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- PDB-6xhg: Far-red absorbing dark state of JSC1_58120g3 with bound biliverdi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xhg
タイトルFar-red absorbing dark state of JSC1_58120g3 with bound biliverdin IXa (BV)
要素JSC1_58120g3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome GAF Domain Phytochrome superfamily Biliverdin
機能・相同性Chem-BVX
機能・相同性情報
生物種[Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Moreno, M.V. / Rockwell, N.C. / Fisher, A.J. / Lagarias, J.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-09ER16117 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM068552 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM07377 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A far-red cyanobacteriochrome lineage specific for verdins.
著者: Moreno, M.V. / Rockwell, N.C. / Mora, M. / Fisher, A.J. / Lagarias, J.C.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JSC1_58120g3
B: JSC1_58120g3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2855
ポリマ－42,0532
非ポリマー1,2313
水1,17165
1
A: JSC1_58120g3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6733
ポリマ－21,0271
非ポリマー6472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: JSC1_58120g3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6112
ポリマ－21,0271
非ポリマー5851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.220, 36.130, 75.490
Angle α, β, γ (deg.)100.540, 95.550, 90.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 523 through 699 or resid 801))
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 523 - 699 / Label seq-ID: 3 - 179

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and (resid 523 through 699 or resid 801))AA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 JSC1_58120g3


分子量: 21026.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
プラスミド: pBAD-CBD
詳細 (発現宿主): intein-CBD tag, Ampicillin resistance
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG 194
#2: 化合物 ChemComp-BVX / 3-[2-[(~{Z})-[5-[(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-pyrrol-2-ylidene]methyl]-5-[(~{Z})-(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid / Biliverdine IX alpha, bound form


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Ammonium Chloride, 35% (w/v) PEG 6000, 0.1 M Sodium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→73.86 Å / Num. obs: 12858 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.381.70.39412960.7190.3940.55791.6
8.91-73.861.80.032210.9950.030.04286.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.89 Å36.93 Å
Translation3.89 Å36.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimless0.7.3データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: JSC1_58120g3 with 18-1,18-2 DHBV-adduct

解像度: 2.3→36.928 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 638 4.86 %
Rwork0.231 --
obs0.2326 12858 88.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.09 Å2 / Biso mean: 44.266 Å2 / Biso min: 11.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 90 65 3045
Biso mean--34.59 37.96 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7844134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5841769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004536
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1748X-RAY DIFFRACTION4.795TORSIONAL
12B1748X-RAY DIFFRACTION4.795TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3001-2.47770.39651130.305255390
2.4777-2.72690.33951050.2823260692
2.7269-3.12130.32211430.2505236685
3.1213-3.93180.27281490.2146244187
3.9318-36.9280.19911280.2054252590
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6522-1.90790.7176.6224-3.77588.72110.48620.40140.3282-1.7558-1.2224-0.59620.7963-0.38040.52830.65690.14330.12020.6375-0.18560.6892-7.2347-9.32645.286
24.67991.755-2.27665.829-1.40016.7723-0.17620.6526-0.2801-0.3060.4466-0.24790.4357-0.1396-0.27580.2067-0.0029-0.04850.3107-0.03480.3892-17.0419-2.80058.8452
32.934-1.6917-0.07235.1025-1.39833.5993-0.0479-0.10060.09390.20.01780.2294-0.4964-0.29280.05460.2692-0.02650.09240.2549-0.02150.3097-18.71358.169619.5227
48.4912-0.4331-1.55812.3760.76293.651-0.2196-0.59650.24570.18050.0564-0.25740.27310.28490.16120.3953-0.02350.0190.3488-0.00590.2951-13.2432-5.249931.9167
54.2117-0.50843.07815.204-4.40045.7725-0.2909-1.67940.2160.68110.897-0.0019-0.1909-0.7365-0.41950.47270.01430.06350.4667-0.02860.2122-20.85481.08735.5157
61.2282-0.3266-0.59693.2360.91453.8423-0.0426-0.06150.11980.3029-0.00340.2749-0.0755-0.21390.06040.20890.02860.0040.23130.02290.2349-18.89620.443621.1365
77.75242.5398-2.18114.987-3.18965.1622-0.10040.47050.3690.82920.0187-0.4775-0.60580.07620.10330.3092-0.00690.00280.3438-0.02280.2799-6.5107-0.9913.4209
89.55565.04933.30983.35892.34289.9770.6972-1.00770.58540.8384-0.45880.55630.7609-0.3517-0.29380.73580.03650.18860.63090.28040.8137-27.5898-26.3923-0.9214
92.675-2.5076-2.13648.25041.37122.55620.1771-0.9730.07071.16670.3369-0.33940.6880.274-0.71230.46730.0448-0.03760.47980.00790.3677-19.2592-21.0616-2.3276
103.84470.76990.79624.31-0.07335.034-0.0229-0.34210.23010.3441-0.0282-0.1758-0.36750.09540.09340.3637-0.02350.05290.224-0.00790.3506-15.75-13.8183-11.5522
113.3381-0.6688-0.2134.3357-0.67843.99410.17090.4584-0.3497-0.17410.0316-0.318-0.54240.7894-0.13540.3419-0.03270.02280.3025-0.06120.3873-15.8695-9.733-18.4798
124.50050.1325-0.49072.92321.72845.63210.24930.9771-0.6129-0.348-0.2748-0.0640.2472-0.53820.08020.34370.0193-0.00690.3564-0.03890.3297-22.2589-22.2963-28.6663
130.3390.3191-0.34722.49290.66654.3086-0.04770.1536-0.0568-0.08990.1467-0.247-0.21790.5326-0.12570.2196-0.0374-0.0090.29580.00770.3509-15.7219-17.0101-19.1578
146.9308-2.2183-2.69739.48346.87579.69480.4230.15030.5054-0.1811-0.68790.1634-0.156-0.69650.29360.2714-0-0.02550.43020.02230.3131-28.668-18.918-9.9782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 523:534)A523 - 534
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 535:562)A535 - 562
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 563:605)A563 - 605
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 606:628)A606 - 628
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 629:636)A629 - 636
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 637:675)A637 - 675
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 676:699)A676 - 699
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 523:536)B523 - 536
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 537:551)B537 - 551
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 552:577)B552 - 577
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 578:603)B578 - 603
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 604:631)B604 - 631
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 632:675)B632 - 675
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 676:699)B676 - 699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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