PDB-6xi4: Crystal structure of Maf domain of human N-acetylserotonin O-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xi4

タイトル

Crystal structure of Maf domain of human N-acetylserotonin O-methyltransferase-like protein soaked with TFBQ

要素

Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein

キーワード

CELL CYCLE / ASMTL

機能・相同性

機能・相同性情報

dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / protein dimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Yakunin, A. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Maf domain of human N-acetylserotonin O-methyltransferase-like protein soaked with TFBQ
著者: Yakunin, A.

履歴

登録	2020年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xi4.cif.gz	201.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xi4.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xi4_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xi4_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	6xi4_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	6xi4_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/6xi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/6xi4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p5xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x72-d 3vse-4 2p5x-d 5dys-d 4p5t-4 5y35-d 5zrm-d 6jsz-d 5zs7-d 5nig-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein

B: Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein

ヘテロ分子

52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.616, 84.507, 116.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein 分子量: 25819.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASMTL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O95671, nucleotide diphosphatase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes pH 7, 10% (w/v) PEG 5K MME, 5% tacsimate, 2.5 mM MgCl2 and 0.2 mM CoCl2. 10 mM of TFBQ was added to the crystallization drop and let to soak for 2.5 hours

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 26360 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 48.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 33.22
反射シェル	解像度: 2.22→2.26 Å / R_merge(I) obs: 1.167 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1235 / CC_1/2: 0.522 / R_pim(I) all: 0.548

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P5X

2p5x

解像度: 2.22→28.69 Å / SU ML: 0.3357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.854
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2561	1316	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2325	24977	-	-
obs	0.2337	26293	99.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→28.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3220	0	15	80	3315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	3294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6798	4444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.6782	1222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.31	0.4933	138	0.4277	2628	X-RAY DIFFRACTION	96.58
2.31-2.41	0.4014	145	0.3705	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.41-2.54	0.3311	144	0.336	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.54-2.7	0.2961	145	0.3077	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.7-2.91	0.3377	146	0.2895	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.91-3.2	0.2671	146	0.2557	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.2-3.66	0.2324	148	0.2299	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.66-4.61	0.2356	148	0.193	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.61-28.69	0.2055	156	0.1844	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.37904316322	0.338647085105	-0.315269746691	7.63566366892	1.2350226519	5.40683295744	0.0245947783862	-0.126274993045	-0.278614764158	0.431812477153	-0.114891910408	-0.268662189484	0.106422157351	0.0890220744529	0.117519920193	0.45264487969	0.00264832788028	0.0124348450872	0.375763452204	-0.000621761185892	0.384041509876	5.12689444569	87.3438112432	24.8335640169
2	9.31334196401	3.08593711412	2.51188157145	4.67405180165	3.69379040939	3.01851667557	0.636801682157	0.0107330114536	-0.0558762278337	-0.112715917523	0.514172671589	-1.3468123085	-0.521958909497	2.23404512495	-1.01607554772	0.735107876118	-0.145641505883	-0.0205508768835	1.06707667581	-0.187281474841	0.844093645842	18.4222887471	103.597949802	36.2538062045
3	2.6391691292	-0.320892995562	-0.50667687851	7.53732152571	2.36511661957	4.46960803241	-0.0788984935304	0.195767738429	-0.0752781046606	-0.594841014008	-0.14049379123	0.456391127537	-0.349892164233	-0.235305912071	0.148750726514	0.600657704744	-0.0113008166607	0.0528922880859	0.452810318015	0.0445364851523	0.34714150475	0.972188482288	93.6758579782	23.19720536
4	8.07398317625	-2.56646330945	1.93470184651	8.0982249271	0.313250485068	2.24082229247	0.0590688846167	-1.17100219768	-0.792518387607	0.590554594781	0.459875760009	-0.137775352657	-0.304997043453	1.16871269083	-0.584362125361	0.763757489812	0.0252848076846	-0.047327023411	1.16597636723	-0.0289340789142	0.892460137055	16.1528340814	99.8660471431	45.3859003466
5	8.77891809892	2.20751541033	2.60210171673	7.47147208396	3.65655867731	2.3778558263	0.102701234102	0.03607977909	-0.629088166396	0.357124523093	0.0944644049926	0.193344508887	-0.195641011887	-0.299131088114	-0.159768653868	0.728728110439	0.0130705772099	0.0869990722536	0.493748892541	0.0251981264771	0.409250537886	-3.27114707273	96.5563832783	34.2380098584
6	5.25496425026	-1.89540373558	0.647023860876	5.63889678463	-0.593527966279	7.35708139348	0.362322278932	-0.0461206110127	-0.430382672074	-0.126373308037	-0.177855649408	-0.0727818890398	0.534616505819	-0.0104192859269	-0.158608606674	0.69076982318	-0.0166997211028	-0.0476558882076	0.343770021932	0.0136319785696	0.402121725369	-1.46309269771	99.775070428	67.277569274
7	3.75749347252	0.30110859997	2.4864203319	2.79563255422	1.50481705714	9.02544742525	0.0398690339091	0.0480921447332	-0.38306170145	0.107721570431	0.0561867990332	0.0628845235316	-0.0207273566789	-0.0947519182697	-0.0986256805172	0.629403285656	0.0884786007018	0.049499343263	0.348605981301	0.0609441752922	0.440559052718	-6.4834178352	100.420602213	55.8037508149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 152 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 153 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 213 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 77 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 78 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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