PDB-6xvu: Bacteriophytochrome response regulator from Deinococcus radiodurans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xvu

タイトル

Bacteriophytochrome response regulator from Deinococcus radiodurans

要素

Response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Response regulator / two-component system

機能・相同性

phosphorelay signal transduction system / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / metal ion binding / Response regulator

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Takala, H. / Ihalainen, J.A.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Comparative analysis of two paradigm bacteriophytochromes reveals opposite functionalities in two-component signaling.
著者: Multamaki, E. / Nanekar, R. / Morozov, D. / Lievonen, T. / Golonka, D. / Wahlgren, W.Y. / Stucki-Buchli, B. / Rossi, J. / Hytonen, V.P. / Westenhoff, S. / Ihalainen, J.A. / Moglich, A. / Takala, H.

履歴

登録	2020年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年8月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1k68S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xvu-2 3vp4-d 1aef-d 1ryc-d 1aeg-d 3vp2-d 6fjw-d 4rrg-1 2rby-d 5ejx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator

B: Response regulator

C: Response regulator

D: Response regulator

ヘテロ分子

76.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator

B: Response regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer not stable in all conditions
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Response regulator

D: Response regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer not stable in all conditions
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.650, 87.650, 181.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Response regulator 分子量: 19069.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 遺伝子: DR_A0049 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.3 M CaCl2, 25% PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873127 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873127 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→49.74 Å / Num. obs: 48536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.358 % / B_iso Wilson estimate: 49.537 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.169 / R_rim(I) all: 0.172 / Χ²: 0.874 / Net I/σ(I): 12.01 / Num. measured all: 1424907 / Scaling rejects: 121

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	24.078	4.119	0.63	81289	3376	3376	0.256	4.208	100
2.05-2.1	25.054	3.196	0.92	77668	3100	3100	0.36	3.262	100
2.1-2.15	26.68	2.827	1.09	80388	3014	3013	0.503	2.882	100
2.15-2.2	28.47	2.284	1.49	66477	2335	2335	0.607	2.325	100
2.2-2.3	30.67	1.726	2.17	137955	4498	4498	0.751	1.754	100
2.3-2.4	31.446	1.256	3.13	118487	3768	3768	0.854	1.276	100
2.4-2.5	31.394	0.916	4.37	100682	3208	3207	0.922	0.931	100
2.5-3	31.183	0.431	9.06	324774	10416	10415	0.987	0.438	100
3-4	30.443	0.134	23.89	255967	8408	8408	0.998	0.137	100
4-6	28.7	0.074	36.42	126395	4404	4404	0.999	0.075	100
6-10	28.258	0.059	39.09	43432	1537	1537	0.999	0.06	100
10-49.74	23.985	0.048	41.44	11393	480	475	0.999	0.049	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
XSCALE	Jan 26, 2018	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K68

1k68

解像度: 2.1→49.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 10.734 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.1815 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2182	2104	5 %	RANDOM
R_work	0.1808	-	-	-
obs	0.1827	39970	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.15 Å² / B_iso mean: 59.843 Å² / B_iso min: 29.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→49.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4389	0	9	240	4638
B_iso mean	-	-	57.28	57.68	-
残基数	-	-	-	-	560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.811	1.638	6206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.433	1.564	10007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.231	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.795	22.965	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.374	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.35	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	882

