PDB-5hsg: Crystal structure of an ABC transporter Solute Binding Protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hsg

タイトル

Crystal structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Klebsiella pneumoniae (KPN_01730, target EFI-511059), APO open structure

要素

Putative ABC transporter, nucleotide binding/ATPase protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

cell envelope / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Klebsiella pneumoniae (KPN_01730, target EFI-511059), APO open structure
著者: Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

履歴

登録	2016年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hsg.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hsg.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ah4-1 1gub-d 3ah2-2 4eob-6 2fn9-2 4iyb-d 4fge-5 3aj6-1 4fgd-6 1gud-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-511059

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ABC transporter, nucleotide binding/ATPase protein

ヘテロ分子

33.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.548, 48.800, 157.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative ABC transporter, nucleotide binding/ATPase protein 分子量: 33081.254 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-317 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: KPN_01730 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6T990
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM L-sorbitol); Reservoir (MCSG1 B4)(0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月20日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→100 Å / Num. obs: 70639 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.96 / Net I/av σ(I): 22.085 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 902355

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	13.2	0.876	3302	0.86	0.242	0.91	0.783	87.2
1.32-1.35	13.4	0.81	3261	0.894	0.222	0.841	0.788	88.3
1.35-1.37	13.4	0.72	3293	0.898	0.198	0.747	0.816	87.6
1.37-1.4	13.4	0.611	3275	0.928	0.168	0.634	0.816	87.7
1.4-1.43	13.3	0.539	3306	0.936	0.148	0.56	0.828	88.1
1.43-1.46	13.3	0.448	3266	0.956	0.123	0.465	0.841	86.9
1.46-1.5	13.1	0.345	3337	0.971	0.095	0.358	0.859	89.4
1.5-1.54	13	0.278	3331	0.978	0.077	0.289	0.901	89
1.54-1.59	12.8	0.241	3362	0.983	0.067	0.25	0.919	89.1
1.59-1.64	12.7	0.202	3399	0.988	0.056	0.21	0.94	90.5
1.64-1.7	12.5	0.175	3440	0.99	0.048	0.182	0.964	90.9
1.7-1.76	12.3	0.147	3519	0.992	0.041	0.152	0.999	93.8
1.76-1.84	12	0.121	3626	0.994	0.034	0.126	1.063	95.4
1.84-1.94	11.9	0.106	3663	0.995	0.03	0.111	1.042	97
1.94-2.06	11.7	0.105	3778	0.995	0.03	0.109	1.333	99
2.06-2.22	11.9	0.115	3807	0.993	0.033	0.119	1.598	99.5
2.22-2.45	12.2	0.114	3833	0.993	0.033	0.119	1.789	99.8
2.45-2.8	12.8	0.091	3842	0.995	0.026	0.094	1.042	100
2.8-3.53	13.5	0.068	3913	0.997	0.019	0.07	0.564	100
3.53-100	13.5	0.066	4086	0.995	0.019	0.069	0.444	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

解像度: 1.3→30.725 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	3363	4.94 %
R_work	0.15	64738	-
obs	0.1512	68101	89.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.27 Å² / B_iso mean: 19.1155 Å² / B_iso min: 8.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→30.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2096	0	1	497	2594
B_iso mean	-	-	55.83	32.13	-
残基数	-	-	-	-	285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.242	3035
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.09	813

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3003-1.3189	0.2425	94	0.2194	1758	1852	59
1.3189-1.3386	0.2213	94	0.214	2015	2109	69
1.3386-1.3595	0.2057	118	0.2126	2238	2356	75
1.3595-1.3818	0.2134	143	0.1993	2387	2530	82
1.3818-1.4056	0.2185	126	0.1945	2463	2589	83
1.4056-1.4312	0.205	123	0.1914	2552	2675	86
1.4312-1.4587	0.2012	148	0.1891	2549	2697	86
1.4587-1.4885	0.1885	145	0.1731	2573	2718	88
1.4885-1.5208	0.1773	146	0.1626	2635	2781	88
1.5208-1.5562	0.1852	145	0.1515	2626	2771	90
1.5562-1.5951	0.155	143	0.1499	2643	2786	89
1.5951-1.6383	0.1801	111	0.1431	2727	2838	90
1.6383-1.6865	0.1749	142	0.147	2722	2864	91
1.6865-1.7409	0.1689	153	0.1492	2748	2901	92
1.7409-1.8031	0.1812	140	0.1515	2859	2999	95
1.8031-1.8753	0.1857	149	0.1523	2880	3029	96
1.8753-1.9606	0.1669	171	0.1517	2898	3069	97
1.9606-2.064	0.163	158	0.1494	2968	3126	99
2.064-2.1933	0.1577	134	0.14	3036	3170	99
2.1933-2.3625	0.1482	167	0.1369	2983	3150	100
2.3625-2.6002	0.1575	154	0.1409	3061	3215	100
2.6002-2.9762	0.1598	146	0.1513	3079	3225	100
2.9762-3.7486	0.182	142	0.1437	3120	3262	100
3.7486-30.7337	0.1848	171	0.1439	3218	3389	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.582	-0.0627	0.3915	0.8481	0.0668	1.3527	0.0173	0.0021	-0.0012	-0.08	0.042	-0.0119	-0.0284	-0.002	-0.0571	0.1118	-0.0025	0.0009	0.0978	-0.0035	0.1039	17.2922	43.7018	43.8348
2	0.6244	-0.2292	-0.5517	0.2912	0.2697	0.8296	-0.0639	-0.0048	-0.0552	0.0252	-0.026	0.0602	0.0864	-0.0751	0.0856	0.1053	-0.0087	-0.003	0.0995	-0.0052	0.127	3.7319	36.1948	58.4219
3	0.9393	0.0363	-0.174	0.6424	-0.0239	0.9051	0.0363	-0.0775	0.1445	0.0001	0.0008	0.106	-0.1879	-0.1367	-0.0289	0.1295	0.0216	-0.0069	0.1532	-0.0314	0.1404	-6.4967	50.6191	70.1966
4	0.7517	-0.5418	-0.8898	0.5762	0.9637	1.5435	-0.0304	-0.1246	0.0073	-0.0151	0.0385	0.0325	0.0084	0.1087	0.001	0.132	0.0044	-0.0081	0.1193	-0.0096	0.1269	14.3688	41.7297	61.8039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 86 )	A	32 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 87 through 185 )	A	87 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 186 through 253 )	A	186 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 254 through 316 )	A	254 - 316

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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