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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xr0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Melanotransferrin in complex with SC57.32 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL TRANSPORT / Iron-binding / Ab Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / protein metabolic process => GO:0019538 / positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / : / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of plasminogen activation / post-translational protein modification / Post-translational protein phosphorylation / recycling endosome ...: / protein metabolic process => GO:0019538 / positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / : / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of plasminogen activation / post-translational protein modification / Post-translational protein phosphorylation / recycling endosome / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / iron ion transport / エンドソーム / iron ion binding / 小胞体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.064 Å | ||||||
データ登録者 | Hayashi, K. / Longenecker, K.L. / Vivona, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Complex of human Melanotransferrin and SC57.32 Fab fragment reveals novel interdomain arrangement with ferric N-lobe and open C-lobe. 著者: Hayashi, K. / Longenecker, K.L. / Liu, L.Y. / Faust, B. / Prashar, A. / Hampl, J. / Stoll, V. / Vivona, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xr0.cif.gz | 230.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xr0.ent.gz | 180.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xr0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b1xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 M
#3: タンパク質 | 分子量: 80302.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELTF, MAP97, MFI2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08582 |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 23844.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23664.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-糖 , 2種, 3分子
#4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 5種, 54分子
#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#7: 化合物 | ChemComp-NA / |
#8: 化合物 | ChemComp-FE / |
#9: 化合物 | ChemComp-BCT / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6 and 30% PEG300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.06→111.1 Å / Num. obs: 32506 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.064→3.117 Å / Num. unique obs: 1623 / Rpim(I) all: 0.621 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1B1X 解像度: 3.064→111.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.342
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原子変位パラメータ | Biso max: 130.9 Å2 / Biso mean: 71.47 Å2 / Biso min: 28.17 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.064→111.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.064→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0
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