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万見
- PDB-6xe6: Structure of Human Dispatched-1 (DISP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xe6
タイトルStructure of Human Dispatched-1 (DISP1)
要素Protein dispatched homolog 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / hedgehog / secretion / sterol binding / Sterol-sensing domain
機能・相同性
機能・相同性情報


patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / peptide transmembrane transporter activity / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / peptide transport / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization ...patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / peptide transmembrane transporter activity / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / peptide transport / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization / basolateral plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Protein dispatched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Chen, H. / Liu, Y. / Li, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL020948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135343 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Structure of human Dispatched-1 provides insights into Hedgehog ligand biogenesis.
著者: Hongwen Chen / Yang Liu / Xiaochun Li /
要旨: Hedgehog (HH) signaling is essential for metazoan development. The HH ligand is secreted into the extracellular space by a cell surface protein named Dispatched-1 (DISP1). Here, we report the cryo-EM ...Hedgehog (HH) signaling is essential for metazoan development. The HH ligand is secreted into the extracellular space by a cell surface protein named Dispatched-1 (DISP1). Here, we report the cryo-EM structure of human DISP1 protein. DISP1 contains 12 transmembrane helices (TMs) and two extracellular domains (ECDs). Its ECDs reveal an open state, in contrast to its structural homologues PTCH1 and NPC1, whose extracellular/luminal domains adopt a closed state. The low-resolution structure of the DISP1 complex with dual lipid-modified HH ligand reveals how the ECDs of DISP1 engage with HH ligand. Moreover, several cholesterol-like molecules are found in the TMs, implying a transport-like function of DISP1.
履歴
登録2020年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein dispatched homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1547
ポリマ－124,4991
非ポリマー2,6556
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein dispatched homolog 1


分子量: 124498.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DISP1, DISPA / Cell (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96F81
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI- / プラスミド: pEG BacMam
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.06 %digitoninC56H92O291
40.002 %Cholesteryl Hemisuccinate Tris SaltC31H50O41
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: 分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 400432 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 4.54→213.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.736 / SU B: 72.333 / SU ML: 0.879 / ESU R: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.46296 --
obs0.46296 216926 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 130.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4 Å2-1.2 Å22.04 Å2
2---0.54 Å20.86 Å2
3---3.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 6565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.0196737
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0050.026487
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2921.9759192
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.058314884
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.4865815
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.70823.452252
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.213151024
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg10.0711522
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0690.21084
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.027332
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.021542
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.13313.0953293
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.13313.0963292
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.95619.6234097
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.95619.6234098
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.313.2413444
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other1.313.2423445
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other2.65219.8175096
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined8.9238385
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other8.9228386
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.54→4.658 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.562 15963 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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