PDB-6xu1: Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xu1

タイトル

Crystal structure of tetrameric human H215A-SAMHD1 (residues 109-626) with GTP, dAMPNPP and Mg

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / triphosphohydrolase / metallo-enzyme / binuclear / HD

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Morris, E.R. / Kunzelmann, S. / Caswell, S.J. / Arnold, L.H. / Purkiss, A.G. / Kelly, G. / Taylor, I.A.

資金援助

英国, 4件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of SAMHD1 inhibitor complexes reveal the mechanism of water-mediated dNTP hydrolysis.
著者: Morris, E.R. / Caswell, S.J. / Kunzelmann, S. / Arnold, L.H. / Purkiss, A.G. / Kelly, G. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2020年1月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xu1.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xu1.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xu1_validation.pdf.gz	19.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xu1_full_validation.pdf.gz	19.2 MB	表示
XML形式データ	6xu1_validation.xml.gz	143 KB	表示
CIF形式データ	6xu1_validation.cif.gz	193.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/6xu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/6xu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tx0SC 6txaC 6txcC 6txeC 6txfC 6yomC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6txe-3 6txa-2 4to3-d 4qg0-d 4bzb-d 6dw7-d 4qg1-d 6dw3-d 4qfy-d 6dwd-d 6txa-3 4to5-d 4tny-d 4qfx-d 4mz7-1 6txe-4 4tnx-d 4to4-d 4to6-d 4to1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

494 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALLS and AUC experiments demonstrate the HD domain crystallised here assembles into a homotetramer in the presence of GTP, dAMPNPP and Mg2+.
247 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.369, 171.860, 179.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLU	GLU	A	A	113 - 597	7 - 491
2	1	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	113 - 597	7 - 491
1	2	ASP	ASP	TRP	TRP	A	A	113 - 598	7 - 492
2	2	ASP	ASP	TRP	TRP	C	C	113 - 598	7 - 492
1	3	THR	THR	GLU	GLU	A	A	114 - 597	8 - 491
2	3	THR	THR	GLU	GLU	D	D	114 - 597	8 - 491
1	4	ASP	ASP	GLN	GLN	A	A	113 - 582	7 - 476
2	4	ASP	ASP	GLN	GLN	E	E	113 - 582	7 - 476
