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- PDB-6xcv: Crystal structure of apo SznF from Streptomyces achromogenes var.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xcv
タイトルCrystal structure of apo SznF from Streptomyces achromogenes var. streptozoticus NRRL 2697
要素Cupin domain-containing diiron protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / diiron / N-oxygenase / N-methyl-L-arginine / heme oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrosourea synthase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron-containing redox enzyme / Iron-containing redox enzyme / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / Haem oxygenase-like, multi-helical / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrosourea synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces achromogenes subsp. streptozoticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者McBride, M.J. / Boal, A.K.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure and assembly of the diiron cofactor in the heme-oxygenase-like domain of the N -nitrosourea-producing enzyme SznF.
著者: McBride, M.J. / Pope, S.R. / Hu, K. / Okafor, C.D. / Balskus, E.P. / Bollinger Jr., J.M. / Boal, A.K.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin domain-containing diiron protein
B: Cupin domain-containing diiron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0852
ポリマ－112,0852
非ポリマー00
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area33740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.907, 108.132, 150.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cupin domain-containing diiron protein / SznF / Iron-containing redox enzyme


分子量: 56042.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces achromogenes subsp. streptozoticus (バクテリア)
遺伝子: stzF, sznF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411MR89, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 92848 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / CC1/2: 0.937 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / Num. unique obs: 4473 / CC1/2: 0.698

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6M9R

6m9r


解像度: 1.77→38.22 Å / SU ML: 0.2391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9139 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 4211 5.1 %
Rwork0.2059 78365 -
obs0.2084 82576 89.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→38.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7444 0 0 592 8036
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.79 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 162 -
Rwork0.257 2457 -
obs--85.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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