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- PDB-6xws: Crystal Structure of Drosophila CAL1 1-160 bound to CENP-A/H4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xws
タイトルCrystal Structure of Drosophila CAL1 1-160 bound to CENP-A/H4
要素
  • Chromosome alignment defect 1,Chromosome alignment defect 1
  • Histone H3-like centromeric protein cid
  • Histone H4
キーワードCELL CYCLE / Centromere / Kinetochore / cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / kinetochore organization / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / CENP-A containing chromatin assembly / kinetochore assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / condensed chromosome, centromeric region / inner kinetochore / protein localization to kinetochore / chromatin-protein adaptor activity / mitotic metaphase chromosome alignment / nuclear chromosome / chromosome, centromeric region / CENP-A containing nucleosome / spindle assembly / chromosome segregation / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / chromosome / chromatin organization / protein heterodimerization activity / nucleolus / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 / Histone H3/CENP-A ...TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H4 / Histone H3-like centromeric protein cid / Chromosome alignment defect 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.36 Å
データ登録者Jeyaprakash, A.A. / Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202811 英国
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for centromere maintenance by Drosophila CENP-A chaperone CAL1.
著者: Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. / Jeyaprakash, A.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3-like centromeric protein cid
B: Histone H4
C: Chromosome alignment defect 1,Chromosome alignment defect 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9243
ポリマ－47,9243
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.700, 199.700, 76.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein cid / CENP-A homolog / Centromere identifier protein


分子量: 26014.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cid, CENP-A, CG13329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V6Q2
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11408.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His4r, BcDNA:RH52884, Dmel\CG3379, FBtr0082962, H4r, His4-88CD, His4R, CG3379, Dmel_CG3379
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4KFZ9, UniProt: P84040*PLUS
#3: タンパク質 Chromosome alignment defect 1,Chromosome alignment defect 1


分子量: 10501.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cal1, CAL1, Cal1, CLD2, Dmel\CG5148, CG5148, Dmel_CG5148
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEN2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.36→172.95 Å / Num. obs: 2322 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 196.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 4.36→5.186 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 194

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
PHENIX1.17.1_3660精密化
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PYO

2pyo


解像度: 4.36→172.95 Å / SU ML: 0.686 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.5351
詳細: Completeness shown corresponds to ellipsoidal completeness. STARANISO defined anisotropic resolution limits are 7.1 A, 7.1 A and 4.0 A along a*, b* and c* axes, respectively.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3229 117 5.04 %
Rwork0.3063 --
obs0.3072 2320 89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 227.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.36→172.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 0 0 0 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00451728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17542336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0917261
LS精密化 シェル解像度: 4.36→172.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3229 117 -
Rwork0.3063 2203 -
obs--36.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.427475754060.1905481343370.6744224329657.47419972005-4.644349942242.980775747321.291297453250.5932254270691.741057610891.06876105410.8112367373852.297299198623.1631852119-2.3085305716-1.427508381454.14546840376-1.251656397450.4450873444212.041241038830.4606756820552.8732793089273.4632115324-27.3277609622-11.2005887725
21.27481493753-1.473222733420.3989628158342.91289017017-1.414778420593.87507830355-0.4173831030270.3829410857510.4881837084040.08806489886390.759664460515-0.0850670528735-0.8720783302730.219578177255-1.242030582473.73397356929-0.143115671137-0.7709746354161.098396594260.2201910049832.165913107892.62357164-23.68401606174.26144753493
32.33993848437-1.335227058210.3562979594852.44176603266-1.297693180010.772051860829-0.332295016345-0.1991968948361.589307601770.881621142496-0.1760515628071.56530195340.92761978203-0.3093558010830.4697443294654.41293254057-1.465598096360.3570292860041.33986934018-0.2251000645252.5500820056385.7289802798-24.119417619612.0252780192
49.70325943131-0.55677771481-6.244442233753.806868478934.197868138697.89217500072-1.539516879282.678812162720.9434277538510.01946723115030.9571409885312.457383059391.27094649862-2.14910709916-0.1112413009543.1583045807-0.600618322376-0.4484335694871.466238498050.8108668159221.6915520964583.3333388776-24.1141892981-8.40023750741
59.98579691667-6.189432010122.005741911537.526419761626.979739693271.99806572325-3.762203169073.84914292289-0.514962795913-1.487585197191.208602713742.974532950512.30934548784-3.245332443362.050196411933.94277658293-0.988635584752-0.4266812368912.096489105470.4304033892162.1556148990883.4225391022-36.0244790466-16.3901969884
62.2760702374-0.420246513335-0.6992404278144.724255599240.3709207107370.226486354004-0.3398998333580.6636479521830.0707772340023-1.052884265070.7462694373630.8428414284521.640646173-0.680326467463-0.9885217504454.56426166344-0.164613371238-0.5602271604841.147029456280.918433658891.1740470346394.0607884647-27.6091023632-10.2133927634
73.42365757845-1.350107763860.7385787253894.87993520151.678210583612.56510688677-0.8377615771410.202518746409-0.1813015673540.623115953992-1.20440913373-0.2930112896342.64468155660.3179138983250.2039118240134.948151291720.790725071678-0.04594931080922.741485052680.03491044188971.08380598428100.90175011-32.2257110923-0.935652614015
89.216590938923.642313054490.3002673611618.664746984675.376581460143.834275360050.4834180277120.7558356236910.153213157019-1.47901825924-2.330466990672.641126578532.93143499821-0.7439521698542.109327571655.36836700175-1.00402566458-0.1793694830672.25680097488-0.2060350443452.3373827961676.2965396681-43.4078900786-9.54480068512
92.099268532512.044396028321.994238450022.093845813031.920254279391.98794320389-0.2456091975341.991348222770.669218602311-1.92467235318-0.4542709779051.28866693865-0.6729929611131.33801830260.692629048756.373939740050.192217908871-1.389074968974.092550459810.4030809948383.1683393032866.9812011519-31.6456960298-8.81653607833
101.193103672660.723537449426-0.4673753158771.655560687281.672695010482.676238392961.023115239441.39350446578-0.70706542969-0.87104340741-0.9861322409090.06163942777010.655218154136-0.481068938186-0.1839945869972.834652406181.35211475283-0.1567091293761.194885243840.09526733761692.6558919163187.749618395-11.90527525110.503491137779
114.69381154809-0.3726030432082.005547167563.57969552682-1.371741512383.798216788261.058961843780.4650094191810.1214279609770.861212729114-2.03770788602-0.6516720894111.068056816292.813961350980.4135616465624.20224940142-0.234695691768-1.259062191472.648750860651.632624723854.10563661275107.989279256-15.42032670180.0558636370604
124.52658323548-0.3444676474853.95281908360.0122826994665-0.2647178453693.420430112780.8342851477941.23959710533-2.03356016437-0.2265205866150.659056574940.5790112632851.88173110105-0.6078254928-0.585661861293.27983588394-0.413345781688-2.510613919481.798420891620.005777462092251.8435105456106.425461264-37.3435953907-9.58776492897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 31 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 51 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 77 through 92 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 93 through 98 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 4 through 29 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 30 through 38 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 39 through 44 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 45 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 100 through 117 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 118 through 148 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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