1	5	THR	THR	TRP	TRP	A	A	114 - 598	8 - 492
2	5	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
1	6	THR	THR	TRP	TRP	A	A	114 - 598	8 - 492
2	6	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
1	7	THR	THR	GLU	GLU	A	A	114 - 597	8 - 491
2	7	THR	THR	GLU	GLU	H	H	114 - 597	8 - 491
1	8	ASP	ASP	TRP	TRP	B	B	113 - 598	7 - 492
2	8	ASP	ASP	TRP	TRP	C	C	113 - 598	7 - 492
1	9	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 597	8 - 491
2	9	THR	THR	GLU	GLU	D	D	114 - 597	8 - 491
1	10	ASP	ASP	GLN	GLN	B	B	113 - 582	7 - 476
2	10	ASP	ASP	GLN	GLN	E	E	113 - 582	7 - 476
1	11	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 597	8 - 491
2	11	THR	THR	GLU	GLU	F	F	114 - 597	8 - 491
1	12	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 597	8 - 491
2	12	THR	THR	GLU	GLU	G	G	114 - 597	8 - 491
1	13	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 597	8 - 491
2	13	THR	THR	GLU	GLU	H	H	114 - 597	8 - 491
1	14	THR	THR	TRP	TRP	C	C	114 - 598	8 - 492
2	14	THR	THR	TRP	TRP	D	D	114 - 598	8 - 492
1	15	ASP	ASP	GLN	GLN	C	C	113 - 582	7 - 476
2	15	ASP	ASP	GLN	GLN	E	E	113 - 582	7 - 476
1	16	THR	THR	GLU	GLU	C	C	114 - 597	8 - 491
2	16	THR	THR	GLU	GLU	F	F	114 - 597	8 - 491
1	17	THR	THR	GLU	GLU	C	C	114 - 597	8 - 491
2	17	THR	THR	GLU	GLU	G	G	114 - 597	8 - 491
1	18	THR	THR	TRP	TRP	C	C	114 - 598	8 - 492
2	18	THR	THR	TRP	TRP	H	H	114 - 598	8 - 492
1	19	THR	THR	GLN	GLN	D	D	114 - 582	8 - 476
2	19	THR	THR	GLN	GLN	E	E	114 - 582	8 - 476
1	20	THR	THR	GLU	GLU	D	D	114 - 597	8 - 491
2	20	THR	THR	GLU	GLU	F	F	114 - 597	8 - 491
1	21	THR	THR	GLU	GLU	D	D	114 - 597	8 - 491
2	21	THR	THR	GLU	GLU	G	G	114 - 597	8 - 491
1	22	THR	THR	TRP	TRP	D	D	114 - 598	8 - 492
2	22	THR	THR	TRP	TRP	H	H	114 - 598	8 - 492
1	23	THR	THR	GLN	GLN	E	E	114 - 582	8 - 476
2	23	THR	THR	GLN	GLN	F	F	114 - 582	8 - 476
1	24	THR	THR	GLN	GLN	E	E	114 - 582	8 - 476
2	24	THR	THR	GLN	GLN	G	G	114 - 582	8 - 476
1	25	THR	THR	GLN	GLN	E	E	114 - 582	8 - 476
2	25	THR	THR	GLN	GLN	H	H	114 - 582	8 - 476
1	26	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
2	26	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
1	27	THR	THR	GLU	GLU	F	F	114 - 597	8 - 491
2	27	THR	THR	GLU	GLU	H	H	114 - 597	8 - 491
1	28	THR	THR	GLU	GLU	G	G	114 - 597	8 - 491
2	28	THR	THR	GLU	GLU	H	H	114 - 597	8 - 491

