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- PDB-6xjm: Biuret Hydrolase (BiuH) from Rhodococcus sp. Mel C169S bound with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjm
タイトルBiuret Hydrolase (BiuH) from Rhodococcus sp. Mel C169S bound with biuret
要素Biuret hydrolase
キーワードHYDROLASE / TrtA / BiuH / triuret / biuret / cysteine hydrolase / nitrogen
機能・相同性: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / hydrolase activity / dicarbonimidic diamide / Biuret hydrolase
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus sp. Mel (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tassoulas, L.T. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)2019-67019-29403 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008347-28 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of an ultraspecific triuret hydrolase (TrtA) establishes the triuret biodegradation pathway.
著者: Tassoulas, L.J. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biuret hydrolase
B: Biuret hydrolase
C: Biuret hydrolase
D: Biuret hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5908
ポリマ－104,1774
非ポリマー4124
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer of dimers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.290, 103.340, 133.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Biuret hydrolase


分子量: 26044.336 Da / 分子数: 4 / 変異: C169S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. Mel (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H8ZKV9
#2: 化合物
ChemComp-C5J / dicarbonimidic diamide / ビウレット


分子量: 103.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1uL 5 mg/mL protein + 1uL 20% w/v PEG3350, 0.2M MgCl2, 20mM Biuret pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→81.8 Å / Num. obs: 102760 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.25 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 8.42
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 4.32 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Num. unique obs: 13718 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSBUILT=20200131データ削減
XSCALEBUILT=20200131データスケーリング
MOLREP11位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6AZO

6azo


解像度: 2.05→56.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.695 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2723 5.036 %
Rwork0.184 --
obs-54076 99.9 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 68.7 Å2 / Biso mean: 21.2 Å2 / Biso min: 11.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.012 Å20 Å20 Å2
2---1.262 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→56.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6856 0 28 406 7290
Biso mean--19.14 25.27 -
残基数----911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0137035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.6489587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3561.58114961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8015906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.06120.575348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.114151073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9781560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.098006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0590.2861502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.23450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 199 -
Rwork0.209 3725 -
all-3924 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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