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- PDB-6xcs: Erythromycin esterase mutant EreC H289N in its open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xcs
タイトルErythromycin esterase mutant EreC H289N in its open conformation
要素EreC
キーワードHYDROLASE / Macrolide / esterase
機能・相同性Erythromycin esterase, proteobacteria / Erythromycin esterase / : / Erythromycin esterase / response to antibiotic / EreC
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zielinski, M. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-162365 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and functional insights into esterase-mediated macrolide resistance.
著者: Zielinski, M. / Park, J. / Sleno, B. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EreC
B: EreC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8372
ポリマ－97,8372
非ポリマー00
水1,18966
1
A: EreC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9191
ポリマ－48,9191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EreC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9191
ポリマ－48,9191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.367, 74.214, 129.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.498, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRASPASP(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA12 - 7132 - 91
12ALAALAILEILE(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA74 - 18294 - 202
13ALAALAGLYGLY(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA185 - 188205 - 208
14GLUGLUALAALA(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA191 - 198211 - 218
15GLYGLYARGARG(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA201 - 243221 - 263
16ARGARGSERSER(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA246 - 253266 - 273
17GLYGLYSERSER(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA256 - 263276 - 283
18ALAALAARGARG(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA266 - 271286 - 291
19VALVALPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA273 - 294293 - 314
110PHEPHEVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA297 - 304317 - 324
111GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA307 - 331327 - 351
112GLNGLNASPASP(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA334 - 357354 - 377
113GLUGLUALAALA(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA360 - 379380 - 399
114LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA382 - 384402 - 404
115ARGARGVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 15 or (resid 16...AA387 - 416407 - 436
21THRTHRASPASP(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB12 - 7132 - 91
22ALAALAILEILE(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB74 - 18294 - 202
23ALAALAGLYGLY(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB185 - 188205 - 208
24GLUGLUALAALA(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB191 - 198211 - 218
25GLYGLYARGARG(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB201 - 243221 - 263
26ARGARGSERSER(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB246 - 253266 - 273
27GLYGLYSERSER(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB256 - 263276 - 283
28ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB266 - 271286 - 291
29VALVALPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB273 - 294293 - 314
210PHEPHEVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB297 - 304317 - 324
211GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB307 - 331327 - 351
212GLNGLNASPASP(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB334 - 357354 - 377
213GLUGLUALAALA(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB360 - 379380 - 399
214LYSLYSLYSLYS(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB382 - 384402 - 404
215ARGARGVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...BB387 - 416407 - 436

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要素

#1: タンパク質 EreC / Erythromycin esterase


分子量: 48918.527 Da / 分子数: 2 / 変異: H289N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ereC / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: C7C425
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 5% (w/v) PEG 1000, 50% (v/v) ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.804 Å / Num. obs: 35225 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 51.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1007 / Rpim(I) all: 0.05935 / Rrim(I) all: 0.1171 / Net I/σ(I): 13.22
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 3479 / CC1/2: 0.682 / CC star: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.1_3469精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XCQ

6xcq


解像度: 2.4→44.8 Å / SU ML: 0.3469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.608
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 1697 4.83 %
Rwork0.2405 33418 -
obs0.2431 35115 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6069 0 0 66 6135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00876207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31818449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07891011
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081099
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.29315130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.49191320.41792739X-RAY DIFFRACTION98.46
2.47-2.550.44721150.36722779X-RAY DIFFRACTION99.08
2.55-2.640.43941460.34412774X-RAY DIFFRACTION99.46
2.64-2.750.35791370.31522791X-RAY DIFFRACTION99.49
2.75-2.870.33011330.29462766X-RAY DIFFRACTION99.52
2.87-3.020.3531400.26912765X-RAY DIFFRACTION99.59
3.02-3.210.31281430.25112777X-RAY DIFFRACTION99.79
3.21-3.460.33811350.2412782X-RAY DIFFRACTION99.83
3.46-3.810.28781490.23732792X-RAY DIFFRACTION99.83
3.81-4.360.26931770.20252765X-RAY DIFFRACTION99.97
4.36-5.490.23631510.21492829X-RAY DIFFRACTION100
5.49-44.80.24391390.20492859X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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