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- PDB-6xkg: Crystal structure of 3-O-Sulfotransferase isoform 3 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xkg
タイトルCrystal structure of 3-O-Sulfotransferase isoform 3 in complex with 8mer oligosaccharide with 6S sulfation
要素Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / enzyme / PAPS / Heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


[heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 activity / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / HS-GAG biosynthesis / glycosaminoglycan biosynthetic process / sulfotransferase activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Golgi membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Heparan sulfate sulfotransferase / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / P-NITROPHENOL / Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Liu, J. / Wander, R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES102645 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL094463 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL144970 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128484 米国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Deciphering the substrate recognition mechanisms of the heparan sulfate 3- O -sulfotransferase-3.
著者: Wander, R. / Kaminski, A.M. / Xu, Y. / Pagadala, V. / Krahn, J.M. / Pham, T.Q. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
A: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,84517
ポリマ－62,4322
非ポリマー5,41315
水12,376687
1
B: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,24510
ポリマ－31,2161
非ポリマー3,0299
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6007
ポリマ－31,2161
非ポリマー2,3846
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.760, 65.012, 92.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.735, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-778-

HOH

21B-857-

HOH

詳細The biological assembly is unknown. Biophysical analysis is inconclusive but seems to indicate a monomer. In three different crystal forms, the same dimer is observed in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1 / Heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1 / h3-OST-3A


分子量: 31215.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HS3ST3A1, 3OST3A1, HS3ST3A, UNQ2551/PRO6180 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -RIL
参照: UniProt: Q9Y663, [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1670.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2129.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-2-3-2-1-4/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc6SO3]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 700分子

#4: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#5: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 15.5mg/ml 3ost3a, 4mM PAP, 5mM 8mer Nac/NS2S6S, 25mM Tris pH 7.5, 125mM NaCl, Reservoir: 0.1M Bicine and 10% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月5日 / 詳細: varimaxHF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 91530 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 4216 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 0.583 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T8U

1t8u


解像度: 1.55→32.86 Å / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5149
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1826 2000 2.19 %random selection
Rwork0.1638 89491 --
obs0.1642 91491 96.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→32.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4184 0 334 687 5205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01044764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06996491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.941780
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.24761230.22675541X-RAY DIFFRACTION84.35
1.59-1.630.2141370.20886070X-RAY DIFFRACTION92.17
1.63-1.680.22231380.21116210X-RAY DIFFRACTION94.11
1.68-1.730.25871400.19646298X-RAY DIFFRACTION95.63
1.73-1.790.20211430.18966385X-RAY DIFFRACTION96.77
1.79-1.860.22791450.18376457X-RAY DIFFRACTION97.82
1.86-1.950.18631450.17566489X-RAY DIFFRACTION98.24
1.95-2.050.21141450.17786480X-RAY DIFFRACTION98.25
2.05-2.180.20241450.15926514X-RAY DIFFRACTION98.45
2.18-2.350.19561460.16416518X-RAY DIFFRACTION98.41
2.35-2.590.20411460.16766563X-RAY DIFFRACTION98.88
2.59-2.960.17581480.16616605X-RAY DIFFRACTION98.99
2.96-3.730.16851480.14886589X-RAY DIFFRACTION99.18
3.73-32.860.14451510.14436772X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.248058759957-0.119178493171-0.09092351581270.1460274291280.1049309093640.128914384203-0.0233502770824-0.0909818724859-0.05836506307670.04960893252210.0230849891193-0.02959991884270.0561270163566-0.0475761619512.88248815052E-80.151293806764-0.00203993172064-0.0003503189134410.135235751282-0.007326737211320.1306896672523.095747346-51.728712852363.4882041745
20.0911301955687-0.103747179897-0.05344172861520.1050572002530.01325612825530.0645445749443-0.1437085778350.0665904922653-0.3146428637640.07956529979950.03455871301370.04016026792470.257073255318-0.163535157568-0.00363275841540.192681350829-0.03318051733260.03208374709950.174920304672-0.01505826019940.165526940079.56194506659-57.738555915861.2524452544
30.6504427916140.0879979958486-0.03815426821090.4223281839610.01782569228020.327819250514-0.006015604349380.0495413255081-0.06214667113770.0101640792762-0.0005160797686750.001803345153660.0220502557651-0.168856262750.001885470012540.133420995156-0.003417095551830.01022550797730.144959646035-0.01992394967890.12078984807515.2118399133-51.130148656753.0442139785
40.6071865812390.0335143391076-0.5223458033160.579961526895-0.1802293141250.5009569608490.1136313181480.563573732312-0.361508094456-0.4869037034430.1600260755310.1124402931880.504100424054-0.2191796126140.2579369406980.289941697846-0.0352519561519-0.0627205774430.331886300806-0.1462799183790.29769396379712.3693729824-62.027977593929.8520786686
50.2438597409650.114663360339-0.1301650917910.1775327660710.01368075266770.0955206839061-0.09141868997890.168377434381-0.0598063375373-0.09436488286580.0416766729240.168030076219-0.0224513017373-0.1812669045520.0008283295716910.1635294426740.0210070208718-0.001819602321270.211372760821-0.002045063495380.1569521332097.8339686165-45.397099481344.8522629707
60.7938670574110.0473465942206-0.02775586207580.06444428983460.1198223124780.421530338481-0.004385110533340.119970048135-0.00125961820082-0.02752759280370.00526729655519-0.0374485208377-0.027740681090.0776684794914-0.000651803094540.147148381897-0.0005911998058290.01290466911810.133664993587-0.01406181857930.13983633553729.9759300188-48.171968337650.8847310285
70.332142937880.01334128706930.02897286219550.1424468049220.006220516967030.0551186640102-0.0001668344342520.4597654698380.113317533959-0.2663843100920.0266834081523-0.080074476248-0.297087311482-0.00349969530691-0.03212393911280.20854096879-0.009293487539550.01861424024050.283128054754-0.00162863687230.13095752515417.1348913232-43.322601786532.5660971775
80.2972132252630.106807982597-0.1840860244440.332202617218-0.1023032697710.081616654213-0.0439043870794-0.0309756043652-0.00619393473666-0.02378907922380.038112024394-0.09985323820340.00920599592470.01559215439016.40224552229E-80.141843115890.0179600828824-0.00229049632860.139270302405-0.00680715933580.17761281983753.0068484838-55.834142036968.7047380628
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 141 through 180 )BA141 - 1801 - 40
22chain 'B' and (resid 181 through 202 )BA181 - 20241 - 62
33chain 'B' and (resid 203 through 259 )BA203 - 25963 - 119
44chain 'B' and (resid 260 through 283 )BA260 - 283120 - 143
55chain 'B' and (resid 284 through 303 )BA284 - 303144 - 163
66chain 'B' and (resid 304 through 376 )BA304 - 376164 - 236
77chain 'B' and (resid 377 through 406 )BA377 - 406237 - 266
88chain 'A' and (resid 147 through 215 )AB147 - 2151 - 69
99chain 'A' and (resid 216 through 244 )AB216 - 24470 - 98
1010chain 'A' and (resid 245 through 290 )AB245 - 29099 - 141
1111chain 'A' and (resid 291 through 303 )AB291 - 303142 - 154
1212chain 'A' and (resid 304 through 376 )AB304 - 376155 - 227
1313chain 'A' and (resid 377 through 406 )AB377 - 406228 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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