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万見
- PDB-6xww: Constitutive decay element CDE1 from human 3'UTR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xww
タイトルConstitutive decay element CDE1 from human 3'UTR
要素CDE1
キーワードRNA / hairpin Roquin binding
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermosinus carboxydivorans Nor1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Schwalbe, H. / Binas, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the recognition of transiently structured AU-rich elements by Roquin.
著者: Binas, O. / Tants, J.N. / Peter, S.A. / Janowski, R. / Davydova, E. / Braun, J. / Niessing, D. / Schwalbe, H. / Weigand, J.E. / Schlundt, A.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0101
ポリマ－6,0101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3620 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 CDE1


分子量: 6009.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermosinus carboxydivorans Nor1 (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-13C HSQC
232isotropic12D PFIDS
242isotropic22D gamma-HCN
252isotropic13D HCP
262isotropic33D HCN
272isotropic13D (H)CCH-TOCSY
282isotropic13D fwHCC-TOCSY-CCH-E.COSY
292isotropic13D qHCP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1350 uM CDE1, 100% D2O25 mM potassium phosphate buffer, pH 6.2, 50 mM KClnatural_abundance100% D2O
solution2300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] CDE1, 100% D2O25 mM potassium phosphate buffer, pH 6.2, 50 mM KCl13c15n100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMCDE1natural abundance1
300 uMCDE1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM KCl 25 mM potassium phosphate Not definednatural_abundance6.2 1 bar298 K
250 mM KCl 25 mM potassium phosphate Not defined13c15n6.2 1 bar298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.52Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
Sparky3.2Goddardchemical shift assignment
Sparky3.2Goddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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