PDB-6xve: Engineered beta-lactoglobulin: variant F105L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xve

タイトル

Engineered beta-lactoglobulin: variant F105L

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / lipocalin / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Gotkowski, M. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-based design approach to rational site-directed mutagenesis of beta-lactoglobulin.
著者: Bonarek, P. / Loch, J.I. / Tworzydlo, M. / Cooper, D.R. / Milto, K. / Wrobel, P. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K.

履歴

登録	2020年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2020年1月29日	ID: 6RYS
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xve.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xve.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xve_validation.pdf.gz	417.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xve_full_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示
XML形式データ	6xve_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	6xve_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qi6C 6qi7C 6qpdC 6qpeC 6rwpC 6rwqC 6rwrC 6rytC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a6s-d 2qw1-d 4ede-d 3pin-d 5hsg-d 4eej-d 5tzq-d 4mmm-5 1gub-d 2ds0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactoglobulin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.738, 79.771, 66.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-237- HOH
2	1	A-251- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18198.998 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, F105L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02754
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.00 M (NH4)2SO4 IN 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→14.49 Å / Num. obs: 7984 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 16628 / Scaling rejects: 22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.15-2.22	1.5	0.253	1061	690	0.895	0.238	0.349	2	98.2
8.86-14.49	1.9	0.021	165	86	0.998	0.017	0.027	74.4	66.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.15→14.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 15.602 / SU ML: 0.201 / SU R Cruickshank DPI: 0.3288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.259
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2915	993	12.4 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
obs	0.2376	6990	97.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.32 Å² / B_iso mean: 35.878 Å² / B_iso min: 20.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→14.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1021	0	0	53	1074
B_iso mean	-	-	-	42.38	-
残基数	-	-	-	-	134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.641	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.211	1.581	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.284	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.101	24.474	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.753	15	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.315	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	178

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.205 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	59	-
R_work	0.295	528	-
all	-	587	-
obs	-	-	97.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.607	-0.5803	2.0452	0.706	0.4414	6.0094	-0.1766	-0.2641	0.3985	-0.0864	0.0352	-0.275	-0.2219	-0.2686	0.1414	0.2637	0.0714	-0.0449	0.1736	-0.0182	0.1863	20.532	99.903	69.619
2	2.5793	-0.0833	-1.5803	0.559	0.2328	1.8755	-0.1664	-0.0592	-0.2009	0.0402	-0.0179	0.0411	0.1923	0.1201	0.1843	0.0953	0.0134	0.0203	0.0668	0.0106	0.1787	15.71	88.813	75.799
3	3.1902	0.0597	-2.318	5.7897	-6.3692	11.8033	0.1132	0.1941	-0.2654	-0.1037	-0.1837	0.0552	0.255	0.7482	0.0705	0.1243	0.0023	-0.0174	0.1929	-0.0283	0.1149	19.78	87.337	67.777
4	3.36	2.7506	1.3519	10.971	2.2573	0.696	0.1	0.4298	0.1841	-0.3424	-0.2289	0.5993	-0.0088	0.0953	0.1289	0.2079	-0.011	-0.0277	0.2602	-0.0422	0.0662	14.82	89.478	64.43
5	3.2413	-0.2097	-0.7865	1.3495	-0.3126	2.2674	-0.2365	-0.0218	0.1792	0.1793	0.1402	0.0829	-0.1311	0.1548	0.0963	0.1285	0.0146	0.0182	0.0539	-0.0218	0.1671	15.288	98.86	78.686
6	1.7214	1.0568	-0.6533	5.2321	-1.9965	3.8557	-0.078	-0.2125	0.4298	-0.0231	0.0601	-0.0843	-0.1407	-0.8865	0.0179	0.0349	0.0686	0.0179	0.3046	-0.066	0.2143	3.815	97.367	78.615

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	80 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	95 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	137 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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