[日本語] English
万見
- PDB-6xtz: Structure of Dally-like protein in complex with O-palmitoleoyl serine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xtz
タイトルStructure of Dally-like protein in complex with O-palmitoleoyl serine
要素Dally-like, isoform A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Glypicans / GPI-anchored / Wnt / palmitoleate
機能・相同性
機能・相同性情報


perivitelline space / Signaling by ROBO receptors / cytoneme / regulation of imaginal disc growth / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / regulation of protein localization to membrane / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / wing disc dorsal/ventral pattern formation / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis ...perivitelline space / Signaling by ROBO receptors / cytoneme / regulation of imaginal disc growth / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / regulation of protein localization to membrane / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / wing disc dorsal/ventral pattern formation / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / epithelial cell migration, open tracheal system / segment polarity determination / compound eye development / hedgehog family protein binding / segment specification / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Wnt-protein binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / neuromuscular junction development / positive regulation of Wnt signaling pathway / axon guidance / neuromuscular junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell migration / axon / external side of plasma membrane / synapse / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
O-palmitoleoyl serine / Dally-like, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Vecchia, L. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, European Union, 7件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001204 英国
European Union (EU)294523European Union
European Union (EU)647278European Union
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
Wellcome Trust102164/B/13/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Glypicans shield the Wnt lipid moiety to enable signalling at a distance.
著者: McGough, I.J. / Vecchia, L. / Bishop, B. / Malinauskas, T. / Beckett, K. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / Siebold, C. / Jones, E.Y. / Vincent, J.P.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年8月26日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_poly ...entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.host_org_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id
改定 2.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 3.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id
改定 3.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dally-like, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7958
ポリマ－62,7421
非ポリマー1,0537
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.691, 77.380, 118.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Dally-like, isoform A / LD47466p


分子量: 62742.180 Da / 分子数: 1 / 変異: K398Q, K399A, R402Q, R438Q, R441A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dlp, CG17703, CG5031, CT16138, D-gpcB, Dally-like, DLP, Dlp, Dly, dly, Dmel\CG32146, CG32146, Dmel_CG32146
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9VUG1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 88分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-O18 / O-palmitoleoyl serine / (2S)-2-azanyl-3-[(Z)-hexadec-9-enoyl]oxy-propanoic acid


分子量: 341.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16.25% (w/v) PEG4000, 0.1 M MMT pH 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→56.14 Å / Num. obs: 30164 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 42.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / Num. unique obs: 1459 / CC1/2: 0.685

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3488精密化
PHENIXdev_3488精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ODN

3odn


解像度: 2.21→56.14 Å / SU ML: 0.3133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6936
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 1531 5.1 %
Rwork0.2266 28496 -
obs0.2281 30027 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→56.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3363 0 69 82 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00163528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.36954746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0324514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.25972159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.280.37941550.36462532X-RAY DIFFRACTION99.7
2.28-2.360.37851420.32822524X-RAY DIFFRACTION99.44
2.36-2.460.36211550.30482528X-RAY DIFFRACTION99.48
2.46-2.570.2911170.272572X-RAY DIFFRACTION99.63
2.57-2.70.26821320.262562X-RAY DIFFRACTION99.67
2.7-2.870.32461530.24632558X-RAY DIFFRACTION99.71
2.87-3.10.31711390.24732568X-RAY DIFFRACTION99.89
3.1-3.410.26851310.24342598X-RAY DIFFRACTION99.96
3.41-3.90.25541260.21682645X-RAY DIFFRACTION99.96
3.9-4.910.21281310.17812655X-RAY DIFFRACTION99.96
4.91-56.140.18281500.19912754X-RAY DIFFRACTION99.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.275545692606-0.122543571402-0.0189702161030.6636438815710.195554677150.5399204097230.002932102164330.0821793898416-0.0982271815065-0.02673446946660.0935769214885-0.2545923612190.1482184280140.061372764912-2.44324780108E-50.3668777736070.0102102450794-0.001973371279670.405810403978-0.03170227876460.4025225904511.4759602689-21.3671676732-9.66987240327
20.094343808396-0.0368472076403-0.08369953281830.02007127090430.06271428704130.2003528471310.0833202196114-0.3669986867460.1856042798880.348649743167-0.425577744249-0.0941069136599-0.175754863027-0.3362930387290.0003160902378790.550089715690.00362769788917-0.004839640345990.502073221101-0.0778962048080.7082777245649.4270797652720.086491091610.0909894172
30.1777343526860.203155645439-0.1625851090730.263853435433-0.1916100656480.516998031943-0.12811759699-0.6335302342580.6799145426880.1570184860910.124155362462-0.208844609463-0.45457280903-0.2584696424170.1315092487020.8704168379060.164224550329-0.01700170445120.73286228091-0.3282011973810.7318767393987.2137902497830.347037272416.283237307
40.1368669573140.1499032612120.01942817931850.4750240571040.5530505656170.947732846262-0.0271488323817-0.009419668210320.0336317097781-0.375548786747-0.04043436195240.0302603008963-0.0567167273334-0.06878395921982.48425079112E-50.2972037982570.00606830454494-0.03604221573280.367423724582-0.01377966381190.4332091152033.35178985655-9.9159653217-9.44160973288
50.9521088127040.2754142221550.1162757705651.18188134444-0.3127477113970.524969590903-0.2133924315590.09045477740080.238583015306-0.5467310363260.2691489827860.217092077333-0.3184410842590.07349255333120.1099043212990.4286302099560.04776558095060.02854862119720.3817061411990.03470503233240.455494481796.926840273642.56884768369-8.51415998571
60.09027190333140.05374082173770.02275897704860.4969367566720.03626070332190.2871084790690.256828326397-0.0121009039687-0.263814753907-0.316627582455-0.3237948888050.388092725132-0.0131489592238-0.4658656985780.0008417339865110.6078311878560.00616656419615-0.03781083755850.449239203815-0.06804291931720.538522707753-6.81901450601-34.9079091699-21.2454595233
70.1830519166760.0471893951787-0.1004711237540.06016008536560.09176420768490.302628242379-0.118019487467-0.1067876958150.146915370113-0.0748287632840.1585764369220.07108640459140.0678489673841-0.128925954984.2875188146E-50.3360363092210.00117056337009-0.0126416959390.462115220219-0.04746339645780.422972377165-1.51522030102-11.8376204135-0.668610449608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 75 through 204 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 205 through 228 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 229 through 254 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 255 through 379 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 380 through 539 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 540 through 582 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 583 through 611 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る