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- PDB-6xp6: 3C11-DQ2-glia-a2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xp6
タイトル3C11-DQ2-glia-a2 complex
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • 3.C11 IgH Fab
  • 3.C11 IgK Fab
  • DQ2-glia-a2 peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex Antibody Human Leucocyte Antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / MHC class II HLA-DQ-alpha chain / MHC class II HLA-DQ-beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2021
タイトル: A high-affinity human TCR-like antibody detects celiac disease gluten peptide-MHC complexes and inhibits T cell activation.
著者: Frick, R. / Hoydahl, L.S. / Petersen, J. / du Pre, M.F. / Kumari, S. / Berntsen, G. / Dewan, A.E. / Jeliazkov, J.R. / Gunnarsen, K.S. / Frigstad, T. / Vik, E.S. / Llerena, C. / Lundin, K.E.A. ...著者: Frick, R. / Hoydahl, L.S. / Petersen, J. / du Pre, M.F. / Kumari, S. / Berntsen, G. / Dewan, A.E. / Jeliazkov, J.R. / Gunnarsen, K.S. / Frigstad, T. / Vik, E.S. / Llerena, C. / Lundin, K.E.A. / Yaqub, S. / Jahnsen, J. / Gray, J.J. / Rossjohn, J. / Sollid, L.M. / Sandlie, I. / Loset, G.A.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
D: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
E: MHC class II HLA-DQ-beta-1
H: 3.C11 IgH Fab
J: 3.C11 IgH Fab
G: 3.C11 IgK Fab
I: 3.C11 IgK Fab
C: DQ2-glia-a2 peptide
F: DQ2-glia-a2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,97532
ポリマ－188,66610
非ポリマー4,30922
水14,682815
1
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
H: 3.C11 IgH Fab
G: 3.C11 IgK Fab
C: DQ2-glia-a2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,70918
ポリマ－94,3335
非ポリマー2,37613
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
E: MHC class II HLA-DQ-beta-1
J: 3.C11 IgH Fab
I: 3.C11 IgK Fab
F: DQ2-glia-a2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,26714
ポリマ－94,3335
非ポリマー1,9339
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.847, 143.047, 170.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21517.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19705
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1


分子量: 23374.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19712

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#5: タンパク質・ペプチド DQ2-glia-a2 peptide


分子量: 2438.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
抗体 , 2種, 4分子 HJGI

#3: 抗体 3.C11 IgH Fab


分子量: 23575.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 3.C11 IgK Fab


分子量: 23426.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 4種, 6分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1203.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-3-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 831分子

#10: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#11: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 4000 20% 2-propanol 0.1M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.03 Å / Num. obs: 88213 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.07157 / Net I/σ(I): 8.78
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 8724 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.5562

