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- PDB-6xod: Crystal structure of the PEX4-PEX22 protein complex from Arabidop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xod
タイトルCrystal structure of the PEX4-PEX22 protein complex from Arabidopsis thaliana
要素
  • Peroxisome biogenesis protein 22
  • Protein PEROXIN-4
キーワードLIGASE/TRANSPORT PROTEIN / peroxin / E2 / ubiquitin-conjugating enzyme / LIGASE / TRANSFERASE / LIGASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into peroxisome matrix / peroxisome organization / peroxisomal membrane / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / fatty acid beta-oxidation / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein transport / membrane => GO:0016020 ...protein import into peroxisome matrix / peroxisome organization / peroxisomal membrane / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / fatty acid beta-oxidation / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein transport / membrane => GO:0016020 / protein ubiquitination / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome biogenesis protein 22 / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PEROXIN-4 / Peroxisome biogenesis protein 22
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Olmos Jr., J.L. / Bradford, S.E. / Miller, M.D. / Xu, W. / Wright, Z.J. / Bartel, B. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130338 米国
Robert A. Welch FoundationC1309 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFP 1450681 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115261 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA217255 米国
引用ジャーナル: Front Cell Dev Biol / 年: 2022
タイトル: The Structure of the Arabidopsis PEX4-PEX22 Peroxin Complex-Insights Into Ubiquitination at the Peroxisomal Membrane
著者: Traver, M.S. / Bradford, S.E. / Olmos, J.L. / Wright, Z.J. / Miller, M.D. / Xu, W. / Phillips, G.N. / Bartel, B.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年3月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_details / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / 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解説: Sequence discrepancy / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PEROXIN-4
B: Peroxisome biogenesis protein 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2232
ポリマ－38,2232
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration supports the assignment of a heterodimer between PEX4 and the soluble domain of PEX22
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.389, 100.484, 112.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

HOH

21B-352-

HOH

31B-368-

HOH

41B-373-

HOH

51B-377-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein PEROXIN-4 / AtPEX4 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 21 / Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 21 / ...AtPEX4 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 21 / Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 21 / Ubiquitin carrier protein 21


分子量: 18546.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PEX4, UBC21, At5g25760, F18A17.10
プラスミド: pET-6XHIS-MBP-LIC-cloning-PEX4-PEX22-XLlinker
詳細 (発現宿主): expressed as a chimera with MBP and PEX22 and was cleaved with TEV and Precission Proteases to form the final products
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8LGF7, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質 Peroxisome biogenesis protein 22 / Peroxin-22 / AtPEX22


分子量: 19676.396 Da / 分子数: 1 / Fragment: Cytosolic domain, residues 111-283 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PEX22, At3g21865, MSD21.24
プラスミド: pET-6XHIS-MBP-LIC-cloning-PEX4-PEX22-XLlinker
詳細 (発現宿主): expressed as a chimera with MBP and PEX4 and was cleaved with TEV and Precission Proteases to form the final products
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LSX7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The construct was expressed as a fusion with an N-terminal TEV-cleavable 6-His MBP tag, the PEX 4 ...The construct was expressed as a fusion with an N-terminal TEV-cleavable 6-His MBP tag, the PEX 4 (residues 1-157), a linker containing a precision protease site (LEVLFQ/GP) and cytosolic domain of PEX 22 (residues 111-283 - lacking the predicted N-terminal luminal tail, transmembrane domain and unstructured tether). After purification, the N-terminal tag was removed with TEV-protease and the linker between PEX-4 and PEX-22 was cleaved with PreScission protease leaving the PEX-4 with an S remaining at the N-terminus after cleavage with TEV-protease and LEVLFQ from the linker at the C-terminus after cleavage with precision protease. The PEX-22(111-283) construct retains GP from the linker at its N-termius after cleavage.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM NaCl, 100 mM Bis-Tris Propane, 25% (w/v) PEG 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.008→56.046 Å / Num. obs: 22014 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.008-2.04261.5591.110790.4640.6961.711100
5.448-56.0466.10.05627.712010.9980.0250.06299.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NKZ

5nkz


解像度: 2.01→49.83 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 1104 5.02 %
Rwork0.1936 20901 -
obs0.1958 22005 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 273 Å2 / Biso mean: 61.9435 Å2 / Biso min: 26.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→49.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 0 131 2675
Biso mean---54.98 -
残基数----320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00272620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56523557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.072990
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.01-2.10.32051130.278525822695
2.1-2.210.28151410.251125912732
2.21-2.350.28831420.238125492691
2.35-2.530.2641390.242225922731
2.53-2.780.24741370.213225972734
2.78-3.190.27671720.206225832755
3.19-4.010.24111210.17626512772
4.01-49.830.18951390.168827562895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04670.16710.15311.1245-0.43021.91370.0070.12080.10970.02340.001-0.0694-0.03390.29320.01770.3366-0.01250.0050.37980.00720.385414.78433.103330.312
23.332.2096-0.91172.659-0.43641.63120.1317-0.2404-0.00460.0555-0.16460.21030.1592-0.14050.05230.4274-0.0085-0.02910.37130.03080.3676-8.8029-17.820347.7922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'B' AND RESID 118 THROUGH 283)B0
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'A' AND RESID 1 THROUGH 154)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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