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	152	-
R_work	0.33	2891	-
all	-	3043	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3642	-1.7512	-1.0431	6.0044	0.2437	5.6546	0.3198	0.5478	-0.6846	-0.337	-0.1503	0.3665	0.4518	-0.2021	-0.1695	0.1594	-0.0251	-0.0339	0.2073	-0.005	0.2361	-23.69	-10.316	-5.153
2	4.0173	-1.2227	0.0475	7.0144	-1.8772	4.2451	0.1106	0.6122	-0.561	-0.5374	0.2227	0.4654	0.4622	-0.3622	-0.3333	0.1193	-0.0726	-0.0359	0.2802	0.0011	0.1775	-26.979	-6.163	-9.572
3	7.1121	-1.6435	-1.5389	1.9358	0.4868	3.8764	0.1846	0.1184	0.2046	-0.1285	0.1398	-0.1116	-0.2923	-0.1552	-0.3244	0.0968	0.0041	0.0697	0.1959	0.0701	0.179	-22.85	3.506	-3.659
4	3.8526	-1.1275	-0.5063	7.1029	0.6111	3.5836	-0.0837	-0.602	-0.0677	0.209	0.2805	-0.2797	0.1112	0.1277	-0.1967	0.0403	0.0177	0.0458	0.2507	0.0618	0.1498	-21.768	-3.782	8.164
5	43.3251	-18.0988	8.0689	7.7828	-6.1475	36.6543	-0.3085	-0.2733	-0.2746	0.0086	0.2155	0.0874	1.6108	-0.9429	0.093	0.3328	-0.0984	-0.0115	0.3474	0.0341	0.4087	-30.656	-12.062	6.241
6	6.8079	-1.1875	-0.7038	8.1626	-2.4384	2.929	0.352	0.7532	-0.0638	-0.9352	-0.3062	0.6298	0.2307	-0.7066	-0.0458	0.2532	0.0292	-0.0137	0.4939	-0.0118	0.3161	-38.168	-2.784	-1.164
7	25.4593	1.8972	-5.8692	1.8846	1.6518	3.8745	-0.0223	-1.3159	0.3176	-0.0452	0.1368	0.0046	-0.0952	0.5521	-0.1146	0.1877	-0.0011	0.0598	0.2989	-0.0569	0.2437	-42.769	7.453	20.181
8	12.8883	-0.7804	-4.7335	8.0592	-4.8437	7.0828	-0.0979	-1.7434	-1.1744	0.1521	-0.2282	-0.0752	0.3826	0.7006	0.3262	0.1691	-0.0006	0.0411	0.3346	0.1535	0.2565	-42.141	0.125	22.961
9	22.3829	0.3408	2.3399	9.4584	2.6378	10.1495	0.187	-1.4752	1.9235	1.1548	0.3614	-0.6015	-1.0474	0.6346	-0.5483	0.3882	-0.0909	0.1458	0.1769	-0.2662	0.6233	-33.786	18.043	19.844
10	10.8271	-1.5775	-3.0215	6.1344	-2.0603	6.2502	0.5674	0.3034	1.7257	0.0815	-0.0842	0.1401	-0.9007	-0.3576	-0.4832	0.1837	0.0444	0.156	0.0696	0.0347	0.4686	-38.075	14.716	9.71
11	7.3432	-0.2395	-2.1167	2.8547	-0.3001	2.6095	0.3288	0.6837	0.1403	-0.0986	-0.1787	0.1793	-0.2028	-0.2204	-0.1501	0.0405	0.0398	0.021	0.1626	-0.0024	0.1917	-40.809	4.201	7.15
12	8.9847	3.0124	-3.21	10.1145	1.3434	3.8674	0.3624	-0.6805	0.227	0.4871	-0.1841	-0.2639	-0.2145	0.7461	-0.1783	0.1203	-0.0352	0.0488	0.2996	0.0421	0.1905	-29.346	-0.362	15.301
13	13.0593	1.5835	-17.5752	9.0021	-3.7971	30.8225	0.3231	1.5355	0.5803	-0.7871	0.3386	0.0634	-0.5061	-2.4606	-0.6617	0.4445	0.0376	-0.0772	0.3772	0.1523	0.3547	-3.101	16.415	-27.658
14	6.5459	5.3798	-1.1631	10.7785	1.6635	2.866	0.0011	0.1074	0.2754	-0.2155	-0.0089	0.631	-0.1348	-0.3668	0.0078	0.1543	0.0169	-0.0377	0.0822	0.0179	0.2368	-3.736	25.69	-19.383
15	5.3328	3.4034	-1.3415	8.8672	0.4106	4.1412	-0.4692	0.7147	0.0901	-1.1817	0.1677	1.2511	-0.0951	-0.669	0.3015	0.2442	-0.0599	-0.1373	0.33	0.0275	0.2913	-9.586	11.269	-23.737
16	2.5855	0.1572	-1.6019	2.8378	-1.5454	4.977	-0.2559	0.2178	-0.0117	-0.2811	0.1616	0.2545	0.2235	-0.4297	0.0943	0.0847	-0.0671	0.0342	0.1045	-0.0315	0.2184	-3.1	6.902	-16.114
17	0.8301	0.1336	0.2958	6.3669	-0.5978	2.1742	-0.1514	-0.1299	0.0733	0.2301	0.179	0.1128	-0.1687	-0.1559	-0.0276	0.0982	0.0153	0.0479	0.067	-0.0454	0.2108	5.44	17.282	-11.679
18	3.8146	1.9572	-1.5924	6.4262	1.9569	2.0911	-0.146	0.5389	0.09	-0.723	0.2494	-0.1442	-0.2276	-0.2702	-0.1034	0.373	-0.1299	0.1234	0.2086	-0.067	0.192	7.779	12.717	-27.454
19	6.736	-0.9839	-3.3366	4.3384	0.7727	9.1432	0.2659	-0.6398	0.4042	0.0868	0.2478	-0.4733	-0.5337	0.8343	-0.5138	0.0624	-0.0394	0.1249	0.1041	-0.0353	0.5127	28.365	9.407	-19.17
20	4.4349	3.0273	-4.2611	16.7172	0.2539	8.0969	-0.0813	-0.8137	-0.4162	0.1316	-0.3325	-1.1747	0.5903	1.3631	0.4138	0.1322	0.1031	0.1121	0.2571	0.0981	0.6033	26.184	-1.501	-15.657
21	17.2995	2.8215	8.1035	28.2239	-6.9655	11.4191	0.3102	-0.983	-0.2795	2.448	-1.3942	-0.9415	0.4083	0.9322	1.084	0.6334	0.319	0.1157	0.7374	0.2168	0.698	22.012	-2.79	-5.404
22	5.2805	-0.2971	-1.1266	7.7559	0.1701	5.8146	-0.2924	0.0685	-0.5449	-0.6213	-0.0553	-0.5955	0.9679	0.1906	0.3477	0.2536	0.0279	0.2074	0.0161	-0.0304	0.4005	15.912	-3.142	-18.021
23	5.2245	0.8515	-0.1114	3.9283	-0.9517	3.4819	-0.3278	0.368	-0.4799	-0.8437	0.132	-0.7368	0.39	-0.1365	0.1958	0.3226	-0.052	0.2363	0.048	-0.0955	0.3146	12.919	3.746	-25.824
24	4.5658	1.1813	-3.2978	2.0723	-1.1553	7.6625	-0.1135	-0.3933	-0.1271	-0.0529	-0.1928	-0.4494	-0.1829	0.6038	0.3063	0.1202	-0.0132	0.1018	0.0645	-0.0039	0.3797	19.276	14.904	-18.309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	94 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	128 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	133 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	7 - 22
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	23 - 39
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	40 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	60 - 84
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	85 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	132 - 146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	7 - 13
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	14 - 32
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	33 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	60 - 93
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	94 - 133
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	134 - 145
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	7 - 34
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	35 - 48
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	49 - 59
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	60 - 88
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	89 - 120
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	121 - 147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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