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- PDB-6xig: X-ray crystal structure of MqnE from Pedobacter heparinus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xig
タイトルX-ray crystal structure of MqnE from Pedobacter heparinus
要素Aminodeoxyfutalosine synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-Sulfur cluster / Radical SAM / menaquinone biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine synthase / 7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase activity / aminodeoxyfutalosine synthase activity / menaquinone biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
FO synthase, subunit 2 / Aminodeoxyfutalosine synthase / F420, menaquinone cofactor biosynthesis / CofH/MqnC-like, C-terminal domain / CofH/MqnC C-terminal region / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / D(-)-TARTARIC ACID / Aminodeoxyfutalosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Grove, T.L. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI133329 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118303-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM093342 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM094662 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Narrow-Spectrum Antibiotic Targeting of the Radical SAM Enzyme MqnE in Menaquinone Biosynthesis.
著者: Carl, A.G. / Harris, L.D. / Feng, M. / Nordstrom, L.U. / Gerfen, G.J. / Evans, G.B. / Silakov, A. / Almo, S.C. / Grove, T.L.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminodeoxyfutalosine synthase
B: Aminodeoxyfutalosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2049
ポリマ－97,7512
非ポリマー1,4547
水16,195899
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.968, 75.403, 83.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aminodeoxyfutalosine synthase / Aminofutalosine synthase / Menaquinone biosynthetic enzyme MqnE


分子量: 48875.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pedobacter heparinus (strain ATCC 13125 / DSM 2366 / CIP 104194 / JCM 7457 / NBRC 12017 / NCIMB 9290 / NRRL B-14731 / HIM 762-3) (バクテリア)
株: ATCC 13125 / DSM 2366 / CIP 104194 / JCM 7457 / NBRC 12017 / NCIMB 9290 / NRRL B-14731 / HIM 762-3
遺伝子: mqnE, Phep_1880
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C6XW09, aminodeoxyfutalosine synthase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M K-Na-Tartrate, 20% polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98393 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→20 Å / Num. obs: 216048 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.633.40.614109900.6850.3870.7290.65497.4
1.63-1.663.40.524110860.7530.330.6220.65298
1.66-1.693.40.454111700.7940.2870.5390.67798.3
1.69-1.723.40.408110820.8330.2590.4850.69598.5
1.72-1.763.40.358111700.8580.2290.4270.71298.5
1.76-1.83.40.3110690.8960.1920.3580.7298.2
1.8-1.853.30.257111090.9170.1670.3080.75697.9
1.85-1.93.20.239109460.940.1570.2870.81996.9
1.9-1.953.20.213110120.9160.1410.2571.42897.2
1.95-2.023.10.148108780.9690.0990.1790.90196.3
2.02-2.092.80.11198370.9760.080.1370.94387.1
2.09-2.1730.094103900.9850.0640.1140.96491.9
2.17-2.273.20.104106640.980.0670.1251.57694.3
2.27-2.393.30.074106770.9920.0470.0880.99294.6
2.39-2.543.50.063110880.9940.0390.0741.01698.1
2.54-2.733.50.052110460.9960.0330.0611.06698
2.73-3.013.40.042112020.9970.0270.051.08898.5
3.01-3.443.20.032108850.9980.0210.0391.09496.4
3.44-4.332.70.02684570.9980.0180.0311.14474.9
4.33-203.80.025112900.9990.0150.0290.99699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.59→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.655 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1827 5639 5.1 %RANDOM
Rwork0.1559 ---
obs0.1572 105344 96.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.57 Å2 / Biso mean: 18.357 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å2-0.78 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6249 0 66 899 7214
Biso mean--33.28 28.82 -
残基数----762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0041.6638874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8691.58613681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4755777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4222.617386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.153151152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9451541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021417
LS精密化 シェル解像度: 1.595→1.636 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 374 -
Rwork0.221 7501 -
all-7875 -
obs--92.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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