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- PDB-6xu6: Drosophila melanogaster Testis 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xu6
タイトルDrosophila melanogaster Testis 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 31
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 2S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • FI02809p
  • GEO07301p1
  • GEO07453p1
  • GEO07455p1
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • IP17216p
  • LP04564p
  • Probable 60S ribosomal protein L37-B
  • RE25263p
  • RE62581p
  • RH48056p
  • TA01007p
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / Specialised ribosome / Drosophila melanogaster / Testis
機能・相同性
機能・相同性情報


APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Activation of the IkappaB kinase complex, KEY:IRD5 dimer:KEY / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol ...APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Activation of the IkappaB kinase complex, KEY:IRD5 dimer:KEY / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Regulation of TP53 Degradation / Cyclin D associated events in G1 / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Protein methylation / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / RAS processing / Pexophagy / Regulation of BACH1 activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Regulation of pyruvate metabolism / Translesion synthesis by REV1 / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Ovarian tumor domain proteases / Formation of Incision Complex in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Translesion Synthesis by POLH / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Ubiquitination and degradation of phosphorylated ARM / Separation of Sister Chromatids / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Regulation of TNFR1 signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of RUNX3 expression and activity / Peroxisomal protein import / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Nuclear CI is degraded / ABC-family proteins mediated transport / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Josephin domain DUBs / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Downregulation of ERBB2 signaling / VLDLR internalisation and degradation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / KEAP1-NFE2L2 pathway / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Ubiquitination and proteolysis of phosphorylated CI / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Interleukin-1 signaling / Regulation of signaling by CBL / pupariation / Downregulation of ERBB4 signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Protein hydroxylation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Hedgehog ligand biogenesis / Regulation of necroptotic cell death / EGFR downregulation
類似検索 - 分子機能
Interferon-related developmental regulator, C-terminal / Interferon-related developmental regulator, N-terminal / Interferon-related developmental regulator / Interferon-related protein conserved region / Interferon-related developmental regulator (IFRD) / : / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain ...Interferon-related developmental regulator, C-terminal / Interferon-related developmental regulator, N-terminal / Interferon-related developmental regulator / Interferon-related protein conserved region / Interferon-related developmental regulator (IFRD) / : / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / IP17216p / Small ribosomal subunit protein uS11A ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / IP17216p / Small ribosomal subunit protein uS11A / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS17 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS7A / RH08962p / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 60S ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL31 / 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Small ribosomal subunit protein eS7 / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Interferon-related developmental regulator 1 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS10B / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein L37-2 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein uL18
