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万見
- PDB-6xbw: Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xbw
タイトルCryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 14
  • Renin receptor
  • Ribonuclease kappa
キーワードPROTON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / pH reduction / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / synaptic vesicle lumen acidification ...ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / pH reduction / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / synaptic vesicle lumen acidification / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / protein localization to cilium / cell projection organization / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / Neutrophil degranulation / ATPase activator activity / autophagosome membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / transport vesicle / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / endomembrane system / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / transmembrane transport / endocytosis / synaptic vesicle membrane / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / ATPase binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic membrane / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / nuclear speck / cilium / apical plasma membrane / axon / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3240 / ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment ...Helix Hairpins - #3240 / ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / : / V-type proton ATPase subunit f-like / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Ribonuclease kappa / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / ATPase, V1 complex, subunit D / V-type ATPase subunit E / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Helix Hairpins / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / OLEIC ACID / Chem-POV / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit H / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase catalytic subunit A ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / OLEIC ACID / Chem-POV / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit H / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase subunit d 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit G 2 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / Ribonuclease kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Wang, R. / Li, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of intact V-ATPase from bovine brain.
著者: Rong Wang / Tao Long / Abdirahman Hassan / Jin Wang / Yingyuan Sun / Xiao-Song Xie / Xiaochun Li /
要旨: The vacuolar-type H-ATPases (V-ATPase) hydrolyze ATP to pump protons across the plasma or intracellular membrane, secreting acids to the lumen or acidifying intracellular compartments. It has been ...The vacuolar-type H-ATPases (V-ATPase) hydrolyze ATP to pump protons across the plasma or intracellular membrane, secreting acids to the lumen or acidifying intracellular compartments. It has been implicated in tumor metastasis, renal tubular acidosis, and osteoporosis. Here, we report two cryo-EM structures of the intact V-ATPase from bovine brain with all the subunits including the subunit H, which is essential for ATPase activity. Two type-I transmembrane proteins, Ac45 and (pro)renin receptor, along with subunit c", constitute the core of the c-ring. Three different conformations of A/B heterodimers suggest a mechanism for ATP hydrolysis that triggers a rotation of subunits DF, inducing spinning of subunit d with respect to the entire c-ring. Moreover, many lipid molecules have been observed in the Vo domain to mediate the interactions between subunit c, c", (pro)renin receptor, and Ac45. These two structures reveal unique features of mammalian V-ATPase and suggest a mechanism of V1-Vo torque transmission.
履歴
登録2020年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-22121
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type proton ATPase catalytic subunit A
B: V-type proton ATPase catalytic subunit A
C: V-type proton ATPase catalytic subunit A
D: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
E: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
F: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
G: V-type proton ATPase subunit C 1
H: V-type proton ATPase subunit D
I: V-type proton ATPase subunit E 1
J: V-type proton ATPase subunit E 1
K: V-type proton ATPase subunit E 1
L: V-type proton ATPase subunit F
M: V-type proton ATPase subunit G
N: V-type proton ATPase subunit G
O: V-type proton ATPase subunit G
P: V-type proton ATPase subunit H
a: V-type proton ATPase subunit a
b: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
d: V-type proton ATPase subunit d 1
e: V-type proton ATPase subunit e 2
s: V-type proton ATPase subunit S1
r: Renin receptor
c: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
g: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
k: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
l: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
m: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
n: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
o: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
p: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
q: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
f: Ribonuclease kappa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,054,73950
ポリマ－1,045,83832
非ポリマー8,90218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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V-type proton ATPase ... , 14種, 30分子 ABCDEFGHIJKLMNOPabdescgklmnopq

#1: タンパク質 V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit alpha


分子量: 68420.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31404, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit B 2


分子量: 56637.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31408
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C 1 / V-ATPase subunit C 1 / Vacuolar proton pump subunit C 1


分子量: 44042.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P21282
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D


分子量: 28297.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A0A3Q1M4W9, UniProt: P39942*PLUS
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / V-ATPase 31 kDa subunit / P31 / Vacuolar proton pump subunit E 1


分子量: 26178.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P11019
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13417.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q28029
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 13588.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q0VCV6
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit H


分子量: 54155.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F1MZL6
#9: タンパク質 V-type proton ATPase subunit a


分子量: 96431.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F1MJV0, UniProt: Q29466*PLUS
#10: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit


分子量: 21530.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2TA24
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / P39 / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V- ...V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / P39 / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / Vacuolar proton pump subunit d 1


分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61420
#12: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 2 / V-ATPase subunit e 2 / Vacuolar proton pump subunit e 2


分子量: 9188.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2KIB5
#13: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 51818.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P40682
#15: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15727.726 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23956

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タンパク質 , 2種, 2分子 rf

#14: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / Renin/prorenin receptor / Vacuolar ATP synthase membrane sector-associated protein M8-9 / V-ATPase M8.9 subunit


分子量: 39529.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81134
#16: タンパク質 Ribonuclease kappa / RNase kappa


分子量: 11030.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: Q3ZC23, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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糖 , 1種, 6分子

#20: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 12分子

#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#19: 化合物
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84345 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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