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- PDB-6xft: Crystal Structure of the Cys-NO Modified YopH Tyrosine Phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xft
タイトルCrystal Structure of the Cys-NO Modified YopH Tyrosine Phosphatase
要素Tyrosine-protein phosphatase YopH
キーワードHYDROLASE / Protein-tyrosine phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase YopH
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Fernandes, R. / Pereira, H.M. / Thiemann, O. / Terenzi, H.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Cys-NO modified YopH tyrosine phosphatase.
著者: Rocha, R.F. / Martins, P.G.A. / D'Muniz Pereira, H. / Brandao-Neto, J. / Thiemann, O.H. / Terenzi, H. / Menegatti, A.C.O.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase YopH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5831
ポリマ－33,5831
非ポリマー00
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.690, 54.940, 97.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase YopH / Virulence protein


分子量: 33582.883 Da / 分子数: 1 / 変異: C235R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yopH, yop51 / プラスミド: pT7-FLAG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15273, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Hepes pH 70, 7.5 and 8.0 and 12-22% of PEG 3350
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→49.69 Å / Num. obs: 26185 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 311474 / Scaling rejects: 9
反射 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 4.129 / Num. measured all: 22527 / Num. unique obs: 1907 / CC1/2: 0.328 / Rpim(I) all: 1.248 / Rrim(I) all: 4.316 / Net I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z6B

4z6b


解像度: 1.78→48.505 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 1285 4.92 %Random
Rwork0.1904 24829 --
obs0.1922 26114 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.46 Å2 / Biso mean: 42.9925 Å2 / Biso min: 24.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→48.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 0 186 2354
Biso mean---46.46 -
残基数----282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7802-1.85140.33941500.36352693
1.8514-1.93570.34491340.32442709
1.9357-2.03770.33231370.27522726
2.0377-2.16540.3471210.23182740
2.1654-2.33260.23651480.20252723
2.3326-2.56730.22761290.20052764
2.5673-2.93880.23131650.19342744
2.9388-3.70240.20451470.17632798
3.7024-48.50.19421540.15622932
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5160.34840.83611.88170.35333.3469-0.0889-0.06880.1792-0.12720.1160.1666-0.2954-0.4359-0.01630.23560.01760.03140.29880.05080.383312.526116.286719.8364
22.4934-0.53220.692.4783-0.59782.00540.0031-0.0571-0.0509-0.01690.09440.16310.1831-0.239-0.08330.3272-0.087-0.00360.2570.01040.358414.4351-0.785514.0221
35.7017-4.0682-6.58725.82622.57739.2730.436-0.51821.1564-0.61840.5102-1.861-1.14051.1172-1.09180.473-0.13490.12080.4535-0.08820.72829.613411.295410.8894
41.2579-0.04530.98363.98361.03934.53390.0393-0.1553-0.00370.3770.0573-0.03050.1979-0.3447-0.10250.2682-0.01230.03990.25910.03180.310217.747610.87730.6049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 187 through 287 )A187 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 288 through 386 )A288 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 387 through 398 )A387 - 398
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 399 through 468 )A399 - 468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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