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Q4D6Q5 / Trypanosoma / neglected diseases
機能・相同性metal ion binding / Paraflagellar rod component
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Roske, Y. / Heinemann, U. / Andrea, E.D.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)99999.011648/2013-09 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Q4D6Q6, a conserved kinetoplastid-specific protein from Trypanosoma cruzi.
著者: D'Andrea, E.D. / Roske, Y. / Oliveira, G.A.P. / Cremer, N. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Pires, J.R.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,65810
ポリマ－53,4804
非ポリマー1786
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.213, 44.771, 68.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999264, 0.019172, -0.033226), (0.010357, 0.968816, 0.247566), (0.036936, 0.24704, -0.968301)33.787441, -4.37239, 33.900429
3given(0.000798, 0.106695, -0.994291), (-0.123423, 0.9867, 0.105782), (0.992354, 0.122634, 0.013956)34.031921, 0.27495, 0.48955
4given(-0.017911, -0.132901, 0.990967), (0.126745, 0.982829, 0.1341), (-0.991774, 0.128002, -0.000758)-0.27198, -4.3525, 33.9249

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 13370.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053511733.90 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4D6Q6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→37.07 Å / Num. obs: 36826 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 5892 / CC1/2: 0.684 / Rrim(I) all: 0.881 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XYB

6xyb


解像度: 1.81→37.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1842 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 36826 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 138.48 Å2 / Biso mean: 34.18 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1633 Å20 Å21.1899 Å2
2---0.1418 Å20 Å2
3---1.305 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3371 0 6 313 3690
Biso mean--22.33 42.86 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1210SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes507HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3474HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion447SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4127SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3474HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4702HARMONIC30.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.84
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 152 5.02 %
Rwork0.228 2875 -
all0.23 3027 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87260.03040.8261.9519-0.30222.410.0809-0.0638-0.05630.1966-0.0708-0.12560.04690.3079-0.0102-0.0261-0.0137-0.0413-0.06730.0002-0.054430.7591-2.719124.4355
21.75950.18391.03911.58770.87582.69730.0091-0.03970.0441-0.0323-0.0650.22880.0341-0.44890.0559-0.06480.0197-0.0267-0.0502-0.012-0.02432.8149-0.87269.4812
32.2625-0.011-1.32661.19830.31353.54090.0160.29510.1418-0.122-0.0303-0.0382-0.0147-0.03110.0143-0.05360.0069-0.0225-0.07250.0226-0.05424.2786-0.68163.465
42.69380.2916-0.22212.67260.03553.00270.0026-0.4798-0.05210.2425-0.05190.23280.3378-0.29460.0493-0.0424-0.02340.0142-0.0482-0.0203-0.11139.0024-3.654730.7509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B-1 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-2 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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