+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xpm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus with microfluidics crystals at room temperature | ||||||
![]() | Lysophospholipase L1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Sialate O-acetylesterase / alpha-beta fold / microfluidics / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG | ||||||
機能・相同性 | : / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / SGNH/GDSL hydrolase family protein / Sialate O-acetylesterase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Johnson, J. / Welk, L. / Endres, M. / Levens, A. / Sherrell, D.A. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus with microfluidics crystals at room temperature 著者: Kim, Y. / Johnson, J. / Welk, L. / Endres, M. / Levens, A. / Sherrell, D.A. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 72.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 410 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 409.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6njcS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22970.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DW857_02595, DW869_04095, DWX04_04065, DWZ06_04430, DXA04_10705, EAJ12_11850, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, SAMN04487923_100221 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A174J845, UniProt: A6L7S9*PLUS, 加水分解酵素 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: microfluidic / pH: 4.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.5, 2.5 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14414 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 54.72 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 29.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 620 / CC1/2: 0.461 / % possible all: 84.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 6NJC 解像度: 2.3→33.59 Å / SU ML: 0.1833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8964 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.59 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|