+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xp6 | ||||||
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Title | 3C11-DQ2-glia-a2 complex | ||||||
Components |
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Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex Antibody Human Leucocyte Antigen | ||||||
Function / homology | Function and homology information antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Triticum aestivum (bread wheat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Petersen, J. / Rossjohn, J. | ||||||
Citation | Journal: Sci Immunol / Year: 2021 Title: A high-affinity human TCR-like antibody detects celiac disease gluten peptide-MHC complexes and inhibits T cell activation. Authors: Frick, R. / Hoydahl, L.S. / Petersen, J. / du Pre, M.F. / Kumari, S. / Berntsen, G. / Dewan, A.E. / Jeliazkov, J.R. / Gunnarsen, K.S. / Frigstad, T. / Vik, E.S. / Llerena, C. / Lundin, K.E.A. ...Authors: Frick, R. / Hoydahl, L.S. / Petersen, J. / du Pre, M.F. / Kumari, S. / Berntsen, G. / Dewan, A.E. / Jeliazkov, J.R. / Gunnarsen, K.S. / Frigstad, T. / Vik, E.S. / Llerena, C. / Lundin, K.E.A. / Yaqub, S. / Jahnsen, J. / Gray, J.J. / Rossjohn, J. / Sollid, L.M. / Sandlie, I. / Loset, G.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xp6.cif.gz | 675.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xp6.ent.gz | 554.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xp6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xp6_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xp6_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6xp6_validation.xml.gz | 65.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6xp6_validation.cif.gz | 94.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xp6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-MHC class II HLA-DQ- ... , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | Mass: 21517.906 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DQA1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O19705 #2: Protein | Mass: 23374.184 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DQB1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O19712 |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules CF
#5: Protein/peptide | Mass: 2438.587 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Triticum aestivum (bread wheat) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HJGI
#3: Antibody | Mass: 23575.543 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #4: Antibody | Mass: 23426.912 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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-Sugars , 4 types, 6 molecules
#6: Polysaccharide | #7: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Non-polymers , 3 types, 831 molecules
#10: Chemical | ChemComp-IPA / #11: Chemical | ChemComp-CL / #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 10% PEG 4000 20% 2-propanol 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95372 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→47.03 Å / Num. obs: 88213 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.07157 / Net I/σ(I): 8.78 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 8724 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.5562 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5jo4, 6mfg Resolution: 2.4→47.03 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→47.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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