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万見
- PDB-5i1z: Structure of nvPizza2-H16S58 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i1z
タイトルStructure of nvPizza2-H16S58
要素nvPizza2-H16S58
キーワードDE NOVO PROTEIN / Domain swapping / artificial / symmetrical homo-oligomer / strand exchange
機能・相同性Thrombin, subunit H - #500 / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Broken Symmetry: Partial domain swapping in an artificial trimeric protein
著者: Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D. / Addy, C. / Terada, D. / Zhang, K.Y.J. / Sekine, S.-I. / Unzai, S. / Kawano, R. / Park, S.Y.
履歴
登録2016年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nvPizza2-H16S58
B: nvPizza2-H16S58
C: nvPizza2-H16S58
D: nvPizza2-H16S58
E: nvPizza2-H16S58
F: nvPizza2-H16S58
G: nvPizza2-H16S58
H: nvPizza2-H16S58
I: nvPizza2-H16S58
J: nvPizza2-H16S58
K: nvPizza2-H16S58
L: nvPizza2-H16S58
M: nvPizza2-H16S58
N: nvPizza2-H16S58
O: nvPizza2-H16S58
P: nvPizza2-H16S58
Q: nvPizza2-H16S58
R: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,58638
ポリマ－158,66518
非ポリマー1,92120
水18,7361040
1
A: nvPizza2-H16S58
B: nvPizza2-H16S58
C: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7326
ポリマ－26,4443
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
2
D: nvPizza2-H16S58
E: nvPizza2-H16S58
F: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9248
ポリマ－26,4443
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
3
G: nvPizza2-H16S58
H: nvPizza2-H16S58
I: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8287
ポリマ－26,4443
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
4
J: nvPizza2-H16S58
K: nvPizza2-H16S58
L: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7326
ポリマ－26,4443
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
5
M: nvPizza2-H16S58
N: nvPizza2-H16S58
O: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7326
ポリマ－26,4443
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
6
P: nvPizza2-H16S58
Q: nvPizza2-H16S58
R: nvPizza2-H16S58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6365
ポリマ－26,4443
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.350, 189.776, 69.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11N-236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
nvPizza2-H16S58


分子量: 8814.698 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.15M citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.4 Å / Num. obs: 208129 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WW7

3ww7


解像度: 1.6→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.795 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21956 10400 5 %RANDOM
Rwork0.18577 ---
obs0.18745 197618 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10920 0 100 1040 12060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.01911384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1671.93515714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.097324532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56551583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66125.128429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.099151551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0131536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.22013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2561.9866167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2561.9866166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3582.9737700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3582.9737701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9292.1615217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8292.1395137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9993.1197859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.76116.72812819
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.64416.3812345
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 730 -
Rwork0.246 14197 -
obs--95.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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