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- PDB-6xxw: Structure of beta-D-Glucuronidase for Dictyoglomus thermophilum. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxw
タイトルStructure of beta-D-Glucuronidase for Dictyoglomus thermophilum.
要素Beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / Glucuronide
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyoglomus thermophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Lafite, P. / Daniellou, R.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Thioglycoligation of aromatic thiols using a natural glucuronide donor.
著者: Kurdziel, M. / Kopec, M. / Paris, A. / Lewinski, K. / Lafite, P. / Daniellou, R.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,19711
ポリマ－70,0661
非ポリマー1,13110
水6,557364
1
A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,78944
ポリマ－280,2664
非ポリマー4,52340
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area28500 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area72050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.130, 115.820, 130.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-759-

HOH

21A-998-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase


分子量: 70066.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (strain ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12) (バクテリア)
遺伝子: DICTH_1429 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5YFE0, beta-glucuronidase
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% w/v 2-Methylpentane-2,2-diol 100mM NaHEPES pH 7.5 100mM Citrate sodium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.834 Å / Num. obs: 50245 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.679 % / Biso Wilson estimate: 28.998 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 12.15 / Num. measured all: 235094
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.964.5310.7432.4636224823779940.7090.83797
1.96-2.14.7390.456436044770676060.8890.51198.7
2.1-2.274.7090.3575.9933339722070800.9230.40198.1
2.27-2.484.7420.2498.2530859663065070.9450.2898.1
2.48-2.774.840.17111.3228868605259640.9770.19298.5
2.77-3.24.7250.11317.2824871535952640.9880.12798.2
3.2-3.924.6990.05326.920763454344190.9970.0697.3
3.92-5.524.4450.03834.0815241357634290.9980.04395.9
5.52-33.8344.4830.0335.438885209919820.9990.03494.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.03 Å46.18 Å
Translation6.03 Å46.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180808データ削減
XDS20180808データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BHG

1bhg


解像度: 1.851→33.834 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 20.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 1998 3.98 %
Rwork0.1603 --
obs0.1622 50180 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.65 Å2 / Biso mean: 25.4197 Å2 / Biso min: 9.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→33.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4741 0 73 364 5178
Biso mean--39.55 34.83 -
残基数----578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.851-1.89710.30231360.2596328894
1.8971-1.94840.28531430.2138345099
1.9484-2.00570.23421420.1871342099
2.0057-2.07040.21641430.1726345399
2.0704-2.14440.23191420.1749343198
2.1444-2.23020.2361440.1673344898
2.2302-2.33170.20811420.1615343398
2.3317-2.45460.22371420.16344498
2.4546-2.60830.22851430.1578345399
2.6083-2.80970.22761440.1617348199
2.8097-3.09220.21941440.1504345998
3.0922-3.53930.16191440.1376348098
3.5393-4.45750.1551440.1285344096
4.4575-33.8340.21471450.1768350294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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