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万見
- PDB-6xdj: Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xdj
タイトルCrystal Structure Analysis of MBP-SIN3
要素Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
キーワードTRANSCRIPTION / RPD3 histone deacetylase complexes / epigenetic repression
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / cell envelope / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I ...negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / cell envelope / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Sin3-type complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / meiotic cell cycle / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / nucleosome assembly / cellular response to heat / transcription coactivator activity / periplasmic space / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily ...Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / beta-maltotriose / Maltodextrin-binding protein / Transcriptional regulatory protein SIN3
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. (バクテリア)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3
著者: Seo, H.-S.
履歴
登録2020年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
B: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
C: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
D: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,4578
ポリマ－195,6014
非ポリマー1,8564
水12,647702
1
A: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4052
ポリマ－48,9001
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2432
ポリマ－48,9001
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4052
ポリマ－48,9001
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4052
ポリマ－48,9001
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.730, 144.860, 97.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3


分子量: 48900.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: malE, SIN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: P22579
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→75.841 Å / Num. obs: 105169 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39.692 Å2 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.2411775052240.7341.37199
5.97-75.8922.81819153450.0230.04398.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JBZ

4jbz


解像度: 2.2→75.841 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 5335 5.08 %
Rwork0.2057 99773 -
obs0.2074 105108 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.71 Å2 / Biso mean: 51.6779 Å2 / Biso min: 30.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→75.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12508 0 125 702 13335
Biso mean--43.38 52.26 -
残基数----1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58217625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7017710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032261
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2250.35311900.3342326299
2.225-2.25120.35481750.317326599
2.2512-2.27870.36191690.3067330297
2.2787-2.30750.31181790.2962315796
2.3075-2.33790.33491780.2894334399
2.3379-2.36990.33731750.28193314100
2.3699-2.40380.33171880.279326299
2.4038-2.43960.33761660.2742336999
2.4396-2.47780.29711730.2621333999
2.4778-2.51840.33511710.2606327899
2.5184-2.56180.29251930.255337799
2.5618-2.60840.29891730.2552330499
2.6084-2.65860.31031880.25173366100
2.6586-2.71280.26771710.2492330699
2.7128-2.77180.3021720.24343354100
2.7718-2.83630.30551650.2315336399
2.8363-2.90720.26361760.23373319100
2.9072-2.98590.24011830.22233327100
2.9859-3.07370.28171840.22033343100
3.0737-3.17290.24341920.22243319100
3.1729-3.28630.25861580.2185334999
3.2863-3.41790.27481750.2132328798
3.4179-3.57350.24011780.19893353100
3.5735-3.76190.2341740.1873377100
3.7619-3.99750.21451950.17673352100
3.9975-4.30620.19481790.16473315100
4.3062-4.73950.17551710.14973391100
4.7395-5.42510.17451770.15823379100
5.4251-6.83440.20541800.1876331198
6.8344-75.8410.19971870.1883339099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.6121 Å / Origin y: 100.595 Å / Origin z: 115.2588 Å
111213212223313233
T0.4248 Å20.0146 Å2-0.0418 Å2-0.3823 Å20.039 Å2--0.3918 Å2
L0.237 °20.0077 °2-0.093 °2-0.243 °20.0981 °2--0.3427 °2
S0.0222 Å °0.0203 Å °0.0095 Å °-0.0665 Å °-0.0297 Å °0.0162 Å °-0.0411 Å °0.0053 Å °0.0111 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 442
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 443
3X-RAY DIFFRACTION1allC4 - 389
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allC501
6X-RAY DIFFRACTION1allA501
7X-RAY DIFFRACTION1allB501
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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