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hopes, T. / Agapiou, M. / Norris, K. / McCarthy, C.G.P. / OConnell, M.J. / Fontana, J. / Aspden, J.L.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007407/1 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Ribosome heterogeneity in Drosophila melanogaster gonads through paralog-switching.
著者: Tayah Hopes / Karl Norris / Michaela Agapiou / Charley G P McCarthy / Philip A Lewis / Mary J O'Connell / Juan Fontana / Julie L Aspden /
要旨: Ribosomes have long been thought of as homogeneous macromolecular machines, but recent evidence suggests they are heterogeneous and could be specialised to regulate translation. Here, we have ...Ribosomes have long been thought of as homogeneous macromolecular machines, but recent evidence suggests they are heterogeneous and could be specialised to regulate translation. Here, we have characterised ribosomal protein heterogeneity across 4 tissues of Drosophila melanogaster. We find that testes and ovaries contain the most heterogeneous ribosome populations, which occurs through a combination of paralog-enrichment and paralog-switching. We have solved structures of ribosomes purified from in vivo tissues by cryo-EM, revealing differences in precise ribosomal arrangement for testis and ovary 80S ribosomes. Differences in the amino acid composition of paralog pairs and their localisation on the ribosome exterior indicate paralog-switching could alter the ribosome surface, enabling different proteins to regulate translation. One testis-specific paralog-switching pair is also found in humans, suggesting this is a conserved site of ribosome heterogeneity. Overall, this work allows us to propose that mRNA translation might be regulated in the gonads through ribosome heterogeneity, providing a potential means of ribosome specialisation.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10622
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 40S ribosomal protein SA
CA: 60S ribosomal protein L8
AB: 40S ribosomal protein S3a
CB: 60S ribosomal protein L3
AC: 40S ribosomal protein S2
CC: 60S ribosomal protein L4
Ag: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
AU: 40S ribosomal protein S20
AX: 40S ribosomal protein S23
AM: 40S ribosomal protein S12
Ad: 40S ribosomal protein S29
AN: 40S ribosomal protein S13
AL: 40S ribosomal protein S11
AR: 40S ribosomal protein S17
AP: GEO07301p1
AV: 40S ribosomal protein S21
AY: 40S ribosomal protein S24
AZ: 40S ribosomal protein S25
Aa: 40S ribosomal protein S26
Ab: 40S ribosomal protein S27
AD: 40S ribosomal protein S3
Ae: 40S ribosomal protein S30
Af: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
AJ: 40S ribosomal protein S9
Ca: 60S ribosomal protein L27a
CN: 60S ribosomal protein L15
CI: 60S ribosomal protein L10
CD: 60S ribosomal protein L5
CQ: 60S ribosomal protein L18
CR: 60S ribosomal protein L19
CS: 60S ribosomal protein L18a
CT: RE62581p
CP: 60S ribosomal protein L17
CX: IP17216p
CY: GEO07453p1
CZ: 60S ribosomal protein L27
Cr: 60S ribosomal protein L28
Ch: FI02809p
Cb: 60S ribosomal protein L29
Cc: RE25263p
Ce: 60S ribosomal protein L32
Cf: GEO07455p1
Ci: 60S ribosomal protein L36
Ck: 60S ribosomal protein L38
Cl: 60S ribosomal protein L39
Cm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Cn: 60S ribosomal protein L41
Cp: 60S ribosomal protein L37a
Co: TA01007p
CJ: 60S ribosomal protein L11
CH: 60S ribosomal protein L9
CE: Ribosomal protein L6, isoform A
CG: 60S ribosomal protein L7a
A9: 2S ribosomal RNA
A7: 5S ribosomal RNA
A8: 5.8S ribosomal RNA
Cz: 60S ribosomal protein L10a-2
B2: 18S ribosomal RNA
A5: 28S ribosomal RNA
AE: 40S ribosomal protein S4
AG: 40S ribosomal protein S6
AH: 40S ribosomal protein S7
AI: 40S ribosomal protein S8
AQ: 40S ribosomal protein S16
CO: 60S ribosomal protein L13a
CL: 60S ribosomal protein L13
CV: 60S ribosomal protein L23
CM: 60S ribosomal protein L14
DA: LP04564p
AK: 40S ribosomal protein S10b
AT: 40S ribosomal protein S19a
AF: 40S ribosomal protein S5a
AO: 40S ribosomal protein S14a
Ac: 40S ribosomal protein S28
AW: 40S ribosomal protein S15Aa
CW: 60S ribosomal protein L24
Cg: RH48056p
CU: Ribosomal protein L22-like protein
Cj: Probable 60S ribosomal protein L37-B
CF: 60S ribosomal protein L7
Cd: 60S ribosomal protein L31
AS: 40S ribosomal protein S18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,399,51082
ポリマ－3,399,51082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 AAABACAUAXAMAdANALARAVAYAZAaAbADAeAJAEAGAHAIAQAKATAFAOAcAWAS

