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Yorodumi- PDB-6xkg: Crystal structure of 3-O-Sulfotransferase isoform 3 in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xkg | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of 3-O-Sulfotransferase isoform 3 in complex with 8mer oligosaccharide with 6S sulfation | |||||||||||||||
Components | Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1 | |||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / sulfotransferase / enzyme / PAPS / Heparan sulfate | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 activity / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / HS-GAG biosynthesis / glycosaminoglycan biosynthetic process / sulfotransferase activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Golgi membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | |||||||||||||||
Authors | Pedersen, L.C. / Liu, J. / Wander, R. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Rsc Chem Biol / Year: 2021 Title: Deciphering the substrate recognition mechanisms of the heparan sulfate 3- O -sulfotransferase-3. Authors: Wander, R. / Kaminski, A.M. / Xu, Y. / Pagadala, V. / Krahn, J.M. / Pham, T.Q. / Liu, J. / Pedersen, L.C. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xkg.cif.gz | 284.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xkg.ent.gz | 202.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xkg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xkg_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xkg_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6xkg_validation.xml.gz | 29.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6xkg_validation.cif.gz | 45.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xkg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xl8C 1t8uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological assembly is unknown. Biophysical analysis is inconclusive but seems to indicate a monomer. In three different crystal forms, the same dimer is observed in the asymmetric unit. |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 31215.963 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HS3ST3A1, 3OST3A1, HS3ST3A, UNQ2551/PRO6180 / Plasmid: pGEX4T3 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): -RIL References: UniProt: Q9Y663, [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules
#2: Polysaccharide | 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid |
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#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid |
-Non-polymers , 5 types, 700 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein: 15.5mg/ml 3ost3a, 4mM PAP, 5mM 8mer Nac/NS2S6S, 25mM Tris pH 7.5, 125mM NaCl, Reservoir: 0.1M Bicine and 10% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.514 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2019 / Details: varimaxHF |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.514 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 91530 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 18.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 4216 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 0.583 / % possible all: 90.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1T8U Resolution: 1.55→32.86 Å / SU ML: 0.148 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.5149 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→32.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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