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- PDB-6xr0: Crystal Structure of Human Melanotransferrin in complex with SC57... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xr0
タイトルCrystal Structure of Human Melanotransferrin in complex with SC57.32 Fab
要素
  • Melanotransferrin
  • SC57.32 Fab Heavy Chain
  • SC57.32 Fab Light Chain
キーワードMETAL TRANSPORT / Iron-binding / Ab Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of plasminogen activation / side of membrane / Post-translational protein phosphorylation / recycling endosome / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / iron ion transport / early endosome ...positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of plasminogen activation / side of membrane / Post-translational protein phosphorylation / recycling endosome / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / iron ion transport / early endosome / iron ion binding / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / : / Melanotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.064 Å
データ登録者Hayashi, K. / Longenecker, K.L. / Vivona, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Complex of human Melanotransferrin and SC57.32 Fab fragment reveals novel interdomain arrangement with ferric N-lobe and open C-lobe.
著者: Hayashi, K. / Longenecker, K.L. / Liu, L.Y. / Faust, B. / Prashar, A. / Hampl, J. / Stoll, V. / Vivona, S.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: SC57.32 Fab Heavy Chain
L: SC57.32 Fab Light Chain
M: Melanotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,04610
ポリマ－127,8123
非ポリマー1,2347
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area46980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.829, 136.910, 111.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 M

#3: タンパク質 Melanotransferrin / Melanoma-associated antigen p97


分子量: 80302.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELTF, MAP97, MFI2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08582

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 SC57.32 Fab Heavy Chain


分子量: 23844.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 SC57.32 Fab Light Chain


分子量: 23664.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 54分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6 and 30% PEG300

-
データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→111.1 Å / Num. obs: 32506 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.064→3.117 Å / Num. unique obs: 1623 / Rpim(I) all: 0.621

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B1X

1b1x


解像度: 3.064→111.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.342
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 1728 5.32 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
obs0.2033 32506 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.9 Å2 / Biso mean: 71.47 Å2 / Biso min: 28.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.663 Å20 Å2-12.3373 Å2
2---18.7958 Å20 Å2
3---1.1327 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.064→111.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8545 0 77 50 8672
Biso mean--67.2 48.88 -
残基数----1112
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3005SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1523HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8873HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1157SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6947SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8873HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12074HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.63
LS精密化 シェル解像度: 3.064→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 23 3.53 %
Rwork0.296 628 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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