PDB-6xqx: Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xqx

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neisseria gonorrhoeae with the H514A mutation at pH 7.5

要素

Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

キーワード

HYDROLASE / PBP2 / beta-lactam / antibiotic target

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Fenton, B.A. / Zhou, P. / Davies, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mutations in PBP2 from ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae alter the dynamics of the beta 3-beta 4 loop to favor a low-affinity drug-binding state.
著者: Fenton, B.A. / Tomberg, J. / Sciandra, C.A. / Nicholas, R.A. / Davies, C. / Zhou, P.

履歴

登録	2020年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xqx.cif.gz	311.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xqx.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xqx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xqx_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xqx_full_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示
XML形式データ	6xqx_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	6xqx_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xqvC 6xqyC 6xqzC 6p53S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p56-1 6p52-1 6xqv-1 6xqz-1 6p53-1 6vbd-d 6vbm-1 6p55-2 4ob7-d 6vbl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

B: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.520, 77.310, 88.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.623, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	237 - 282	3 - 48
1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	296 - 304	49 - 57
1	3	ILE	ILE	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	306 - 344	59 - 97
1	4	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	346 - 361	99 - 114
1	5	SER	SER	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	363 - 383	116 - 136
1	6	GLU	GLU	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	385 - 489	138 - 242
1	7	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	491 - 503	244 - 256
1	8	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	505	258
1	9	TYR	TYR	THR	THR	(chain 'A' and (resid 237 through 304 or resid 306...	A	A	509 - 573	262 - 326
2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	237 - 282	3 - 48
2	2	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	296 - 304	49 - 57
2	3	ILE	ILE	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	306 - 344	59 - 97
2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	346 - 361	99 - 114
2	5	SER	SER	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	363 - 383	116 - 136
2	6	GLU	GLU	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	385 - 489	138 - 242
2	7	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	491 - 503	244 - 256
2	8	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	505	258
2	9	TYR	TYR	THR	THR	(chain 'B' and (resid 237 through 304 or resid 306...	B	B	509 - 573	262 - 326

#1: タンパク質	Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2 分子量: 35217.219 Da / 分子数: 2 / 変異: S310A, H514A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: penA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG 1500, 0.062 M Tris pH 7.5, 50 mM KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→44.5 Å / Num. obs: 31251 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 44.91 Å² / R_rim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 7.07
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique obs: 3231 / R_rim(I) all: 0.389 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	1.17.1_3660	位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P53

6p53

解像度: 2.15→44.5 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 29.4905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	1559	5 %
R_work	0.2158	29644	-
obs	0.2172	31203	95.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4904	0	25	70	4999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	5077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6138	6880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0434	769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0866	1879

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.22	0.3164	145	0.2925	2780	X-RAY DIFFRACTION	97.86
2.22-2.3	0.3194	143	0.2712	2698	X-RAY DIFFRACTION	97.6
2.3-2.39	0.3354	140	0.2731	2658	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.39-2.5	0.2886	145	0.2673	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5-2.63	0.3207	143	0.2566	2776	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.63-2.8	0.2863	145	0.2709	2737	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.8-3.01	0.3206	143	0.2552	2712	X-RAY DIFFRACTION	96.88
3.01-3.32	0.2664	141	0.2545	2674	X-RAY DIFFRACTION	95.33
3.32-3.79	0.2554	133	0.2243	2530	X-RAY DIFFRACTION	89.6
3.79-4.78	0.1917	141	0.1783	2687	X-RAY DIFFRACTION	94.39
4.78-44.5	0.1862	140	0.1635	2640	X-RAY DIFFRACTION	91.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.15779996903	0.604105719813	0.0709255579592	0.465326077427	-0.165527400475	0.705032227459	0.333236694213	-0.539602997222	0.00876025940645	1.36128524779	-0.360604711283	-0.291086582583	-0.508134520685	-0.104977287314	0.00312719211721	0.996541984777	-0.172547271597	-0.183067592787	0.544120983314	0.0606192032024	0.400309339146	-9.27035888983	-23.6325277402	5.37273695415
2	0.975631913642	1.0518449077	0.193774061115	3.14957712643	0.503467660007	1.84939283157	0.0602637865177	0.00398056145744	0.0257699111696	0.38246911321	-0.0286373895965	0.100848998866	0.0904033161959	0.0230381126254	0.000322970416573	0.426374108047	0.0163874797354	0.000452594751289	0.332594674035	-0.00463958538472	0.319482086123	-19.2114800527	-25.4740923317	-14.8195519858
3	1.63183574021	1.40007827463	0.208169172777	1.7474430984	-0.571916080479	1.2022096326	0.336514889281	-0.243399719878	-0.167463673562	1.12011868616	-0.334089392299	0.300515400762	-0.119015845812	-0.0206499046758	0.00381318690636	0.870284601881	-0.0913970561956	0.123656579914	0.402882863779	-0.00530691729042	0.444654689952	-22.442375733	-27.3724436633	1.58439141469
4	0.564313944252	-0.548818008582	-0.148965723741	0.631078291855	0.431848447426	0.855087584818	0.200193157188	0.0325866084301	-0.072823156836	-0.597912411686	-0.281875926846	-0.230960919409	0.127223022674	0.242667101717	-0.000433411010342	0.67337712815	0.066143272658	0.135745719959	0.644809684852	0.0827086828104	0.43794080652	-0.305585237205	-14.5272267129	-50.4798749714
5	1.55210984443	0.880771290669	-0.381978432909	1.84577009167	-0.706287222708	2.39987853626	0.0686508497696	-0.110831872034	0.132064749232	0.0672361156081	-0.017106974144	-0.130931275661	-0.188052610584	0.36775210199	-0.000113812081698	0.322089820545	-0.0720112324408	-0.0175808869155	0.453214615465	-0.0140425003507	0.397704673599	-6.12852653338	-3.83907095217	-29.0808862974
6	0.47937637405	0.199994643711	0.0245570028601	0.236794412171	-0.192503369057	0.264619502232	0.0656431047017	0.740594101954	-0.0116651033333	-0.323626437269	-0.129807613065	0.0107827211035	0.575468902364	-0.633581034863	0.00077185970224	0.563890698061	-0.0651397460295	-0.0139804922492	0.495814630728	-0.0414568805918	0.333356258331	-16.987834417	-19.2326951023	-38.2442935385
7	0.729913010438	0.220236310041	-0.578440724069	2.24448361292	0.133341713604	1.34078711437	0.0492880245537	0.249319086047	0.287814202645	-0.36334515541	-0.0285316678	-0.0741067960956	-0.0105494640424	0.184171355793	-0.000832151935845	0.381809280739	-0.0239972184141	0.0317214078621	0.454171183145	0.0925380682235	0.392108193972	-5.55263250164	-3.89547325362	-41.7029772033
8	0.308890617636	-0.280771773079	-0.132724538035	0.943541267857	-0.329100265859	0.338303122974	0.13748834638	-0.0932971076666	0.544136368561	-0.488360866508	-0.0894757046364	-0.207774037206	-0.155419224196	0.091706558159	3.15352265458E-5	0.55839323876	-0.0240622450292	0.0668499271535	0.61407780532	0.0697964454199	0.552355074568	-3.91919700593	-3.43951626675	-52.6808650034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 236 through 308 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 309 through 463 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 464 through 573 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 237 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 282 through 439 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 440 through 463 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 464 through 536 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 537 through 574 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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