PDB-6xxl: Crystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xxl

タイトル

Crystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with spermine

要素

Deoxyhypusine synthase

キーワード

TRANSFERASE / hypusination / deoxyhypusine synthase / EIF5A / translation / hypusine / posttranslational modification / polyamines / deoxyhypusine / spermine

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Half Way to Hypusine-Structural Basis for Substrate Recognition by Human Deoxyhypusine Synthase.
著者: Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P.

履歴

登録	2020年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xxl.cif.gz	419.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xxl.ent.gz	350.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xxhC 6xxiC 6xxjC 6xxkC 6xxmC 1dhsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xxj-1 6xxh-1 6xxk-1 6xxm-1 1roz-1 1rqd-1 1dii-d 4pfu-d 1wve-d 3w6w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyhypusine synthase

B: Deoxyhypusine synthase

ヘテロ分子

83.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyhypusine synthase

B: Deoxyhypusine synthase

ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase

B: Deoxyhypusine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.898, 104.898, 160.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-735- HOH
2	1	B-709- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Deoxyhypusine synthase / DHS 分子量: 41044.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase

-
非ポリマー , 8種, 493分子

#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#8: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.025-0.125 mM carboxylic acid mix, 30-60% precipitant mix (MPD, PEG 3350, PEG 1000), 100 mM Tris-Bicine pH = 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.688→46.085 Å / Num. obs: 114776 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.899 % / B_iso Wilson estimate: 40.186 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.27 / Net I/σ(I): 17.69

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.69-1.79	20.124	4.333	0.75	365779	18409	18176	0.589	4.444	98.7
1.79-1.91	19.384	2.132	1.54	335504	17317	17308	0.839	2.189	99.9
1.91-2.07	20.745	0.971	3.56	334933	16147	16145	0.954	0.995	100
2.07-2.26	20.107	0.473	7.02	299056	14879	14873	0.988	0.486	100
2.26-2.53	20.059	0.244	13.11	271113	13519	13516	0.996	0.25	100
2.53-2.92	20.268	0.133	23.49	243343	12013	12006	0.998	0.137	99.9
2.92-3.57	19.785	0.068	44.5	201095	10167	10164	0.999	0.07	100
3.57-5.04	18.427	0.045	68.84	147008	7983	7978	0.999	0.046	99.9
5.04-46.085	18.674	0.036	79.77	86086	4621	4610	1	0.037	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v.1.17.1	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	v.1.17.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DHS

1dhs

解像度: 1.69→46.085 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1793	2099	1.83 %
R_work	0.1617	-	-
obs	0.162	114614	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 228.16 Å² / B_iso mean: 52.1273 Å² / B_iso min: 23.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.69→46.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5289	0	236	473	5998
B_iso mean	-	-	75.61	57.59	-
残基数	-	-	-	-	672

