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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xjy | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a self-alkylating ribozyme - short time incubation with the epoxide substrate | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA/IMMUNE SYSTEM / Self-alkylating ribozyme / Antibody-assisted RNA crystallography / RNA catalysis / RNA-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Aeropyrum pernix (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.156 Å | |||||||||
データ登録者 | Koirala, D. / Piccirilli, J.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Structural basis for substrate binding and catalysis by a self-alkylating ribozyme. 著者: Krochmal, D. / Shao, Y. / Li, N.S. / DasGupta, S. / Shelke, S.A. / Koirala, D. / Piccirilli, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xjy.cif.gz | 250.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xjy.ent.gz | 192.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xjy_validation.pdf.gz | 483.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xjy_full_validation.pdf.gz | 494.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xjy_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xjy_validation.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xjy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 18674.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aeropyrum pernix (古細菌) #2: 抗体 | 分子量: 27588.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 26351.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M ammonium fluoride, 10% PEG3350, pH 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.156→79.38 Å / Num. obs: 69519 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 44.31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.867 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4237 / CC1/2: 0.295 / Rpim(I) all: 1.046 / Rrim(I) all: 2.148 / % possible all: 91.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6MWN 解像度: 2.156→61.851 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.71 Å2 / Biso mean: 47.6681 Å2 / Biso min: 26.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.156→61.851 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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