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Yorodumi- PDB-6xvu: Bacteriophytochrome response regulator from Deinococcus radiodurans -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xvu | |||||||||
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Title | Bacteriophytochrome response regulator from Deinococcus radiodurans | |||||||||
Components | Response regulator | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Response regulator / two-component system | |||||||||
Function / homology | phosphorelay signal transduction system / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / metal ion binding / Response regulator Function and homology information | |||||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Takala, H. / Ihalainen, J.A. | |||||||||
Funding support | Finland, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Comparative analysis of two paradigm bacteriophytochromes reveals opposite functionalities in two-component signaling. Authors: Multamaki, E. / Nanekar, R. / Morozov, D. / Lievonen, T. / Golonka, D. / Wahlgren, W.Y. / Stucki-Buchli, B. / Rossi, J. / Hytonen, V.P. / Westenhoff, S. / Ihalainen, J.A. / Moglich, A. / Takala, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xvu.cif.gz | 248.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xvu.ent.gz | 199.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xvu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xvu_validation.pdf.gz | 341.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xvu_full_validation.pdf.gz | 349.5 KB | Display | |
Data in XML | 6xvu_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6xvu_validation.cif.gz | 34.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1k68S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19069.719 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) Gene: DR_A0049 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9RZA5 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.3 M CaCl2, 25% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873127 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873127 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→49.74 Å / Num. obs: 48536 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 29.358 % / Biso Wilson estimate: 49.537 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 12.01 / Num. measured all: 1424907 / Scaling rejects: 121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1K68 Resolution: 2.1→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 10.734 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.1815 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16 Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.15 Å2 / Biso mean: 59.843 Å2 / Biso min: 29.98 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→49.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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