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- PDB-6xqv: Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqv
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neisseria gonorrhoeae in a pre-acylation complex with ceftriaxone
要素Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
キーワードHYDROLASE / PBP2 / beta-lactam / antibiotic target / ceftriaxone
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftriaxone / Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Fenton, B.A. / Zhou, P. / Davies, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066861 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mutations in PBP2 from ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae alter the dynamics of the beta 3-beta 4 loop to favor a low-affinity drug-binding state.
著者: Fenton, B.A. / Tomberg, J. / Sciandra, C.A. / Nicholas, R.A. / Davies, C. / Zhou, P.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
B: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5569
ポリマ－70,5692
非ポリマー1,9877
水4,143230
1
A: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0665
ポリマ－35,2841
非ポリマー7824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4904
ポリマ－35,2841
非ポリマー1,2053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.600, 77.990, 87.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.109, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2


分子量: 35284.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: penA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-9F2 / Ceftriaxone


分子量: 554.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N8O7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG 3350, 0.075 M potassium sulfate, 12.5 mM Tris (pH 7.5), 50 mM KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→43.84 Å / Num. obs: 35913 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27.58 Å2 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 3586 / Rrim(I) all: 0.609 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P53

6p53


解像度: 2.05→43.84 Å / SU ML: 0.1811 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.6876
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 1795 5 %
Rwork0.1683 34117 -
obs0.17 35912 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 124 230 5322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00455322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96147253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.55492092
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.110.26051370.22212610X-RAY DIFFRACTION99.38
2.11-2.170.26051380.21322607X-RAY DIFFRACTION99.78
2.17-2.240.22021380.1952624X-RAY DIFFRACTION99.6
2.24-2.320.25451360.19272580X-RAY DIFFRACTION99.45
2.32-2.410.23981370.18192621X-RAY DIFFRACTION99.35
2.41-2.520.23131400.17342653X-RAY DIFFRACTION99.82
2.52-2.650.221370.17442599X-RAY DIFFRACTION99.71
2.65-2.820.23021390.17222637X-RAY DIFFRACTION99.75
2.82-3.040.19991380.17122619X-RAY DIFFRACTION99.67
3.04-3.340.20871380.17162618X-RAY DIFFRACTION99.57
3.34-3.820.19111370.15672629X-RAY DIFFRACTION98.93
3.83-4.820.17381400.14212661X-RAY DIFFRACTION99.93
4.82-43.840.16381400.16092659X-RAY DIFFRACTION98.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.357122236590.160194859504-0.03496041744130.644016591137-0.1067996822170.9262709924210.285095279283-0.5170779108170.01264912880240.522016664062-0.4417976201990.290075224810.150447985681-0.1517455640280.5270775048370.197244951849-0.06776168419050.09558050507280.330075631375-0.08220902899870.203088458723-12.515879126524.24425987387.13313070302
20.3796748409480.4533906260820.1711031546550.543037023992-0.2231657931961.080396047350.00767239688836-0.07398809199590.128511948841-0.106091608906-0.03901440080.108200797729-0.2064784758040.0265484507945-0.01837450596810.195575833357-0.02378790897210.002052767465010.127397600452-0.006752276087170.1968847456440.47289473854233.3908075344-13.2176143311
30.377037406844-0.306033415111-0.3442112368110.559462538584-0.02577066984230.902722155276-0.09007380810560.136003831554-0.00156966472704-0.1324224762910.1182618994050.0893842168227-0.0615380750899-0.04698608539286.75383236711E-50.185686929714-0.0186924109203-0.003299279327950.1565039988350.007769392064610.16428927262-4.793088641426.0337214246-15.7212540684
40.108589050080.142615535959-0.03668171353320.0774628234910.01649656318790.0758153259193-0.07388933669020.1940451598510.2881232728870.173373418117-0.311478912264-0.0515106001459-0.007040202628710.0856106559269-0.0001654029452990.3731619133240.0180687560224-0.06221448644660.26275799424-0.01170130858020.346761774658-7.3417959490132.1131492657-25.106773988
51.048728724310.319788866411-0.3460012186950.900626980180.09143256433971.01978876720.0234998827684-0.133973566078-0.05206862853030.0728120776614-0.0716748964111-0.0739664132790.04849290432080.0538225230255-0.0005547084555910.128761054253-0.00721571370565-0.02127630628350.1457671426290.004628196021880.174196521722-0.17349373299319.859417687-4.80686802087
61.741146364890.559071869749-0.6101997532090.7424944820780.8160953711691.113285047130.169117667466-0.09068198401480.1826609683680.00891290113531-0.1689211367090.177262515283-0.141189076729-0.0906764152393-0.02836794731090.165769514115-0.0003806406495260.01294058439390.18742305483-0.05692321755850.200440933307-7.0535598677434.6712415-2.9173793558
70.8157390600680.0403483719995-0.3665742538580.4000722488160.01699237489490.179595136470.0427119697817-0.7221871077440.1372255438980.294855033975-0.0912169843029-0.2582791346310.0149746288790.0279303797636-0.002535562415470.260266978352-0.0945811528988-0.02160089482180.374475743342-0.00177352757930.1869589694790.53089283734825.103879602911.0076425041
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 235 through 294 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 295 through 354 )
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 545 through 574 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 235 through 294 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 295 through 344 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 345 through 405 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 406 through 494 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 495 through 574 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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