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 / hSAMHD1 分子量: 60141.738 Da / 分子数: 8 / 変異: H215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...

分子量: 60141.738 Da / 分子数: 8 / 変異: H215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 853分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DZ4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine 分子量: 490.197 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₁P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97624 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→107.3 Å / Num. obs: 212120 / % possible obs: 98.67 % / 冗長度: 6.87 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.24	4.75	1.047	1.5	8698	0.517	0.525	1.179	81.74
5.97-107.43	7.09	0.066	18	11293	0.997	0.026	0.071	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.9 Å	107.3 Å
Translation	6.9 Å	107.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TX0

6tx0

解像度: 2.2→107.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 11.984 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.2666 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.183
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2024	10526	5 %	RANDOM
R_work	0.1763	-	-	-
obs	0.1776	201458	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.08 Å² / B_iso mean: 30.718 Å² / B_iso min: 6.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→107.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30873	0	769	796	32438
B_iso mean	-	-	17.98	23.67	-
残基数	-	-	-	-	3816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	32389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	29505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.092	1.966	43966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.111	2.992	68464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.447	5	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.695	23.927	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.394	15	5560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.314	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	35396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6652

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32090	0.06
1	2	B	32090	0.06
2	1	A	32516	0.03
2	2	C	32516	0.03
3	1	A	32060	0.06
3	2	D	32060	0.06
4	1	A	31458	0.04
4	2	E	31458	0.04
5	1	A	32230	0.06
5	2	F	32230	0.06
6	1	A	32518	0.03
6	2	G	32518	0.03
7	1	A	32014	0.05
7	2	H	32014	0.05
8	1	B	32214	0.06
8	2	C	32214	0.06
9	1	B	32208	0.04
9	2	D	32208	0.04
10	1	B	31328	0.06
10	2	E	31328	0.06
11	1	B	32364	0.04
11	2	F	32364	0.04
12	1	B	32168	0.05
12	2	G	32168	0.05
13	1	B	32318	0.03
13	2	H	32318	0.03
14	1	C	32168	0.05
14	2	D	32168	0.05
15	1	C	31428	0.03
15	2	E	31428	0.03
16	1	C	31980	0.06
16	2	F	31980	0.06
17	1	C	32356	0.03
17	2	G	32356	0.03
18	1	C	32250	0.05
18	2	H	32250	0.05
19	1	D	31246	0.05
19	2	E	31246	0.05
20	1	D	32364	0.04
20	2	F	32364	0.04
21	1	D	32038	0.05
21	2	G	32038	0.05
22	1	D	32384	0.03
22	2	H	32384	0.03
23	1	E	31136	0.06
23	2	F	31136	0.06
24	1	E	31472	0.03
24	2	G	31472	0.03
25	1	E	31236	0.05
25	2	H	31236	0.05
26	1	F	32240	0.06
26	2	G	32240	0.06
27	1	F	32200	0.04
27	2	H	32200	0.04
28	1	G	32154	0.05
28	2	H	32154	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	617	-
R_work	0.271	12595	-
obs	-	-	83.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1718	0.0126	-0.0226	0.0952	-0.018	0.0615	0.0024	-0.0212	0.0332	0.0205	0.0256	0.0038	-0.041	0.0347	-0.028	0.038	-0.0156	0.0236	0.039	-0.0016	0.0859	7.6697	-7.5112	36.4061
2	0.1843	0.0026	-0.0279	0.0866	-0.034	0.0573	-0.0018	-0.0433	-0.0242	0.0217	0.0367	0.0408	0.0063	-0.0063	-0.0349	0.0179	-0.0033	0.0076	0.0649	0.0342	0.0757	-4.8518	-39.3953	45.5197
3	0.1857	-0.0306	0.0518	0.023	-0.0043	0.1124	0.0283	0.0151	-0.0218	-0.0185	0.0182	-0.0072	0.0448	0.01	-0.0465	0.0515	-0.0039	-0.024	0.0495	0.0029	0.0591	6.0719	-48.9272	8.9039
4	0.1483	-0.0336	-0.0393	0.1959	0.0285	0.0286	0.0258	0.0308	0.0267	-0.0479	-0.0205	0.0146	-0.0093	-0.0314	-0.0053	0.0345	0.0024	-0.0053	0.0596	0.0419	0.0659	-7.6105	-17.0503	1.3305
5	0.1964	-0.1621	-0.0299	0.3994	0.0668	0.017	-0.1466	-0.0149	-0.002	0.2022	0.1121	0.0952	0.0262	0.0069	0.0344	0.1574	0.0533	0.0102	0.0499	0.0133	0.0543	55.5662	-39.9478	82.8853
6	0.2799	-0.1144	0.0665	0.1147	-0.0184	0.0969	-0.0131	0.0286	0.0942	0.0008	-0.0225	-0.0697	0.0027	-0.0141	0.0356	0.0152	0.0005	-0.0076	0.0336	0.0143	0.0985	71.036	-35.6552	51.38
7	0.3298	-0.1845	-0.0053	0.1796	-0.0292	0.0658	0.0253	0.061	-0.0971	0.0034	-0.046	0.0749	0.0059	0.0288	0.0206	0.027	0.0186	0.0061	0.0322	-0.0154	0.0972	66.3697	-74.6336	49.3962
8	0.4323	-0.3097	0.0156	0.2981	0.0013	0.0041	-0.1933	-0.1117	-0.0392	0.1946	0.1794	-0.0045	0.0053	0.0142	0.0139	0.1483	0.1202	0.0176	0.1344	-0.0108	0.0326	77.259	-73.4599	83.1805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	113 - 599
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	113 - 598
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	113 - 598
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	114 - 598
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	113 - 583
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	114 - 600
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	114 - 599
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	114 - 598

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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