#1: タンパク質 40S ribosomal protein SA / K14 / Laminin receptor homolog / Protein stubarista


分子量: 24651.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P38979
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / C3 protein


分子量: 25633.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P55830
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / Protein strings of pearls


分子量: 24836.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P31009
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 11677.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P55828
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 16054.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8T3U2
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13221.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P80455
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6197.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VH69
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17085.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q03334
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18149.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q0E9B6
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 14012.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P17704
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Overgrown hematopoietic organs at 23B


分子量: 8883.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O76927
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 14549.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W229
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 8640.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P48588
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / DS31


分子量: 12412.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P13008
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9382.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VBU9
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 25466.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q06559
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6670.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7JYY0
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 21326.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P55935
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29191.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P41042
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 26639.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P29327
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22209.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VA91
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23683.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8MLY8
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16806.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W237
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S10b


分子量: 10750.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VWG3
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S19a


分子量: 16044.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P39018
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S5a


分子量: 21297.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q24186
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S14a


分子量: 13615.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: C0HKA0
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7114.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W334
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S15Aa


分子量: 14665.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P48149
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 15677.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P41094

+
60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CACBCCCaCNCICDCQCRCSCPCZCrCbCeCiCkClCnCpCJCHCGCzCOCLCVCMCWCFCd

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 27584.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V3G1
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 46861.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O16797
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / L1


分子量: 44162.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P09180
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 17070.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P41092
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24257.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O17445
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / QM protein homolog / dQM


分子量: 25448.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O61231
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 33138.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W5R8
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21582.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VS34
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 24065.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P36241
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20588.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P41093
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21510.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W3W8
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15813.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VBN5
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14917.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VZS5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / L43


分子量: 8814.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q24154
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Ribosomal protein 49


分子量: 15817.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P04359
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Protein minute(1)1B


分子量: 13340.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P49630
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8219.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W5N2
#45: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / Ribosomal protein 46


分子量: 6187.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O16130
#47: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3416.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q962S2
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10204.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VMU4
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20895.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P46222
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21425.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P50882
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 27518.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P46223
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L10a-2


分子量: 24317.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VTP4
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23701.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VNE9
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / BBC1 protein homolog


分子量: 24081.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P41126
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / L17A


分子量: 14243.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P48159
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 18487.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P55841
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 6900.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VJY6
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 26465.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P32100
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 12798.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V597

-
タンパク質 , 14種, 14分子 AgAPAfCTCXCYChCcCfCmCoDACgCj

#7: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor of activated protein kinase C homolog


分子量: 35661.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O18640
#15: タンパク質 GEO07301p1 / RE08270p / Ribosomal protein S15 / isoform A


分子量: 14504.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7JZW2
#23: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 9421.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P15357
#32: タンパク質 RE62581p / RH06526p / Ribosomal protein L21 / isoform A / isoform B / isoform C


分子量: 18388.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V9M7
#34: タンパク質 IP17216p


分子量: 13981.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A1A6X4
#35: タンパク質 GEO07453p1 / RE17611p / Ribosomal protein L26 / isoform A / isoform B / isoform C


分子量: 15337.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VVU2
#38: タンパク質 FI02809p / Ribosomal protein L35 / isoform A / isoform B / isoform C


分子量: 14491.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W499
#40: タンパク質 RE25263p / Ribosomal protein L30 / isoform B / isoform C / isoform E


分子量: 11035.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VJ19
#42: タンパク質 GEO07455p1 / RE17737p / RH44960p / Ribosomal protein L35A


分子量: 17701.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VNB9
#46: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / CEP52


分子量: 6200.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P18101
#49: タンパク質 TA01007p


分子量: 12540.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: C5WLN8
#69: タンパク質 LP04564p


分子量: 41409.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VQI5
#77: タンパク質 RH48056p / Ribosomal protein L34b / isoform A / isoform B / isoform C / isoform D


分子量: 12095.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VHE5
#79: タンパク質 Probable 60S ribosomal protein L37-B


分子量: 9978.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W1U6

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 CECU

#52: タンパク質 Ribosomal protein L6, isoform A


分子量: 26179.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V9W2
#78: タンパク質 Ribosomal protein L22-like protein


分子量: 11525.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: E2JE76

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 A9A7A8B2A5

#54: RNA鎖 2S ribosomal RNA


分子量: 9665.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: NR_133545.1
#55: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38627.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: 174298
#56: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 39616.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: 158246
#58: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 641830.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: 158246
#59: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1278930.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: NR_133562.1

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Drosophila melanogaster testis 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46878 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 4V6W

4v6w


Accession code: 4V6W / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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