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- PDB-6xio: ADP-dependent kinase complex with fructose-6-phosphate and ADPbetaS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xio
タイトルADP-dependent kinase complex with fructose-6-phosphate and ADPbetaS
要素ADP-dependent phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / ancestral protein reconstruction / ADP-dependent sugar kinases family / glucokinase / phosphofructokinase / enzyme evolution
機能・相同性Chem-AT4 / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
機能・相同性情報
生物種Methanosarcinales archaeon (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Munoz, S. / Gonzalez-Ordenes, F. / Fuentes, N. / Maturana, P. / Herrera-Morande, A. / Villalobos, P. / Castro-Fernandez, V.
資金援助 チリ, 3件
組織認可番号国
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)1150460 チリ
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)3160332 チリ
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)EQM 120208 チリ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure of an ancestral ADP-dependent kinase with fructose-6P reveals key residues for binding, catalysis, and ligand-induced conformational changes.
著者: Munoz, S.M. / Castro-Fernandez, V. / Guixe, V.
履歴
登録2020年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-dependent phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4964
ポリマ－57,7691
非ポリマー7283
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.574, 79.589, 108.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 ADP-dependent phosphofructokinase


分子量: 57768.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcinales archaeon (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: ADP-specific phosphofructokinase
#2: 化合物 ChemComp-AT4 / 5'-O-[(R)-HYDROXY(THIOPHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / ADENOSINE 5'-O-(2-THIODIPHOSPHATE) / ADP-β-S


分子量: 443.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O9P2S
#3: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: Protein Condition: F6P 6 mM, mM ADPbs 2.4 mM, MgCl2 7.4 mM , HEPES 25 mM pH 7.8, NaCl 200 mM and 2-mercaptoethanol 1 mM; Reservoir Condition: PEG 20,000 8.4% w/V, MgCl2 0.2M, Sodium citrate 0.1M pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45867 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator - Water-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→44.85 Å / Num. obs: 10902 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 88.84 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1507 / Rpim(I) all: 0.04486 / Rrim(I) all: 0.1574 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 3.12→3.23 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.9 / CC star: 0.973 / Rpim(I) all: 0.2532 / Rrim(I) all: 0.879 / % possible all: 99.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C8Z

6c8z


解像度: 3.12→44.85 Å / SU ML: 0.4712 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.2544 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 536 5 %
Rwork0.241 10189 -
obs0.2426 10725 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3540 0 44 5 3589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00453652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74224975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.37281317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.430.38711340.32192521X-RAY DIFFRACTION99.55
3.43-3.930.34041420.28442519X-RAY DIFFRACTION99.29
3.93-4.950.24931230.22342539X-RAY DIFFRACTION97.72
4.95-44.850.22961370.21612610X-RAY DIFFRACTION96.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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