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- PDB-6xkp: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xkp
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CV07-270
要素
  • CV07-270 Heavy Chain
  • CV07-270 Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Antibody / Spike / Coronavirus / COVID-19 / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Liu, H. / Yuan, M. / Zhu, X. / Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI139445 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: A Therapeutic Non-self-reactive SARS-CoV-2 Antibody Protects from Lung Pathology in a COVID-19 Hamster Model.
著者: Kreye, J. / Reincke, S.M. / Kornau, H.C. / Sanchez-Sendin, E. / Corman, V.M. / Liu, H. / Yuan, M. / Wu, N.C. / Zhu, X. / Lee, C.D. / Trimpert, J. / Holtje, M. / Dietert, K. / Stoffler, L. / ...著者: Kreye, J. / Reincke, S.M. / Kornau, H.C. / Sanchez-Sendin, E. / Corman, V.M. / Liu, H. / Yuan, M. / Wu, N.C. / Zhu, X. / Lee, C.D. / Trimpert, J. / Holtje, M. / Dietert, K. / Stoffler, L. / von Wardenburg, N. / van Hoof, S. / Homeyer, M.A. / Hoffmann, J. / Abdelgawad, A. / Gruber, A.D. / Bertzbach, L.D. / Vladimirova, D. / Li, L.Y. / Barthel, P.C. / Skriner, K. / Hocke, A.C. / Hippenstiel, S. / Witzenrath, M. / Suttorp, N. / Kurth, F. / Franke, C. / Endres, M. / Schmitz, D. / Jeworowski, L.M. / Richter, A. / Schmidt, M.L. / Schwarz, T. / Muller, M.A. / Drosten, C. / Wendisch, D. / Sander, L.E. / Osterrieder, N. / Wilson, I.A. / Pruss, H.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
H: CV07-270 Heavy Chain
L: CV07-270 Light Chain
M: CV07-270 Heavy Chain
N: CV07-270 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,46116
ポリマ－147,2506
非ポリマー1,21110
水00
1
A: Spike protein S1
H: CV07-270 Heavy Chain
L: CV07-270 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3279
ポリマ－73,6253
非ポリマー7026
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein S1
M: CV07-270 Heavy Chain
N: CV07-270 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1357
ポリマ－73,6253
非ポリマー5094
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area27870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.020, 151.785, 66.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12H
22M
13L
23N

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA334 - 52716 - 209
21ASNASNPROPROBB334 - 52716 - 209
12GLNGLNLYSLYSHC1 - 2141 - 230
22GLNGLNLYSLYSME1 - 2141 - 230
13ALAALATHRTHRLD3 - 2103 - 213
23ALAALATHRTHRNF3 - 2103 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 CV07-270 Heavy Chain


分子量: 24817.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 CV07-270 Light Chain


分子量: 22711.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 0.2 M sodium chloride 2 M ammonium sulfate 15% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 41624 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.222 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 195146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.753.60.89320890.6760.5051.0310.39790.8
2.75-2.83.90.87421130.7210.4720.9970.40292.6
2.8-2.854.20.76121310.8010.3990.8630.40992.7
2.85-2.914.40.7720690.7880.3980.870.41192.3
2.91-2.974.60.6921320.7820.350.7760.43392.2
2.97-3.044.70.60620530.8230.3040.680.45991
3.04-3.124.70.47720400.8920.2390.5360.45888.4
3.12-3.24.70.39518740.9140.1980.4430.51282.2
3.2-3.34.80.3219310.9430.1580.3580.53684.3
3.3-3.44.90.28421880.960.1390.3170.55696.1
3.4-3.5250.2521710.9640.1210.2780.58495
3.52-3.6650.20721860.9750.1010.230.65994.8
3.66-3.834.90.17321490.980.0850.1930.72393.8
3.83-4.034.90.14921080.9810.0730.1660.85392.9
4.03-4.294.90.12220820.990.060.1370.9690.8
4.29-4.624.80.10519630.9910.0510.1171.10785.3
4.62-5.084.90.10219120.9920.0490.1131.07783.4
5.08-5.815.10.10122170.9920.0480.1120.89295.9
5.81-7.3250.09821480.9910.0470.1090.87793.3
7.32-504.90.06120680.9960.0290.0681.39688.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W41

6w41


解像度: 2.72→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.195 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2694 2055 4.9 %RANDOM
Rwork0.2199 ---
obs0.2223 39568 89.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.71 Å2 / Biso mean: 37.534 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.19 Å20 Å2-0.64 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9177 0 68 0 9245
Biso mean--67.74 --
残基数----1253
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A52220.16
12B52220.16
21H61150.14
22M61150.14
31L52330.16
32N52330.16
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.786 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 137 -
Rwork0.32 2581 -
obs--79.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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