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.69-1.7268	0.4343	134	0.4115	7199	96
1.7268-1.77	0.4335	139	0.3622	7408	100
1.77-1.8178	0.3613	138	0.3234	7429	100
1.8178-1.8713	0.3375	140	0.2914	7459	100
1.8713-1.9317	0.2947	138	0.2528	7449	100
1.9317-2.0008	0.2259	139	0.208	7454	100
2.0008-2.0809	0.1911	139	0.179	7466	100
2.0809-2.1756	0.1851	139	0.1687	7463	100
2.1756-2.2903	0.1745	140	0.1549	7495	100
2.2903-2.4337	0.1977	140	0.1467	7506	100
2.4337-2.6216	0.1609	141	0.1417	7524	100
2.6216-2.8854	0.1794	141	0.142	7554	100
2.8854-3.3029	0.1589	141	0.1457	7581	100
3.3029-4.1608	0.1579	142	0.1308	7636	100
4.1608-46.085	0.1493	148	0.1542	7892	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0375	0.0905	-0.0025	0.1451	0.0116	0.2492	0.1706	0.0065	0.2012	-0.2238	-0.0782	-0.0375	-0.5097	-0.2572	0.0389	0.606	0.0851	0.0231	0.2697	0.0103	0.4074	-37.3572	-14.6738	-6.3383
2	0.7531	0.1468	0.2969	0.1708	-0.0161	0.1472	0.0888	0.2522	0.2231	-0.4134	-0.2695	-0.261	-0.3754	0.261	-0.4502	0.7332	0.0788	0.1328	0.343	0.118	0.4703	-19.8549	-17.408	-25.2117
3	0.6703	-0.3904	0.1452	0.567	0.4014	0.9568	0.1702	0.1399	-0.0796	-0.1907	-0.1696	0.047	0.0367	0.0205	-0.0002	0.4443	0.1002	-0.0246	0.2811	-0.0094	0.3052	-24.6125	-43.2658	-25.4886
4	0.0203	0.0007	-0.023	0.09	0.0308	0.0222	0.1631	0.2154	0.0784	-0.4731	-0.176	0.0553	-0.1181	-0.0062	0	0.5587	0.1563	0.0201	0.4177	0.0145	0.2834	-15.749	-42.4302	-38.0224
5	-0.0231	-0.1461	-0.1299	0.1652	0.1812	0.4843	0.1706	0.2364	-0.074	-0.2602	-0.162	-0.0357	0.0024	0.1529	0	0.4757	0.1044	0.0186	0.3569	0.0187	0.3276	-15.5618	-41.3807	-31.7999
6	0.1079	-0.0886	0.0349	0.0468	-0.0184	0.0182	0.0928	0.1576	0.1863	-0.1936	-0.0923	-0.239	-0.2791	0.3327	0	0.5067	-0.0222	0.0719	0.3382	0.0493	0.4057	-12.5707	-25.0892	-20.6011
7	0.0132	-0.0035	0.0043	0.0371	-0.0547	0.0423	-0.0365	0.0132	0.2246	-0.2123	0.1277	0.1858	0.0202	-0.1047	0	0.5634	-0.0725	0.009	0.4848	0.0214	0.4813	-10.7261	-28.2362	-7.3184
8	0.3086	-0.0799	-0.1048	0.1333	-0.1161	0.2027	0.1618	0.0456	0.2216	-0.0559	-0.1355	-0.0566	-0.2433	0.0746	0.0036	0.4846	0.0399	0.0397	0.2536	0.0449	0.3679	-25.3739	-22.1347	-18.5149
9	1.0769	0.078	0.2506	0.4652	-0.5042	0.5493	0.0566	-0.122	-0.1773	-0.0004	0.0303	0.0845	0.4991	0.1698	0.0106	0.3066	0.0357	-0.0409	0.3449	0.0293	0.3255	-7.43	-57.616	6.9138
10	0.1361	0.1786	0.0066	0.1352	0.0092	0.1073	-0.0511	0.11	0.0142	-0.1516	0.2883	-0.2571	0.0505	0.3742	0	0.4034	0.0344	0.0073	0.4301	-0.0326	0.3654	-0.8348	-53.0577	-11.6727
11	0.9214	-0.1953	0.0487	0.5374	-0.2487	1.5647	0.1442	0.1807	0.058	-0.2126	-0.1188	-0.0808	0.0245	0.4294	0	0.2856	0.0205	0.0524	0.4276	0.0285	0.3029	1.3433	-42.2422	-16.1763
12	0.2089	0.1486	-0.0463	0.3926	0.4188	0.7202	0.1974	-0.0668	0.0026	-0.1046	-0.1321	0.134	0.0565	0.0189	0	0.3442	0.0124	-0.0368	0.3585	0.0115	0.347	-11.2276	-51.1755	-2.3788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 53 )	A	26 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 88 )	A	54 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 196 )	A	89 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 197 through 214 )	A	197 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 215 through 271 )	A	215 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 307 )	A	272 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 308 through 327 )	A	308 - 327
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 328 through 363 )	A	328 - 363
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 28 through 87 )	B	28 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 88 through 110 )	B	88 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 111 through 307 )	B	111 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 308 through 364 )	B	308 - 364

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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