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- PDB-6xqm: Crystal structure of SCLam E144S mutant, a non-specific endo-beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqm
タイトルCrystal structure of SCLam E144S mutant, a non-specific endo-beta-1,3(4)-glucanase from family GH16, co-crystallized with laminarihexaose, presenting a laminaribiose and a glucose at active site
要素GH16 family protein
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / transglycosylation / endo-1 / 3(4)-beta-glucanases / metagenome
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / PHOSPHATE ION / GH16 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liberato, M.V. / Squina, F.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04105-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/50590-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)310177/2011-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Insights into the dual cleavage activity of the GH16 laminarinase enzyme class on beta-1,3 and beta-1,4 glycosidic bonds.
著者: Liberato, M.V. / Teixeira Prates, E. / Goncalves, T.A. / Bernardes, A. / Vilela, N. / Fattori, J. / Ematsu, G.C. / Chinaglia, M. / Machi Gomes, E.R. / Migliorini Figueira, A.C. / Damasio, A. ...著者: Liberato, M.V. / Teixeira Prates, E. / Goncalves, T.A. / Bernardes, A. / Vilela, N. / Fattori, J. / Ematsu, G.C. / Chinaglia, M. / Machi Gomes, E.R. / Migliorini Figueira, A.C. / Damasio, A. / Polikarpov, I. / Skaf, M.S. / Squina, F.M.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH16 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9465
ポリマ－30,2891
非ポリマー6584
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.170, 75.610, 83.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GH16 family protein


分子量: 30288.746 Da / 分子数: 1 / 変異: E144S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: sclam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B5H9B3, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 291分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 27.5 % PEG4000, 0.2 M magnesium chloride, and 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.74 Å / Num. obs: 22433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 255230 / Scaling rejects: 11353
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.899.61.361302613570.7810.4531.4371.399.4
9.06-41.749.50.05523122430.9990.0180.05819.399.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.11 Å36.2 Å
Translation6.11 Å36.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XOF

6xof


解像度: 1.85→36.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.94 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.1491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 1061 4.7 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1759 21312 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.78 Å2 / Biso mean: 24.389 Å2 / Biso min: 13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 41 289 2396
Biso mean--23.93 38.05 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9111.6683006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5091.5974341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9295287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80422.605119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65815.091328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02486
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 71 -
Rwork0.327 1548 -
all-1619 -
obs--99.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.394 Å / Origin y: -0.813 Å / Origin z: 92.159 Å
111213212223313233
T0.0821 Å2-0.0148 Å2-0.0132 Å2-0.007 Å2-0.0147 Å2--0.106 Å2
L1.2055 °2-0.0373 °2-0.0364 °2-1.7694 °2-0.7912 °2--2.7144 °2
S-0.066 Å °0.0417 Å °-0.0719 Å °0.046 Å °0.0471 Å °-0.1041 Å °-0.1037 Å °0.0242 Å °0.0188 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 266
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 305
3X-RAY DIFFRACTION1A401 - 689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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