PDB-6xix: Triuret Hydrolase (TrtA) from Herbaspirillum sp. BH-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xix

タイトル

Triuret Hydrolase (TrtA) from Herbaspirillum sp. BH-1

要素

Cysteine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / TrtA / triuret / biuret / cysteine hydrolase / nitrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

amide catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Herbaspirillum sp. BH-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tassoulas, L.T. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
United States Department of Agriculture (USDA)	2019-67019-29403	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM008347-28	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of an ultraspecific triuret hydrolase (TrtA) establishes the triuret biodegradation pathway.
著者: Tassoulas, L.J. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

履歴

登録	2020年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xix.cif.gz	359.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xix.ent.gz	284.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/6xix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/6xix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xj4C 6xjeC 6xjmC 6xk1C 6azoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xj4-1 6xje-1 4feh-d 6xj4-2 1c8j-1 4tt5-d 1io8-2 2fnc-d 4fdn-d 6hqg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine hydrolase

B: Cysteine hydrolase

C: Cysteine hydrolase

D: Cysteine hydrolase

E: Cysteine hydrolase

F: Cysteine hydrolase

G: Cysteine hydrolase

H: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

194 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine hydrolase

G: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Cysteine hydrolase

E: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Cysteine hydrolase

D: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Cysteine hydrolase

H: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.950, 76.550, 93.590
Angle α, β, γ (deg.)	118.403, 89.606, 103.065
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cysteine hydrolase / triuret hydrolase 分子量: 24212.729 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum sp. BH-1 (バクテリア) 遺伝子: HBH1_00246 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N6JFX7
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 783 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1 uL 20 mg/mL protein + 1 uL 24% PEG6000, 0.1 M Bis-Tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→81.57 Å / Num. obs: 91216 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.13 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.16
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.16 % / R_merge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 4.76 / Num. unique obs: 12132 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	BUILT=20180319	データスケーリング
Coot	0.8.9.2	モデル構築
MOLREP	11	位相決定
XDS	BUILT=20180319	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6AZO

6azo

解像度: 2.1→70.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.188 / SU B: 4.894 / SU ML: 0.131 / Average fsc free: 0.9207 / Average fsc work: 0.9365 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	4561	5 %
R_work	0.1785	86654	-
all	0.181	-	-
obs	-	91215	90.669 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.444 Å²	0.129 Å²	-2.53 Å²
2-	-	-0.294 Å²	-0.795 Å²
3-	-	-	0.251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→70.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13411	0	32	783	14226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	13752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.647	18682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	1.569	30143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.014	5	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.83	20.952	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.997	15	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	28.14	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.848	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	12746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	6700
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	6001
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.478	2.028	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.478	2.027	7043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.25	3.031	8798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.25	3.031	8799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.033	2.281	6708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.033	2.281	6709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.191	3.325	9884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.19	3.325	9885
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.519	24.552	14912
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.428	24.407	14763

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.25	345	0.19	6565	0.192	7493	0.893	0.915	92.2194	0.177
2.155-2.213	0.252	334	0.187	6345	0.19	7240	0.891	0.918	92.2514	0.176
2.213-2.278	0.227	317	0.18	6017	0.183	7047	0.917	0.929	89.8822	0.17
2.278-2.348	0.261	311	0.171	5907	0.175	6823	0.906	0.937	91.1329	0.163
2.348-2.425	0.222	299	0.175	5686	0.177	6626	0.93	0.935	90.326	0.168
2.425-2.51	0.255	295	0.171	5594	0.175	6435	0.916	0.937	91.5152	0.166
2.51-2.604	0.243	282	0.173	5367	0.176	6214	0.92	0.938	90.9076	0.171
2.604-2.71	0.262	266	0.186	5059	0.19	5946	0.904	0.926	89.556	0.186
2.71-2.831	0.247	251	0.191	4757	0.194	5709	0.903	0.92	87.7211	0.194
2.831-2.969	0.228	216	0.168	4113	0.171	5442	0.93	0.947	79.548	0.174
2.969-3.129	0.235	237	0.175	4510	0.178	5216	0.922	0.939	91.0084	0.184
3.129-3.318	0.24	231	0.184	4374	0.187	4916	0.927	0.939	93.6737	0.192
3.318-3.547	0.24	215	0.193	4086	0.196	4610	0.923	0.935	93.2972	0.203
3.547-3.83	0.207	200	0.174	3807	0.175	4329	0.95	0.957	92.5618	0.188
3.83-4.194	0.187	182	0.161	3451	0.162	3932	0.955	0.963	92.3957	0.18
4.194-4.687	0.166	164	0.149	3125	0.15	3586	0.966	0.97	91.7178	0.174
4.687-5.409	0.201	141	0.175	2680	0.177	3159	0.953	0.959	89.3004	0.207
5.409-6.614	0.271	117	0.213	2219	0.216	2669	0.931	0.947	87.5234	0.247
6.614-9.313	0.209	101	0.187	1919	0.188	2061	0.944	0.954	98.0107	0.22
9.313-70.57	0.268	57	0.226	1073	0.229	1148	0.927	0.931	98.4321	0.289

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