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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xdg | |||||||||
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タイトル | Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragments of two neutralizing antibodies | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / therapeutic antibody / antiviral / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Franklin, M.C. / Saotome, K. / Romero Hernandez, A. / Zhou, Y. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Studies in humanized mice and convalescent humans yield a SARS-CoV-2 antibody cocktail. 著者: Johanna Hansen / Alina Baum / Kristen E Pascal / Vincenzo Russo / Stephanie Giordano / Elzbieta Wloga / Benjamin O Fulton / Ying Yan / Katrina Koon / Krunal Patel / Kyung Min Chung / Aynur ...著者: Johanna Hansen / Alina Baum / Kristen E Pascal / Vincenzo Russo / Stephanie Giordano / Elzbieta Wloga / Benjamin O Fulton / Ying Yan / Katrina Koon / Krunal Patel / Kyung Min Chung / Aynur Hermann / Erica Ullman / Jonathan Cruz / Ashique Rafique / Tammy Huang / Jeanette Fairhurst / Christen Libertiny / Marine Malbec / Wen-Yi Lee / Richard Welsh / Glen Farr / Seth Pennington / Dipali Deshpande / Jemmie Cheng / Anke Watty / Pascal Bouffard / Robert Babb / Natasha Levenkova / Calvin Chen / Bojie Zhang / Annabel Romero Hernandez / Kei Saotome / Yi Zhou / Matthew Franklin / Sumathi Sivapalasingam / David Chien Lye / Stuart Weston / James Logue / Robert Haupt / Matthew Frieman / Gang Chen / William Olson / Andrew J Murphy / Neil Stahl / George D Yancopoulos / Christos A Kyratsous / 要旨: Neutralizing antibodies have become an important tool in treating infectious diseases. Recently, two separate approaches yielded successful antibody treatments for Ebola-one from genetically ...Neutralizing antibodies have become an important tool in treating infectious diseases. Recently, two separate approaches yielded successful antibody treatments for Ebola-one from genetically humanized mice and the other from a human survivor. Here, we describe parallel efforts using both humanized mice and convalescent patients to generate antibodies against the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike protein, which yielded a large collection of fully human antibodies that were characterized for binding, neutralization, and three-dimensional structure. On the basis of these criteria, we selected pairs of highly potent individual antibodies that simultaneously bind the receptor binding domain of the spike protein, thereby providing ideal partners for a therapeutic antibody cocktail that aims to decrease the potential for virus escape mutants that might arise in response to selective pressure from a single-antibody treatment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xdg.cif.gz | 202.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xdg.ent.gz | 162.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xdg_validation.pdf.gz | 827.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xdg_full_validation.pdf.gz | 853.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xdg_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xdg_validation.cif.gz | 54.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/6xdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/6xdg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 4種, 4分子 DBCA
#2: 抗体 | 分子量: 23347.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 24142.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#4: 抗体 | 分子量: 24036.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#5: 抗体 | 分子量: 22804.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E
#1: タンパク質 | 分子量: 28437.902 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 319-541) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 0.15% PMAL-C8 added to help with particle distribution | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2821 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 989553 詳細: Template picking in cryoSPARC, with templates generated from a previous blob picking step | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48140 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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