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Yorodumi- PDB-5hsg: Crystal structure of an ABC transporter Solute Binding Protein fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hsg | ||||||
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Title | Crystal structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Klebsiella pneumoniae (KPN_01730, target EFI-511059), APO open structure | ||||||
Components | Putative ABC transporter, nucleotide binding/ATPase protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative ABC transporter, nucleotide binding/ATPase protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Klebsiella pneumoniae (KPN_01730, target EFI-511059), APO open structure Authors: Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hsg.cif.gz | 177.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hsg.ent.gz | 148.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hsg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5hsg_validation.pdf.gz | 423.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5hsg_full_validation.pdf.gz | 423.4 KB | Display | |
Data in XML | 5hsg_validation.xml.gz | 17 KB | Display | |
Data in CIF | 5hsg_validation.cif.gz | 27.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33081.254 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 31-317 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (bacteria) Strain: ATCC 700721 / MGH 78578 / Gene: KPN_01730 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A6T990 |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM L-sorbitol); Reservoir (MCSG1 B4)(0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% Reservoir) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2015 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→100 Å / Num. obs: 70639 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 13.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.96 / Net I/av σ(I): 22.085 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 902355 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.3→30.725 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.27 Å2 / Biso mean: 19.1155 Å2 / Biso min: 8.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→30.725 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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