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万見
- PDB-6xtt: Solution structure of Legionella pneumophila NttA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xtt
タイトルSolution structure of Legionella pneumophila NttA
要素NttA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Legionella pneumophila / Type II Secretion System / Virulence factor
機能・相同性Novel type two secreted protein A / Novel type two secreted protein A
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Portlock, T.J. / Garnett, J.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council1806169 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: Structure, Dynamics and Cellular Insight Into Novel Substrates of theLegionella pneumophilaType II Secretion System.
著者: Portlock, T.J. / Tyson, J.Y. / Dantu, S.C. / Rehman, S. / White, R.C. / McIntire, I.E. / Sewell, L. / Richardson, K. / Shaw, R. / Pandini, A. / Cianciotto, N.P. / Garnett, J.A.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NttA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3331
ポリマ－13,3331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NttA


分子量: 13333.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3926_06540, C3927_06155, D7214_02725, DI056_01550, DI105_01550, ERS240541_00078, ERS253249_02720, NCTC12000_01505, NCTC12024_01284
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A128USX4, UniProt: Q5ZVQ5*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D CBCA(CO)NH
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D (H)CCH-TOCSY
152isotropic13D CCH-TOCSY
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D 1H-13C NOESY
1102isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NttA, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMNttA[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate Not defined
Label: Condition1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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