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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xtv | ||||||
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タイトル | FULL-LENGTH LTTR LYSG FROM CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM WITH BOUND EFFECTOR ARG | ||||||
要素 | Lysine export transcriptional regulatory protein LysG | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / LTTR HELIX-TURN-HELIX TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum MB001 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hofmann, E. / Syberg, F. / Schlicker, C. / Eggeling, L. / Schendzielorz, G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Engineering and application of a biosensor with focused ligand specificity. 著者: Della Corte, D. / van Beek, H.L. / Syberg, F. / Schallmey, M. / Tobola, F. / Cormann, K.U. / Schlicker, C. / Baumann, P.T. / Krumbach, K. / Sokolowsky, S. / Morris, C.J. / Grunberger, A. / ...著者: Della Corte, D. / van Beek, H.L. / Syberg, F. / Schallmey, M. / Tobola, F. / Cormann, K.U. / Schlicker, C. / Baumann, P.T. / Krumbach, K. / Sokolowsky, S. / Morris, C.J. / Grunberger, A. / Hofmann, E. / Schroder, G.F. / Marienhagen, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriaty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xtv.cif.gz | 338.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xtv.ent.gz | 274.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xtv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31423.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum MB001 (バクテリア) 遺伝子: lysG, Cgl1263, cg1425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94632 #2: 化合物 | ChemComp-ARG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M SODIUM CHLORIDE; 0.1 M TRIS PH REMARK 280 8.5, 30 %(V/V) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979657 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979657 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→47 Å / Num. obs: 17846 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 86.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1299 / Rpim(I) all: 0.05121 / Rrim(I) all: 0.1399 / Net I/σ(I): 15.77 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.111 Å / Rmerge(I) obs: 1.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 12966 / CC1/2: 0.428 / Rpim(I) all: 0.7546 / Rrim(I) all: 2.084 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6XTU 解像度: 3.3→47 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 92.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47 Å
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拘束条件 |
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