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Yorodumi- PDB-6xqv: Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neis... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xqv | ||||||
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Title | Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neisseria gonorrhoeae in a pre-acylation complex with ceftriaxone | ||||||
Components | Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PBP2 / beta-lactam / antibiotic target / ceftriaxone | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Fenton, B.A. / Zhou, P. / Davies, C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Mutations in PBP2 from ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae alter the dynamics of the beta 3-beta 4 loop to favor a low-affinity drug-binding state. Authors: Fenton, B.A. / Tomberg, J. / Sciandra, C.A. / Nicholas, R.A. / Davies, C. / Zhou, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xqv.cif.gz | 324.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xqv.ent.gz | 218.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xqv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6xqxC 6xqyC 6xqzC 6p53S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35284.285 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae (bacteria) / Gene: penA / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 11% PEG 3350, 0.075 M potassium sulfate, 12.5 mM Tris (pH 7.5), 50 mM KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→43.84 Å / Num. obs: 35913 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27.58 Å2 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 3586 / Rrim(I) all: 0.609 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6P53 Resolution: 2.05→43.84 Å / SU ML: 0.1811 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 20.6876 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→43.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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