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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xbv | ||||||
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タイトル | Streptomyces coelicolor methylmalonyl-CoA epimerase (S115T) in complex with 2-nitronate-propionyl-CoA | ||||||
要素 | Methylmalonyl-CoA epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE/INHIBITOR / Methylmalonyl-CoA / epimerase / enol/enolate / enol/enolate analog / ISOMERASE / ISOMERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylmalonyl-CoA epimerase activity / L-methylmalonyl-CoA metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Stunkard, L.M. / Boram, T.J. / Benjamin, A.B. / Bower, J.B. / Lohman, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Streptomyces coelicolor methylmalonyl-CoA epimerase (S115T) in complex with 2-nitronate-propionyl-CoA 著者: Stunkard, L.M. / Boram, T.J. / Benjamin, A.B. / Bower, J.B. / Lohman, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xbv.cif.gz | 56.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xbv.ent.gz | 36.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xbv_validation.pdf.gz | 691 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xbv_full_validation.pdf.gz | 693.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xbv_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xbv_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jc5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16073.794 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S, S115T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5398 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L2C2 |
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-非ポリマー , 5種, 258分子
#2: 化合物 | ChemComp-CO / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-KFV / [ | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Bis-Tris:HCl pH 7.0, 700 mM ammonium sulfate, and 5% PEG400 Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月5日 / 詳細: MD2 microdifractometer |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 41252 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 27.733 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.101 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 492.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 4048 / CC1/2: 0.84 / CC star: 0.956 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 1.134 / Rsym value: 0.967 / Χ2: 0.935 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JC5 解像度: 1.5→26.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.888 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.01 Å2 / Biso mean: 27.733 Å2 / Biso min: 15.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→26.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.537 Å / Rfactor Rfree error: 0
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