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- PDB-6on1: A resting state structure of L-DOPA dioxygenase from Streptomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6on1
タイトルA resting state structure of L-DOPA dioxygenase from Streptomyces sclerotialus
要素L-DOPA dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / extradiol dioxygenase / vincinal oxygen chelate superfamily.
機能・相同性Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / metal ion binding / : / L-DOPA dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sclerotialus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.982 Å
データ登録者Wang, Y. / Shin, I. / Fu, Y. / Colabroy, K. / Liu, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1808637 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1708237 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108988 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of L-DOPA Dioxygenase fromStreptomyces sclerotialus.
著者: Wang, Y. / Shin, I. / Fu, Y. / Colabroy, K.L. / Liu, A.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-DOPA dioxygenase
B: L-DOPA dioxygenase
C: L-DOPA dioxygenase
D: L-DOPA dioxygenase
E: L-DOPA dioxygenase
F: L-DOPA dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,62813
ポリマ－113,1716
非ポリマー4577
水6,630368
1
A: L-DOPA dioxygenase
B: L-DOPA dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8354
ポリマ－37,7242
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
2
C: L-DOPA dioxygenase
D: L-DOPA dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9585
ポリマ－37,7242
非ポリマー2343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
3
E: L-DOPA dioxygenase
F: L-DOPA dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8354
ポリマ－37,7242
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.977, 45.215, 131.153
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-DOPA dioxygenase


分子量: 18861.846 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sclerotialus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR51*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 16% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 76745 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 510762
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.99-2.026.20.35635090.9720.1470.3860.62991.1
2.02-2.066.40.31236810.980.1280.3380.61292
2.06-2.16.40.31637460.9780.130.3430.73296.5
2.1-2.146.50.26438190.9850.1080.2860.64396.5
2.14-2.196.70.24237770.9870.0990.2620.65697.1
2.19-2.246.60.22139240.9890.0910.240.69299
2.24-2.36.50.21637510.9880.0910.2350.7695.9
2.3-2.366.70.18838350.9910.0780.2030.797.7
2.36-2.4370.15638720.9940.0630.1690.74498.8
2.43-2.517.10.14939550.9930.060.1610.79399.1
2.51-2.670.13138440.9930.0530.1420.81298.9
2.6-2.76.80.12339390.9930.050.1330.89699
2.7-2.826.50.10738170.9940.0450.1160.94795.9
2.82-2.9770.09938540.9940.040.1071.04798.3
2.97-3.1670.09139250.9940.0370.0981.16199.3
3.16-3.46.90.08539560.9950.0350.0921.28599.3
3.4-3.746.50.07938060.9940.0340.0861.45995
3.74-4.296.70.07639030.9940.0320.0831.51198.1
4.29-5.46.10.07637940.9930.0340.0841.60394
5.4-506.50.07440380.9940.0320.0811.52696.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet-substituted

解像度: 1.982→33.325 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1994 2.61 %
Rwork0.2074 74551 -
obs0.2086 76545 96.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.18 Å2 / Biso mean: 46.8572 Å2 / Biso min: 24.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.982→33.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7153 0 14 368 7535
Biso mean--45.26 47.29 -
残基数----866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76910064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5625140
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9823-2.03180.32451270.28684770489787
2.0318-2.08680.30941360.27435111524794
2.0868-2.14820.32581420.24965301544396
2.1482-2.21750.29741430.2335330547398
2.2175-2.29670.28591400.23095274541496
2.2967-2.38870.32271470.23115419556698
2.3887-2.49730.30781450.23125441558699
2.4973-2.62890.28681450.22445422556799
2.6289-2.79360.26791440.22355359550397
2.7936-3.00910.25471440.22055396554097
3.0091-3.31170.26831470.21915482562999
3.3117-3.79040.2341420.1955354549696
3.7904-4.77320.2131440.17255384552896
4.7732-33.32920.2331480.18975508565696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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