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万見
- PDB-6xrw: Chromosomal ParDE TA system from P. aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrw
タイトルChromosomal ParDE TA system from P. aeruginosa
要素
  • Plasmid stabilisation system protein
  • Ribbon-helix-helix protein, CopG family
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin antitoxin system / ParE toxin ParD antitoxin type II TA system / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Ribbon-helix-helix protein, CopG family / Plasmid stabilisation system protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Snead, K.J. / Thomas, L.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P20GM103640 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: ParD Antitoxin Hotspot Alters a Disorder-to-Order Transition upon Binding to Its Cognate ParE Toxin, Lessening Its Interaction Affinity and Increasing Its Protease Degradation Kinetics.
著者: Snead, K.J. / Moore, L.L. / Bourne, C.R.
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmid stabilisation system protein
B: Ribbon-helix-helix protein, CopG family
C: Plasmid stabilisation system protein
D: Ribbon-helix-helix protein, CopG family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,67210
ポリマ－39,7694
非ポリマー9036
水7,548419
1
A: Plasmid stabilisation system protein
B: Ribbon-helix-helix protein, CopG family
ヘテロ分子

A: Plasmid stabilisation system protein
B: Ribbon-helix-helix protein, CopG family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,20712
ポリマ－39,7694
非ポリマー1,4388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area10950 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
2
C: Plasmid stabilisation system protein
D: Ribbon-helix-helix protein, CopG family
ヘテロ分子

C: Plasmid stabilisation system protein
D: Ribbon-helix-helix protein, CopG family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1388
ポリマ－39,7694
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area11170 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.401, 121.323, 58.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-117-

HOH

21D-225-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Plasmid stabilisation system protein / ParE toxin / Plasmid stabilization protein / Plasmid stabilization system protein / RelE/ParE ...ParE toxin / Plasmid stabilization protein / Plasmid stabilization system protein / RelE/ParE family toxin / Type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin


分子量: 10890.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ALP65_02189, C0044_00935, CAZ10_15820, CGU42_21595, DT376_01585, DZ962_27795, ECC04_014080, F3H14_16060, F6X67_25435, F7O92_13145, F8137_22785, FC629_00725, FDK04_00710, FEM29_10625, FZE40_ ...遺伝子: ALP65_02189, C0044_00935, CAZ10_15820, CGU42_21595, DT376_01585, DZ962_27795, ECC04_014080, F3H14_16060, F6X67_25435, F7O92_13145, F8137_22785, FC629_00725, FDK04_00710, FEM29_10625, FZE40_26955, FZE44_21675, FZE49_19155, GEZ68_19720, GNQ12_20765, GNQ27_19805, GNQ36_15570, GNQ40_21605, GNQ44_11770, GNQ48_08755, GNQ66_20720, GRH68_21070, GRH69_08580, IPC36_01505, IPC669_21920, NCTC10662_01006, NCTC11839_02383, NCTC13621_04834, PaeAG1_00136, RW109_RW109_00727
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZG36
#2: タンパク質 Ribbon-helix-helix protein, CopG family / ParD antitoxin / Transcriptional regulator


分子量: 8994.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: DY930_22595, E4V10_10535, F7O96_16600, GNQ12_20760, IPC1509_05415, IPC584_11760, NCTC10299_03548, NCTC12934_01716, PAMH19_0124, PA0125
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069QCW3

-
非ポリマー , 4種, 425分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 mixture of precipitant 7.5% MPD, 20% PEG 6000, 25 mM (NH4)2SO4, 100 mM Tris pH 7.0 with protein solution 10.5 mg/mL ParDE in 25 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl, 2.5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 33497 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.798 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.832.20.27615740.90.2160.3520.51895.3
1.83-1.862.60.27615820.9110.2060.3460.50198.2
1.86-1.92.80.26316310.9350.1870.3240.52699.3
1.9-1.9430.21916070.9470.1470.2650.59299.4
1.94-1.983.40.18616260.9680.1160.220.60499.9
1.98-2.033.80.1616260.9750.0920.1850.76299.9
2.03-2.084.20.14216420.9840.0760.1610.83399.9
2.08-2.134.70.12816270.9890.0640.1440.85299.8
2.13-2.25.20.10616260.9910.0510.1180.86299.8
2.2-2.2760.09916440.9950.0440.1090.82799.9
2.27-2.356.40.08216410.9970.0350.090.708100
2.35-2.446.60.07416540.9970.0310.080.689100
2.44-2.556.70.06416340.9980.0270.0690.665100
2.55-2.696.80.05716410.9990.0240.0620.71100
2.69-2.866.70.04916490.9990.0210.0530.709100
2.86-3.086.60.04416610.9990.0180.0480.724100
3.08-3.396.60.03616720.9990.0150.0390.777100
3.39-3.886.40.03416740.9990.0150.0371.042100
3.88-4.886.20.03517030.9990.0150.0381.232100
4.88-505.30.02817740.9990.0140.0311.06999.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZE

5cze


解像度: 1.77→27.86 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 1999 5.97 %
Rwork0.1775 31498 -
obs0.1799 33497 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.28 Å2 / Biso mean: 24.1216 Å2 / Biso min: 5.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→27.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 61 419 3178
Biso mean--27.29 35.97 -
残基数----339
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.820.35581340.26682107224193
1.82-1.870.25031420.24212238238098
1.87-1.920.31051430.2092261240499
1.92-1.980.25051460.197822972443100
1.98-2.050.24631440.189622662410100
2.05-2.140.24591450.190322962441100
2.14-2.230.23091460.181922982444100
2.23-2.350.2191470.184523072454100
2.35-2.50.21381460.186922792425100
2.5-2.690.261450.186623062451100
2.69-2.960.22251460.18452293243999
2.96-3.390.20881120.16061758187076
3.39-4.270.15851490.14592341249099
4.27-27.860.20691540.162624512605100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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