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jo4, 6mfg

5jo4

6mfg


解像度: 2.4→47.03 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1831 2.08 %
Rwork0.1762 --
obs0.177 88192 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12511 0 281 815 13607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83117946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1844840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.31041420.27466571X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.540.27481470.24716559X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.620.31341560.24176561X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.710.30951320.23146560X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.820.25831270.22466578X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.950.26321430.21786602X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.110.26511470.19726593X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.30.221310.18086629X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.550.18771470.16956623X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.910.19821500.15286635X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.480.15271460.13066718X-RAY DIFFRACTION100
4.48-5.640.14231120.1326750X-RAY DIFFRACTION100
5.64-47.030.20751510.17736982X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2485-1.450.59084.2459-1.36254.6077-0.1054-0.02770.09720.24280.0152-0.2618-0.2970.15250.12420.3605-0.0845-0.0320.2292-0.04550.2878-0.2655-27.1895-13.5919
27.1483-6.34684.50848.9319-7.07527.6980.2385-0.243-0.43930.14820.22711.16890.1642-0.2648-0.51090.373-0.05290.02890.2427-0.00630.4084-13.0603-29.8807-14.6139
31.8287-0.1810.32284.28021.08132.1708-0.0966-0.07740.09070.67370.2247-0.61390.37930.4359-0.16130.48430.0359-0.14180.3636-0.07370.36639.1671-36.2293-5.6852
44.3976-4.5886-1.34026.97641.78942.59320.0983-0.24190.09220.37060.1703-0.13070.0240.0454-0.2450.4223-0.0795-0.00550.2676-0.04580.2422-5.3518-10.5413-1.0991
53.5529-3.5834-2.21725.51.54942.4672-0.0968-0.23270.22290.37840.3748-0.37340.07870.0328-0.2980.3638-0.0288-0.0010.2829-0.04940.2573-3.3121-12.7925-2.5299
63.96060.4565-0.31132.05083.10424.9645-0.8667-0.50891.12931.5170.7959-1.6005-0.45760.47880.16790.5529-0.0566-0.08890.3883-0.15340.45281.9744-8.55434.6392
71.431-1.4583-0.15014.01960.67481.47350.130.0823-0.1302-0.16790.0663-0.29450.03620.2293-0.19930.3029-0.06090.02220.3018-0.05950.31086.9297-31.5146-21.761
83.66670.960.63998.98830.04843.1530.01890.03370.3912-0.2958-0.03970.1195-0.3869-0.06640.020.3924-0.02760.06580.2823-0.02260.2296-4.46884.9557-20.8388
92.21831.60071.78484.55551.67783.4546-0.0420.0766-0.1417-0.05650.1244-0.33020.1850.1562-0.09890.3040.0229-0.02320.21070.00990.258720.360838.0112-22.5186
109.19342.6378-6.95232.4879-2.22695.33440.5386-0.33090.28570.2719-0.10730.115-1.06430.1123-0.43130.32490.0221-0.04340.22270.00850.249716.002450.7458-11.8709
111.6857-1.9819-0.63056.94332.37583.5969-0.0722-0.0907-0.36110.56370.02210.3270.38890.18970.07940.32730.0166-0.01340.30190.06720.249320.985321.9393-10.9849
124.1154-1.6856-1.38944.20011.34623.4337-0.2521-0.3966-0.24280.79920.3688-0.32330.44260.4646-0.11950.5309-0.01-0.05780.28530.04390.388325.76222.2759-8.4387
131.5154-1.2411-0.34123.86090.25421.14610.10570.0593-0.0708-0.1519-0.06210.3593-0.1306-0.1926-0.0190.2238-0.0368-0.01250.26230.02450.2886.626342.37-22.2257
143.91652.535-0.8658.6830.0352.3785-0.1213-0.0357-0.42350.0575-0.0837-0.11860.5059-0.06590.17590.32550.01080.02380.2263-0.00280.187114.4077.7943-24.9728
154.8617-0.51990.65746.4909-1.15011.304-0.10170.0401-0.8521-0.18790.1120.35741.00230.4295-0.03850.74230.08670.08810.3112-0.0610.424515.47370.0128-31.877
169.52725.01370.00257.50430.29620.7895-0.1315-0.6569-0.92860.8203-0.1142-0.20710.64860.19490.25640.6960.0464-0.0040.32410.04120.2586-8.3436-66.6795-5.3547
175.19553.7034-5.68443.5822-5.32678.0340.5401-0.7441-0.25071.1189-0.6071-0.4127-0.46720.38280.0180.63830.0432-0.07390.3784-0.00080.44152.9325-56.0937-7.8774
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285.85896.98415.42488.33076.42285.02740.02160.5225-0.9964-0.05480.4428-0.71580.7081-0.1873-0.46550.4079-0.05520.00130.4218-0.06920.3997-17.294-74.4925-39.3283
298.73592.5261-3.8265.7351-1.04855.59380.1678-0.00820.29370.1869-0.05690.5697-0.1591-0.7139-0.13260.3258-0.0455-0.01120.39820.00610.3083-32.0348-82.7794-24.8195
304.99573.2391-3.76584.2623-2.7675.9824-0.06270.74250.4487-0.16850.50970.6287-0.0514-0.8603-0.44410.3377-0.02560.00920.40670.09250.4107-32.4123-82.9797-28.1596
312.803-1.46240.31554.4071-0.6263.5430.08220.2558-0.0621-0.4161-0.0926-0.04-0.0050.0780.01080.2806-0.0202-0.02270.2132-0.02670.186816.301765.891-38.3021
325.0984.3069-1.46634.8494-0.29298.1624-1.00761.63840.9267-0.8321.09080.4263-1.481-0.1118-0.09910.7139-0.0808-0.06250.76330.17990.462319.211382.6202-51.874
332.29030.0574-1.09283.7569-1.76933.99590.08090.5593-0.1976-0.108-0.3355-0.8043-0.28530.75510.28680.6101-0.07220.07610.70770.09610.691340.911487.4127-49.2073
344.99182.07680.11194.9465-2.09684.0146-0.08341.2886-0.9496-0.43540.0587-0.6932-0.080.72640.06560.5108-0.01720.07990.8196-0.04080.630239.085287.3415-51.8881
359.1426-8.44521.25598.9947-2.81222.4036-0.40460.4077-0.14320.2850.1804-0.0808-0.54560.4840.26190.407-0.0839-0.05280.3461-0.08040.35212.8745-39.2568-18.1341
368.333-4.7216-5.95965.90264.46874.59950.20180.77930.2009-0.3035-0.0991-0.02720.3119-0.9336-0.31570.4531-0.0475-0.00840.30060.05690.252212.544249.7672-21.6984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 134 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 135 through 166 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 167 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 98 through 190 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 0 through 55 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 56 through 76 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 77 through 110 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 111 through 181 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 3 through 97 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 98 through 162 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 163 through 190 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 2 through 18 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 19 through 37 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 38 through 99 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 100 through 150 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 151 through 173 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 174 through 229 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'J' and (resid 2 through 18 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'J' and (resid 19 through 122 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'J' and (resid 123 through 191 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 192 through 229 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 1 through 18 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 19 through 118 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 119 through 129 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 130 through 179 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 180 through 228 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resid 1 through 118 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resid 119 through 129 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 130 through 179 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 180 through 228 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 1 through 13 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る