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万見
- PDB-6xwe: Crystal structure of LYK3 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xwe
タイトルCrystal structure of LYK3 ectodomain
要素LysM domain receptor-like kinase 3
キーワードPLANT PROTEIN / LysM / Receptor / Symbiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein kinase activity / nodulation / response to symbiotic bacterium / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity ...transmembrane receptor protein kinase activity / nodulation / response to symbiotic bacterium / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / vacuolar lumen / histone H2AT120 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / innate immune response / protein serine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain / LYK3/4/5 LysM2 domain / LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...LysM domain / LYK3/4/5 LysM2 domain / LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONITRILE / LysM domain receptor-like kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Gysel, K. / Blaise, M. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish National Research FoundationDNRF79 デンマーク
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Ligand-recognizing motifs in plant LysM receptors are major determinants of specificity.
著者: Bozsoki, Z. / Gysel, K. / Hansen, S.B. / Lironi, D. / Kronauer, C. / Feng, F. / de Jong, N. / Vinther, M. / Kamble, M. / Thygesen, M.B. / Engholm, E. / Kofoed, C. / Fort, S. / Sullivan, J.T. ...著者: Bozsoki, Z. / Gysel, K. / Hansen, S.B. / Lironi, D. / Kronauer, C. / Feng, F. / de Jong, N. / Vinther, M. / Kamble, M. / Thygesen, M.B. / Engholm, E. / Kofoed, C. / Fort, S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Jensen, K.J. / Blaise, M. / Oldroyd, G. / Stougaard, J. / Andersen, K.R. / Radutoiu, S.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM domain receptor-like kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2645
ポリマ－23,8451
非ポリマー1,4194
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.210, 53.530, 95.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LysM domain receptor-like kinase 3 / MtLYK3 / LysM receptor kinase K1B / Protein HAIR CURLING


分子量: 23845.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: LYK3, HCL, RLK3, MTR_5g086130 / プラスミド: pOET4 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6UD73, non-specific serine/threonine protein kinase

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 390分子

#5: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 0.2 M ammonium sulphate 31% PEG-3350 450 uM Sinorhizobium meliloti Nod factor (LCO-IV,Ac,C16:2,S) 2.25% (v/v) acetonitrile

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→40.082 Å / Num. obs: 37595 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 12.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0846 / Rpim(I) all: 0.03375 / Rrim(I) all: 0.0912 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.49→1.543 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 3712 / CC1/2: 0.77 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 1.01 / % possible all: 99.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJan 31, 2020データ削減
XSCALEJan 31, 2020データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EBY

6eby


解像度: 1.49→40.08 Å / SU ML: 0.1288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.517
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1805 2002 5.33 %
Rwork0.144 35593 -
obs0.1459 37595 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→40.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1601 0 94 389 2084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18052525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0758306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0336706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.530.2531410.20672517X-RAY DIFFRACTION99.81
1.53-1.570.25531400.18762490X-RAY DIFFRACTION99.92
1.57-1.610.20371410.1772504X-RAY DIFFRACTION99.89
1.61-1.670.20831420.16262516X-RAY DIFFRACTION99.92
1.67-1.730.19551410.1532513X-RAY DIFFRACTION99.96
1.73-1.80.19351400.14312488X-RAY DIFFRACTION99.85
1.8-1.880.22791420.13642530X-RAY DIFFRACTION99.85
1.88-1.980.1791410.13332512X-RAY DIFFRACTION99.89
1.98-2.10.16511440.13112548X-RAY DIFFRACTION99.81
2.1-2.260.17141410.12762523X-RAY DIFFRACTION99.89
2.26-2.490.18051440.12852557X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.850.16981440.13852557X-RAY DIFFRACTION99.85
2.85-3.590.1471460.13462608X-RAY DIFFRACTION99.93
3.59-40.080.17791550.15292730X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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