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- PDB-6xjf: X-ray crystal structure of Pyrococcus furiosus general transcript... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjf
タイトルX-ray crystal structure of Pyrococcus furiosus general transcription factor TFE-alpha (SeMet labeled protein)
要素Transcription factor E
キーワードTRANSCRIPTION / TFE / general transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription initiation at RNA polymerase II promoter / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFE, archaea / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor E
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Murakami, K.S. / Jun, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM131860 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Direct binding of TFEα opens DNA binding cleft of RNA polymerase.
著者: Sung-Hoon Jun / Jaekyung Hyun / Jeong Seok Cha / Hoyoung Kim / Michael S Bartlett / Hyun-Soo Cho / Katsuhiko S Murakami /
要旨: Opening of the DNA binding cleft of cellular RNA polymerase (RNAP) is necessary for transcription initiation but the underlying molecular mechanism is not known. Here, we report on the cryo-electron ...Opening of the DNA binding cleft of cellular RNA polymerase (RNAP) is necessary for transcription initiation but the underlying molecular mechanism is not known. Here, we report on the cryo-electron microscopy structures of the RNAP, RNAP-TFEα binary, and RNAP-TFEα-promoter DNA ternary complexes from archaea, Thermococcus kodakarensis (Tko). The structures reveal that TFEα bridges the RNAP clamp and stalk domains to open the DNA binding cleft. Positioning of promoter DNA into the cleft closes it while maintaining the TFEα interactions with the RNAP mobile modules. The structures and photo-crosslinking results also suggest that the conserved aromatic residue in the extended winged-helix domain of TFEα interacts with promoter DNA to stabilize the transcription bubble. This study provides a structural basis for the functions of TFEα and elucidates the mechanism by which the DNA binding cleft is opened during transcription initiation in the stalk-containing RNAPs, including archaeal and eukaryotic RNAPs.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor E
B: Transcription factor E
C: Transcription factor E
D: Transcription factor E
E: Transcription factor E
F: Transcription factor E
G: Transcription factor E
H: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8278
ポリマ－105,8278
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Transcription factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2281
ポリマ－13,2281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.199, 115.610, 124.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain "A"
21(chain "B" and resid 8 through 109)
31(chain "C" and resid 8 through 109)
41chain "D"
51(chain "E" and resid 8 through 109)
61(chain "F" and resid 8 through 109)
71(chain "G" and resid 8 through 109)
81(chain "H" and resid 8 through 109)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
111THRGLUA1 - 102
211THRGLUB2 - 103
311THRGLUC2 - 103
411THRGLUD1 - 102
511THRGLUE2 - 103
611THRGLUF2 - 103
711THRGLUG5 - 106
811THRGLUH2 - 103

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9718613666, 0.0116108604354, -0.235267235351), (-0.106415576772, -0.912692828352, 0.394547241906), (-0.21014568549, 0.408481320253, 0.888246475858)-58.7989596629, -131.055699477, 21.1792098589
2given(0.850999179391, 0.513157768392, 0.111666921762), (0.50297879217, -0.857559649111, 0.107720856123), (0.151038840381, -0.0355042667306, -0.98789003221)55.6987730213, -148.36353994, -221.456547639
3given(-0.884048284551, -0.461792581065, -0.0721542975618), (-0.386587829286, 0.809205137408, -0.442421626778), (0.262694653222, -0.363228106933, -0.893899805069)-80.986958085, -73.3649559964, -237.959138339
4given(0.998683752875, -0.00994991607853, 0.050316606746), (-0.0454195214507, 0.284205452305, 0.957686967621), (-0.023829158936, -0.958711771102, 0.283379447268)21.4219272686, 56.6402442828, -125.653118007
5given(-0.956691485383, -0.00133542119927, -0.291100701555), (-0.287423411445, 0.162842394057, 0.943859172362), (0.046143085605, 0.986651190314, -0.15617376317)-48.3992785874, 39.8308296478, 2.1083598992
6given(0.87331041589, 0.467017273792, 0.138649859276), (0.209587783565, -0.103257045299, -0.972322448356), (-0.439774804278, 0.87819863845, -0.188056568474)71.221705308, -188.362226676, -18.9048194253
7given(-0.850915366501, -0.525048343361, -0.0163485836349), (0.219274940987, -0.32674086737, -0.919325244865), (0.477348446429, -0.785852812379, 0.393158769414)-64.8858481988, -203.622874716, -89.5874816015

-
要素

#1: タンパク質
Transcription factor E / TFE / TFIIE subunit alpha homolog / Transcription initiation factor TFIIE


分子量: 13228.428 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: tfe, PF0491 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3H5
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 % PEG 8000, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M Tris-HCl (pH 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 20562 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 19.818
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.488 / Num. unique obs: 38448 / CC1/2: 0.671 / CC star: 0.896 / Rsym value: 1.488 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→44.44 Å / SU ML: 0.5188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.5969
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3037 1334 7.23 %
Rwork0.2371 17119 -
obs0.2421 18453 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6810 0 0 0 6810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01356890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.86869259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01091168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.05382711
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.2427494525
13AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.17846365799
14AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.65019864379
15AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.28763124914
16AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.38756777986
17AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.66097873112
18AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.15719073788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.310.42321160.33261633X-RAY DIFFRACTION95.21
3.31-3.450.35691420.29591663X-RAY DIFFRACTION98.69
3.45-3.60.31841260.26621690X-RAY DIFFRACTION99.4
3.6-3.790.33751360.2741711X-RAY DIFFRACTION99.57
3.79-4.030.35261250.27121659X-RAY DIFFRACTION96.96
4.03-4.340.3581270.2491702X-RAY DIFFRACTION98.39
4.34-4.780.27771360.2061729X-RAY DIFFRACTION99.47
4.78-5.470.2721360.2281731X-RAY DIFFRACTION99.68
5.47-6.880.3141430.26231759X-RAY DIFFRACTION99.79
6.89-44.440.2521470.19011842X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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